artemis - Online in the Cloud

PROGRAM:

NUME

Artemis - analiză interactivă a datelor EXAFS

DESCRIERE

Artemis este un program pentru analiza datelor EXAFS folosind standarde teoretice din Feff.
Artemis include interfețe pentru atomii și Feff precum şi formulare de definire a parametrilor şi
aplicând acelor parametri căilor de la Feff calcul. Artemis folosește chi(k) ca
este intrare. Nu se ocupă de nicio lucrare de procesare a datelor, cum ar fi conversia datelor brute în
mu(E) sau eliminarea fundalului. Artemisprogramul sora lui Athena este prelucrarea datelor
programul.

REZUMAT

Artemis este un program grafic și interactiv scris în limbajul de programare perl,
folosind motorul de afișare Tk, Ifeffit biblioteca EXAFS și biblioteca de trasare PGPLOT.
(Vezi mai jos o listă de adrese URL relevante.)

Artemis vă ajută să organizați toate aspectele unui proiect de amenajare, inclusiv derularea Feff
calcul, setarea parametrilor pentru transformarea Fourier și potrivirea datelor,
parametrizarea căilor de la Feff calcul, rularea potrivirii și trasarea graficului
rezultate. Artemis fereastra este împărțită în trei panouri. Cel mai mare panou este spațiul
unde are loc cea mai mare parte a muncii. Conținutul său este model și depinde de starea Datelor
și Lista de căi. Această listă se află în panoul central, slab. Celălalt panou subțire
conține controalele care sunt utilizate pentru a specifica modul în care sunt realizate graficele.

În partea de sus a ferestrei se află bara de meniu și bara de proiect. Se afișează bara de proiect
numele fișierului de proiect curent. De asemenea, conține un indicator care vă spune dacă
proiectul a fost modificat de la ultima dată când a fost salvat. Făcând clic pe modificat
indicatorul va salva proiectul (la fel ca Cs sau elementul „Salvare proiect” din Fișier
meniul). În partea de jos a ecranului este zona ecou, ​​unde Artemis scrie tot felul de
mesaje utile pe măsură ce utilizați programul.

Lista de date și căi conține o listă arborescentă a tuturor obiectelor care pot fi
manipulat pe măsură ce utilizați Artemis. Când programul pornește, sunt afișate două astfel de elemente.
Pe măsură ce alergi Feff calcule, import Feff căi și alte seturi de date și rulați potriviri, mai mult
articolele sunt adăugate la această listă. În total, există cinci tipuri de intrări în această listă,
fiecare dintre ele controlează un aspect diferit al Artemis. Aceste cinci tipuri de intrări în listă
sunt: ​​(1) parametrii de potrivire, (2) date, (3) potriviri, (4) Feff calcul sau (5) Feff cale.
Când faceți clic pe un element din Lista de date și căi, acel element va fi „selectat” și
„ancorat”. Un element selectat este evidențiat în portocaliu. Un articol ancorat este conturat cu
o linie întreruptă. Un singur articol poate fi ancorat. Pot fi selectate 0, 1 sau mai multe elemente.

Elementul ancorat determină modul panoului mare. De exemplu, atunci când „Ghici,
Elementul Def, Set" este ancorat, panoul principal va afișa o pagină folosită pentru setarea
parametrii de potrivire. Când un element de date este ancorat, panoul principal va afișa o pagină pentru
setarea parametrilor transformării Fourier, domeniul de potrivire și alți parametri asociați
cu datele. Multe funcții în Artemis depinde de modul panoului principal. niste
caracteristicile sunt disponibile numai în anumite moduri. Fiecare dintre moduri este descris în sine
secțiunea de documente. Vezi „SECȚIUNI ALE DOCUMENTULUI”.

Loturi în Artemis sunt realizate întotdeauna folosind elementele selectate. Pentru a reprezenta grafic, de exemplu, date, a
fit și mai multe căi individuale, este necesar să selectați fiecare dintre acele elemente. Mulți
alte funcții în Artemis lucrați și la setul de articole selectate.

Ancorarea și setarea căilor se face de obicei folosind mouse-ul în Lista de date și căi,
deși există mai multe alte modalități de a schimba ancora și selecția folosind mouse-ul
sau tastatura. Iată o listă de evenimente de mouse utile în Lista de date și căi:

Stânga mouse buton
Făcând clic pe butonul stâng al mouse-ului, se vor șterge toate selecțiile, apoi se vor selecta și ancora
elementul pe care s-a făcut clic. Panoul principal va afișa pagina corespunzătoare articolului ancorat.

Centru mouse buton
Făcând clic pe butonul central al mouse-ului va ancora elementul pe care s-a făcut clic fără a schimba
selecţie. Panoul principal va afișa pagina corespunzătoare articolului ancorat.

Dreapta mouse buton
Făcând clic pe butonul din dreapta al mouse-ului, se va ancora elementul pe care s-a făcut clic fără a schimba
selecţie. De asemenea, va posta un meniu cu funcții adecvate articolului pe care s-a făcut clic.
Aceste meniuri sunt aceleași cu meniurile din bara de meniu din partea de sus a ferestrei. The
panoul principal va afișa pagina corespunzătoare articolului ancorat.

Control cheie + stânga mouse buton
Făcând clic pe butonul stâng al mouse-ului în timp ce țineți apăsată tasta de control, va adăuga elementul
a făcut clic către grupul de elemente selectate. Ancora nu este schimbată.

Schimba cheie + stânga mouse buton
Făcând clic pe butonul stâng al mouse-ului în timp ce țineți apăsată tasta Shift, vor selecta toate elementele
între ancoră și elementul pe care s-a făcut clic, inclusiv. Ancora nu este schimbată.

Stânga mouse buton + mouse trage
Faceți clic pe butonul stâng al mouse-ului, apoi trageți mouse-ul în timp ce țineți apăsat butonul
va selecta toate elementele peste care glisați cursorul. Elementul pe care s-a făcut clic inițial va fi
fi ancorat și panoul principal va afișa pagina corespunzătoare articolului ancorat.

Control-k, Control-j
Atingerea tastelor k sau j în timp ce țineți apăsată tasta de control va muta ancora la
elementul anterior sau următor din listă fără a modifica selecția. Panoul principal va
afișați pagina corespunzătoare articolului ancorat. Aceste două secvențe cheie, se comportă
diferit atunci când elementul Guess, Def, Set este ancorat. Vezi pagina Ghici, Def, Set
pentru detalii

Control-l
Atingeți tasta l în timp ce țineți apăsată tasta de control va pune accentul pe Date și
Lista de căi. Acest lucru vă permite să navigați prin listă folosind tastele săgeți.

Culoarea și fontul textului din Lista de date și căi indică starea fiecăruia
articol. Orice element scris cu text negru, drept este un element care poate fi trasat. Când un
set de date sau Feff calea este exclusă din potrivire, va fi scrisă cu text maro. The
Guess, Def, Set item și Feff articolele de calcul sunt scrise cu text italic. The
textul italic indică elemente care nu pot fi reprezentate grafic. Deși aceste elemente neplanabile pot
fie selectate, acestea vor fi ignorate atunci când se realizează un complot.

ARTEMIS: Date Pagină

ARTEMIS - Pagina de date

Pagina de date este afișată în Artemispanoul principal al lui atunci când un element de date este ancorat în
Lista de date și căi. Consultați secțiunea principală a documentului pentru o explicație despre ancorare și
selectarea elementelor din Lista de date și căi.

Pagina de date este împărțită în cinci secțiuni. În partea de sus este o casetă care conține titlul
linii asociate acestor date. Acestea sunt citite din fișierul de date de intrare, dar pot fi
editat în orice moment de către utilizator. Când datele sunt scrise în fișierele de ieșire, conținutul
din această casetă sunt scrise ca antete. Sub caseta cu titluri este numele fișierului de date
care a fost importat. Mai jos sunt patru casete care conțin grupuri de controale asociate.

Date Comuta
Această casetă conține trei comutatoare care controlează anumite aspecte ale potrivirii. Primii doi
sunt relevante doar într-o potrivire cu mai multe seturi de date. Când configurați un proiect care conține a
potrivirea unui set de date multiple, uneori este util să excludeți un întreg set de date din potrivire
fără a-l șterge din proiect. Acest lucru se poate face cu prima comutare. Când un
setul de date este exclus, acesta și toate elementele de sub el sunt afișate cu text maro în Date și
Lista de căi pentru a indica faptul că au fost excluse din potrivire.

După ce potrivirea este completă, Artemis vrea să-și arate lucrarea și să afișeze un complot de
datele și potrivirea tocmai terminată. În cazul unui set de date multiple potrivi, s-ar putea
au o preferință despre ce set de date primește grafic. Faceți clic pe această comutare pentru dvs
set de date preferat.

Al treilea comutator spune Artemis pentru a face o corefinement a spline de fundal atunci când acesta
efectuează potrivirea. Această corefinement este, efectiv, aceeași operațiune care a fost
realizat de Athena pentru a elimina fundalul din date. Parametrul „rmin” servește
acelasi scop ca Athenaparametrul „rbkg” al lui. Când potrivirea este efectuată cu
corefinement de fundal, o spline este utilizată pentru a se potrivi componentelor Fourier ale datelor de mai jos
„rmin” și Feff căile sunt folosite pentru a potrivi componentele Fourier între „rmin” și
„rmax”. Numărul de parametri utilizați pentru a determina spline este numărul de
puncte independente din acea porțiune a datelor: „2*delta_k*delta_R/pi”, unde „delta_k” este
intervalul transformării Fourier și „delta_R” este intervalul dintre 0 și „rmin”. The
avantajul de a face corefinementul de fundal, altul decât posibilitatea de a face
potrivirea arată mai bine la R scăzut, este că corelațiile dintre parametrii de fundal și
pot fi măsurați parametrii de montare.

Fourier transforma și montaj parametrii
Această casetă conține controalele utilizate pentru a seta intervalele transformării Fourier direct și
a potrivirii. Intervalul de potrivire este, de asemenea, utilizat ca interval de transformare Fourier înapoi atunci când a
plotul este q se face spațiu. Consultați „Stingeți butoanele” pentru o discuție despre butoanele mici
marcat cu un x albastru.

Alte controale sunt folosite pentru a seta formele funcționale ale ferestrei de transformare Fourier utilizate
în k și R. Lățimile pragurilor acelor funcții sunt stabilite utilizând casetele de intrare
etichetat „dk” și „dr”.

k-greutate parametrii
Controalele din această casetă sunt folosite pentru a seta valorile k-greutății care vor fi utilizate în potriviri.
Există comutatoare pentru activarea greutății k de 1, 2 sau 3. Există și o comutare pentru
specificând o valoare arbitrară a k-greutate.

Acestea sunt valorile k-greutate utilizate în potrivire, dar nu și k-ponderile utilizate pentru a reprezenta datele.
Aceste două scopuri ale k-weight sunt tratate independent de Artemis. Vedeți Complot în
Artemis pentru o discuție despre trasarea controalelor k-greutate.

Oamenii sunt uneori confuzi de conceptul de multipl k-greutăți pentru potrivire. The
Scopul alegerii unei valori scăzute sau ridicate pentru greutatea k este de a încerca să subliniem fie
sfârșitul k scăzut sau înalt al datelor. Deoarece diferite regiuni ale datelor sunt sensibile la
diferite tipuri de parametri, se poate alege o valoare scăzută sau ridicată pentru a crește
precizia măsurării anumitor parametri. A face mai multe potriviri k-weight este un fel de
compromis -- o modalitate de a sublinia ambele capete ale datelor în potrivire.

Potrivirea este determinată prin minimizarea unei cantități numite chi-pătrat. Se evaluează chi-pătratul
prin însumarea pătratelor diferenței dintre date și teorie. Din moment ce FT este
complex, există o parte reală și o parte imaginară. Deci chi-pătratul este proporțional cu:

/\
suma < Re[ data(R) - th(R) ]^2 + Im[ data(R) - th(R)]^2 >
R \ /

Într-o potrivire multiplă cu greutate k, pur și simplu există mai mulți termeni în sumă. Să luăm un kw=1&3
potrivi ca exemplu. Această însumare este făcută pentru datele și teorie kw=1. Și il
se face sumarea pentru datele și teorie kw=3. Însumările se adună împreună și
suma completă este utilizată pentru a evalua chi-pătrat.

La sfârșitul zilei, există un singur set de parametri de ghicire care au fost optimizați
prin potrivire. Acești parametri ghiciți împreună cu parametrii setați sunt utilizați pentru a evalua
parametrii def și parametrii de cale. Parametrii căii sunt utilizați pentru a evalua
ecuația exafs pentru fiecare cale. Ecuațiile exafs pentru căi sunt însumate pentru a face
chi(k) teoretic cel mai potrivit. Ai un chi(k) de date și un chi(k) cel mai potrivit. Aceia pot
apoi fiți reprezentați după cum doriți -- chiar și folosind o greutate k care nu a fost folosită în determinarea
potrivirea.

Altele parametrii
Ultima casetă conține mai multe controale care nu se potriveau în celelalte casete. Este un
meniu pentru selectarea spațiului de montaj. Puteți alege să potriviți datele în oricare dintre k, R sau q
spaţiu. Valoarea implicită este să se încadreze în R.

Epsilon este incertitudinea folosită pentru a evalua chi-pătrat. În mod normal, este bine să lași
Artemis utilizați valoarea implicită (care este determinată din valoarea RMS a datelor între
15 și 25 angstromi în spațiul R). În unele situații, s-ar putea să vă fie util să faceți în mod explicit
setați o valoare pentru epsilon.

După potrivire, Artemis scrie un fișier jurnal care documentează potrivirea. Printre informațiile din
acel fișier jurnal sunt corelațiile dintre toți parametrii de potrivire. Puteți seta
nivel sub care Artemis va exclude o corelație din acest raport.

În cele din urmă, există un meniu pentru selectarea căii de utilizat pentru diagramele corectate în fază. Acest
meniul conține primele cinci căi din fiecare Feff calcul utilizat cu setul de date.
Atunci când o cale este selectată pentru diagrame corectate de fază, defazajul complet al acelei căi --
atât atomul central, cât și porțiunile atomului de împrăștiere -- vor fi scăzute din orice
adică transformată Fourier înainte de a fi reprezentată grafic. Dacă este selectată o cale pentru fază
corectare și faceți o diagramă a, să zicem, datele, potrivirea și mai multe căi, cele selectate
schimbarea de fază va fi scăzută din fiecare element înainte de a fi reprezentat grafic. Corecția de fază este
numai pentru complot. Potrivirile se fac întotdeauna pe date necorectate de fază.

potroace butoane
Câteva dintre comenzile de pe această pagină au un buton mic cu un x albastru lângă ele.
Acestea se numesc butoane de smulgere și sunt folosite pentru a prelua valori din fereastra de grafic.
Când faceți clic pe unul dintre aceste butoane, va fi scrisă o solicitare în zona de ecou care vă va întreba
pentru a face clic pe un punct din complot. Când faceți acest lucru, valoarea pe care ați făcut clic va fi
introdus în caseta de introducere adiacentă butonului de smulgere. Artemis are grijă să nu lase
scoateți o valoare k dintr-un diagramă în R sau invers.

Context meniuri
Pe măsură ce treceți mouse-ul peste etichetele din pagina de date, textul de sub mouse se va schimba
culoare. Această schimbare de culoare este un indiciu că clicurile mouse-ului vor face ceva. O stânga
clic de mouse pe una dintre aceste etichete va determina o scurtă descriere a parametrului respectiv
afișat în zona de eco. Multe dintre aceste descrieri sugerează, de asemenea, valori rezonabile pentru
parametrul.

Făcând clic pe butonul din dreapta al mouse-ului pe una dintre etichete, se va posta un meniu contextual util
funcţie. O astfel de funcție este restabilirea acelui parametru la valoarea sa implicită. Daca ai
un set de date multiplu se potrivește, celelalte opțiuni de meniu vă permit să restricționați parametrul
între seturile de date.

Etichetele din partea de sus a casetelor sunt toate sensibile la butonul stâng al mouse-ului. Etichetele
deasupra casetei de transformare Fourier și a intervalului de potrivire și caseta de k-greutăți sunt, de asemenea, sensibile la
clic dreapta al mouse-ului.

ARTEMIS: Ghici, A stabilit, Def parametrii

ARTEMIS - Ghiciți, setați, parametrii definiți

Această pagină este utilizată pentru a defini parametrii modelului de fiting. În Artemis sunt sase
tipuri de parametri:

Guess
Parametrii Guess sunt cei care sunt optimizați în timpul potrivirii pentru a-
potrivi teoria la date.

Def Parametrii def sunt de obicei exprimați ca expresii matematice care pot fi funcțional
depinde de alți parametri. Aceste expresii matematice sunt actualizate pe tot parcursul
cursul potrivirii. Pe măsură ce parametrii guess sunt actualizați, la fel sunt și parametrii def.

set Parametrii setați sunt evaluați la începutul potrivirii și nu sunt actualizați pe tot parcursul
potrivirea. Aceasta este principala diferență între parametrii def și setați. Setați parametri
pot fi numere sau expresii matematice.

Reţinere
Restricțiile sunt expresii matematice care, ca și parametrii def, sunt actualizate pe tot parcursul
cursul potrivirii, dar care iau un rol deosebit în potrivire. O reținere este
evaluat și adăugat în cuadratură la evaluarea parametrului chi-pătrat. A
prin urmare, reținerea poate fi utilizată pentru a încorpora o părtinire în rezultatul ajustării
spre o bucată de cunoștințe anterioare despre sistemul fizic. Vezi Ifeffit pentru o
discuție completă despre constrângeri.

Sări
Parametrii de ignorare sunt menținuți în proiect, dar nu sunt utilizați în nicio calitate în
potrivi. Scopul unui parametru de ignorare este de a menține, dar nu de a utiliza un parametru complicat
cu o expresie matematică complicată.

După
Un after este similar cu un parametru def prin aceea că poate fi dependent de expresia matematică
pe alți parametri. Un after nu face, totuși, parte din modelul potrivit.
În schimb, este un parametru care va fi evaluat la finalizarea potrivirii folosind
cele mai bune valori de potrivire. Lista parametrilor după va fi raportată în fișierul jurnal.
Utilizarea unui parametru after oriunde în modelul dvs. de fiting va avea ca rezultat Artemis
raportarea unei erori în model. Afters-urile pot depinde de alte after-uri, dar ar trebui
ai grija in ordinea in care dupa apar in lista. Parametrii de după
vor fi evaluate o singură dată după potrivire, deci dependențe circulare sau în afara ordinii
nu vor fi rezolvate.

Pagina Guess, Def, Set este împărțită în două secțiuni. În partea de sus este o listă care conține
lista tuturor parametrilor definiți. În partea de jos este zona de editare care conține
controale utilizate pentru stabilirea parametrilor.

parametru listbox
Această zonă conține o listă cu patru coloane cu toți parametrii definiți într-un proiect. The
coloana din stânga numără parametrii. A doua coloană conține o etichetă care identifică
tipul parametrului. A treia coloană conține numele parametrului. Cel mai drept
coloana conține expresia matematică a parametrului.

Parametrii sunt codificați după culoare și după eticheta din a doua coloană. Presupun că parametrii sunt
scrise cu text violet și au eticheta „g:”. Parametrii def sunt scriși în text verde
și au eticheta „d:”. Parametrii setați sunt scriși cu text negru și au eticheta „s:”.
Reținerile sunt scrise cu text roz și au eticheta „r:”. Parametrii de ignorare sunt înscriși
text gri și nu au etichetă. După ce parametrii sunt scrieți în text albastru-gri și au
"o etichetă.

Există un număr mare de clicuri de mouse și secvențe de taste care servesc unui scop în
listbox:

1. Un clic stânga al mouse-ului selectează un parametru și îl afișează în zona de editare.

2. Un dublu clic pe butonul stâng al mouse-ului selectează un parametru, îl afișează în editare
zonă și vă solicită adnotarea parametrilor. Consultați „Adnotările parametrilor”.

3. Un clic dreapta al mouse-ului selectează un parametru, îl afișează în zona de editare și postează a
meniul contextual despre acel parametru. Meniul are mai multe elemente în el. Miscarea"
submeniul este solicitat pentru a repoziționa parametrul curent în listă. Submeniul „Face”.
servește la modificarea tipului parametrului. Elementul „Copiere” va replica
parametru ancorat, adăugând câteva caractere la sfârșitul numelui său. "Build
elementul de reținere” este discutat mai jos. Elementul de meniu „Adnotare” solicită
adnotarea parametrilor. Elementul de meniu „Găsiți” va căuta prin toți parametrii și căile
expresii matematice ale parametrilor și vă arată cum este utilizat acel parametru în proiect.
Elementul de meniu „Grab” este activat numai pentru parametrii ghicitori și va insera cel mai potrivit
valoare dintr-o potrivire ca valoare pentru acel parametru. În cele din urmă, elementul de meniu „Renunțați”.
va elimina acel parametru din listă după ce va solicita confirmare.

4. Control-d va defini parametrul în zona de editare.

5. Control-g va prelua valoarea optimă a parametrilor actuali dintr-o potrivire.

6. Control-e va arăta zona de editare dacă este ascunsă.

7. Control-k și control-j vor muta selecția în sus și în jos în listă. Rețineți că
aceste două secvențe de taste servesc pentru a muta ancora în sus și în jos în Lista de date și căi
când pagina Guess, Def, Set nu este afișată.

8. Control-n va șterge selecția și se va concentra pe caseta de introducere a numelui parametrului, astfel încât
puteți crea un nou parametru.

9. Control-y vă va solicita să apăsați apoi oricare dintre tastele g, d, s, r, k sau e pentru a seta
tipul parametrului. Acesta este singurul mod de a seta tipul de parametru care nu
implica mouse-ul.

Extins selecţie
Mai multe elemente din lista de parametri pot fi selectate folosind control-clic, shift-
faceți clic și faceți clic și glisați secvențele descrise pentru Lista de date și căi și pentru jurnal
privitor. Numai elementul de listă ancorat (adică cel înconjurat de o linie întreruptă și
afișat în zona de editare) poate avea numele și expresia matematică editate.

Avantajul selecției extinse este că unele dintre opțiunile meniului contextual discutate
de mai sus la articolul #3 poate opera pe mai mulți parametri simultan. Făcând selecția extinsă atunci
făcând clic pe butonul drept al mouse-ului undeva în regiunea selectată, meniul contextual va fi
postat cu opțiuni pentru grupul de parametri selectați. În prezent, grupuri de parametri
pot avea tipurile setate și pot fi aruncate în acest mod.

Dacă faceți clic dreapta în afara regiunii selectate, selecția extinsă va fi ștearsă și
parametrul pe care s-a făcut clic va fi ancorat și selectat.

edita zonă
Există trei rânduri de controale în zona de editare. Rândul de sus are două casete de intrare. The
cel mai mic din stânga este pentru introducerea numelui parametrului. Cel mai mare de pe
dreapta este pentru introducerea expresiei matematice a parametrului.

Sub casetele de introducere se află un set de cinci butoane radio pentru selectarea tipului de parametru
în curs de editare.

În partea de jos a zonei de editare sunt cinci butoane pentru a acționa asupra parametrului
editat. Butonul „Anulați editarea” șterge casetele de introducere și elimină orice modificări au fost
tocmai facut. Butonul „Nou” este folosit pentru a defini un parametru nou-nouț. Șterge intrarea
casete, deselectează parametrii din caseta de listă și pune accentul pe caseta de introducere pentru introducerea
numele parametrului. Butonul „Apuca” devine activat după executarea unei potriviri. Acesta introduce
cea mai potrivită valoare pentru un parametru de ghicire. Butonul „Renunțare” șterge un parametru din
listă. Apare un dialog care confirmă ștergerea. În cele din urmă, butonul „Ascunde” elimină editarea
zona din vedere pentru a permite mai multor parametri să fie vizibili în caseta de listă. Când zona de editare
este ascuns, este înlocuit cu un buton pentru restabilirea zonei de editare.

Iată detaliile despre comportamentul acestor controale:

1. Atingerea return în caseta de introducere a numelui parametrului definește parametrul, inserează sau
îl actualizează în caseta cu listă și se concentrează pe caseta de introducere a expresiei matematice. Dacă o matematică
expresia nu a fost încă definită, parametrul va fi definit ca 0.

2. Atingerea return în caseta de introducere a expresiei matematice definește parametrul, inserează sau
îl actualizează în caseta de listă și lasă concentrarea pe caseta de introducere a expresiei matematice.

3. Făcând clic pe oricare dintre butoanele radio, se definește parametrul, îl inserează sau se actualizează
în caseta cu listă și lasă focalizarea neschimbată.

Parametru adnotări
O adnotare este un șir scurt de text care este asociat cu parametrul. Acest șir
este scris în zona ecou ori de câte ori parametrul este selectat în caseta de listă de pe
Ghici, Def, Setează pagina. Scopul adnotării este de a scrie un mic indiciu despre
rolul jucat de parametru în modelul de potrivire. Dacă parametrii ghiciți nu au adnotări
când se execută o potrivire, adnotarea acesteia va fi generată automat. Automatul
adnotarea pentru un parametru guess este cea mai bună valoare a acestuia +/- bara de eroare. Automatul
adnotarea pentru un parametru def, after sau restrain este valoarea sa evaluată după potrivire.

Clădire restricții
Unul dintre elementele din meniul contextual afișat când faceți clic dreapta pe un parametru este pentru
construirea de restricții bazate pe parametrii ghiciți sau definiți. Acest instrument oferă un dialog pentru
construirea unui anumit tip de reținere - tipul care constrânge un parametru să rămână
în cadrul unei limite pentru valoarea sa. Dialogul solicită o valoare minimă și maximă și
pentru un termen numit „amplificator”. Expresia matematică construită este aceasta:

restrain param_res = penalizare(param, min, max) * amp

Funcția de penalizare evaluează la 0 când „param” este între „min” și „max”, la
„abs(min-param)” când „param” este mai mic decât „min” și la „abs(param-max)” când „param” este
mai mare decât „max”. Aceasta se adaugă în cuadratură la chi-pătrat redus, așa cum este potrivirea
evaluat.

Termenul amplificator determină amploarea penalizării. O valoare mare pentru „amp” va
forțați valoarea potrivită a lui „param” să nu se abate prea mult în afara limitelor sale. O valoare mică
va permite fitului mai multă libertate pentru a lăsa „param” să se abate de la presupunerea dumneavoastră inițială.

A se vedea Ifeffit Întrebări frecvente, întrebarea 8.1 pentru mai multe discuții despre restricții, inclusiv discuții
de alte moduri de a seta restricții care nu implică funcția „penalty()”.

O notă de avertizare: constrângerile nu sunt întotdeauna adecvate. De exemplu, dacă o potrivire este
returnând o valoare negativă pentru sigma^2, este posibil să nu fie adecvată aplicarea unui rigid
reținere ca o modalitate de a forța ca sigma^2 să fie o valoare la care te aștepți. Adesea, a
negativ sigma ^ 2 indică o altă problemă în modelul de potrivire, cum ar fi
tulburare structurală excesivă, un număr de coordonare care este forțat să fie prea mic, cel
specii atomice incorecte pentru un retroîmprăștier sau altele asemenea. Folosind o reținere pe sigma^2
într-un caz ca acesta nu ar rezolva problema. Dimpotrivă, ar putea stimula a
fals sentiment de realizare prin „repararea” sigma^2 „problema” fără de fapt
abordând problema reală în modelul de fiting.

Evidențiere
Există o opțiune în meniul GDS pentru evidențierea parametrilor. Acest lucru vă solicită a
șir de text. Orice nume de parametri sau expresii matematice care se potrivesc cu acel șir vor fi
marcat cu un fundal verde. Acest lucru este util în special pentru listele mari de parametri.
Șirul de text este interpretat ca o expresie regulată perl și deci orice perl valid
pot fi folosite metacaracterele. (Acest lucru include expresii regulate care folosesc „(?{ cod })” și
alte construcții asemănătoare, o practică a autorului Artemis nu recomanda, dar face
nu previne.)

Importarea și exportator a) Sport and Nutrition Awareness Day in Manasia Around XNUMX people from the rural commune Manasia have participated in a sports and healthy nutrition oriented activity in one of the community’s sports ready yards. This activity was meant to gather, mainly, middle-aged people from a Romanian rural community and teach them about the benefits that sports have on both their mental and physical health and on how sporting activities can be used to bring people from a community closer together. Three trainers were made available for this event, so that the participants would get the best possible experience physically and so that they could have the best access possible to correct information and good sports/nutrition practices. b) Sports Awareness Day in Poiana Țapului A group of young participants have taken part in sporting activities meant to teach them about sporting conduct, fairplay, and safe physical activities. The day culminated with a football match. fișiere
Pentru modelele mari, complexe de montare, poate fi convenabil să editați lista de parametri cu a
editor de text sau chiar pentru a scrie un program care generează parametrii și îi scrie în a
fisier text. În acest caz, este convenabil să poți importa și exporta un text
reprezentarea listei de parametri. Aceste fișiere au un format simplu. Orice linie ca
aceste:

ghici un 5
set b 6
def c a+b

poate fi importat și exportat din pagina Guess, Def, Set prin meniul GDS. Într-un
fișier importat, orice linie care începe cu oricare dintre „ghici”, „def”, „set”, „restricționare”, „după”,
sau „skip” va fi importat ca parametru. Al doilea cuvânt de pe linie va fi luat ca
numele parametrului și cuvintele rămase pe linie vor fi concatinate pentru a forma
expresie matematică. Pe liniile de export va urma acest format:

nume de tip = expresie_matematică

La import se efectuează foarte puține verificări ale erorilor pentru a verifica dacă parametrul este
definit în mod rațional, așa că utilizați această funcție cu precauție.

ARTEMIS: ATOMI, Cristalografice Față Sfârşit la FEFF

ARTEMIS - ATOMI, Front End cristalografic la FEFF

Scopul atomii este de a genera un fișier „feff.inp” din datele cristalografice. The
Partea grea a creării unui fișier „feff.inp” este crearea unei lungi liste de coordonate atomice.
atomii astfel face partea grea a alergării Feff ușor, cel puțin pentru matriele cristaline.

Această pagină poate fi folosită pentru a crea date de intrare pentru atomii de la zero. De asemenea, va fi folosit
pentru a afișa datele cristalografice importate dintr-un fișier „atoms.inp” sau dintr-un fișier CIF. La
importați un fișier „atoms.inp” sau un fișier CIF, utilizați dialogul normal de import al fișierului.

titlu cutie
În partea de sus este o casetă de text pentru introducerea liniilor de titlu care identifică datele cristalografice.
Aceste rânduri vor fi scrise în fișierul „feff.inp” și în partea de sus a fișierului Feff
pagina de interpretare. Acesta este un loc bun pentru a cita referințele din literatură sau pentru a oferi
alte informații importante despre cristal.

Cristal parametrii
În partea stângă a paginii sunt casete de introducere pentru introducerea grupului de spațiu, constantelor latice,
și unghiurile de rețea ale cristalului. Întotdeauna trebuie furnizat un grup spațial. atomii este foarte
flexibil în ceea ce privește modul în care este introdus simbolul grupului de spațiu. Puteți folosi Hermann-Maguin sau
Simboluri Scheonflies sau indexul grupului spațial din Tabelele Internaționale. The
algoritmul care interpretează simbolul este insensibil la spațiul alb și scrierea cu majuscule --
„P m -3 m” și „PM-3M” sunt interpretate la fel. Pentru detalii complete despre cum
simbolurile sunt interpretate, vezi atomii documentare pe site-ul lui Bruce.

Constantele rețelei sunt introduse în unități de Angstrom, unghiurile sunt introduse ca numere zecimale
în grade (și nu în minute de arc -- adică 89 de grade și jumătate sunt introduse ca 89.5 mai degrabă
mai mult de 89'30"). Multe grupuri spațiale au simetrii care formează unele unghiuri de rețea și
constante la fel. În aceste situații, este necesar să completați doar esențialul
valorile. De exemplu, un grup de spațiu cubic necesită doar o valoare pentru constanta „a”.
atomii va ști să seteze celelalte constante ale rețelei la fel și să stabilească unghiurile la 90
grade. Pentru grupurile cu simetrie inferioară, trebuie să furnizați toate informațiile necesare.

Sub constantele rețelei sunt casete de introducere pentru „Rmax” și vectorul de deplasare și un meniu pentru
selectând marginea de absorbție a Feff calcul. „Rmax” este întinderea radială a
cluster care va fi scris în fișierul „feff.inp”. Unele grupuri spațiale sunt date în
Tabele internaționale cu două origini diferite -- adică originea este plasată în site-urile cu
două simetrii de puncte diferite. Coordonatele fracționale ale site-urilor sunt diferite pentru
cele două setări diferite ale cristalului. In acele cazuri, atomii necesită să utilizați a
în special una dintre cele două opțiuni. Dacă datele dvs. de intrare au folosit cealaltă opțiune de origine,
ar trebui să fie destul de evident. În acest caz, numerele de coordonare și distanțele până la
cochiliile de coordonare vor fi de obicei greșite. Când utilizați unul dintre grupurile de spațiu
pentru care există două opțiuni de origine, Artemis va emite un avertisment. Dacă bănuiți că
a fost folosită o alegere greșită a originii, introduceți valorile pentru vectorul de schimbare care au fost
raportate în mesajul de avertizare.

Ocazional, cristalele sunt raportate în literatură folosind origini altele decât cele
unul standard utilizat în Tabelele Internaționale. Un exemplu celebru este oxidul de germaniu. Aici
sunt datele cristalului pentru GeO2:

titlu GeO2 (hexagonal)
spațiu p 32 2 1
a=4.98502 c=5.64800
rmax=6.0 miez=Ge
schimbare 0 0 0.66667
atomi
Ge 0.4513 0.0 0.0
O 0.3969 0.3021 0.0909

Din anumite motive, referința cristalografică pentru acest material folosește o origine care este
deplasat cu 2/3 în direcția z față de originea utilizată în tabelele internaționale.
A obține atomii pentru a calcula corect această structură, vectorul de deplasare dat mai sus trebuie să fie
folosit.

atomi listă
În partea dreaptă a paginii este lista de site-uri cristalografice unice. Ca site-uri noi
sunt create, sunt inserate în listă. Site-urile nu sunt editate direct, în schimb
se folosește zona de editare din partea de jos a ecranului și lista tuturor site-urilor este
afisat aici. Aceasta funcționează la fel ca pagina Guess, Def, Set.

Pentru a edita un site, faceți clic stânga pe intrarea acestuia din listă. Sunt simboluri ale elementelor, coordonatele,
și eticheta site-ului va fi afișată în zona de editare. Se va face clic dreapta pe un site din listă
postați un meniu contextual cu mai multe funcții care pot fi efectuate pe site-ul respectiv. Puteți
reordonați lista folosind elementul de meniu „Mutare”. Un site poate fi copiat și copia adăugată
lista folosind elementul de meniu „Copiere”. Elementul de meniu „Renunțați” elimină complet site-ul
din lista. Lista acceptă selecția extinsă. Când sunt selectate mai multe site-uri (de ex
evidențiat cu galben), elementul de meniu „Renunțați” va funcționa pe toate site-urile selectate.

Site-urile pot fi, de asemenea, reordonate folosind tastatura. „Alt-k” și „Alt-j” pot fi folosite pentru a muta
site-ul selectat în sus sau în jos în listă.

edita zonă
În partea de jos a paginii se află colecția de widget-uri folosite pentru a crea și edita efectiv
situri cristalografice unice. Caseta de elemente este folosită pentru a introduce elementul cu două litere
simbol pentru site. Site-ul nu va fi creat dacă acesta nu este un simbol valid. Eticheta
poate fi orice șir de 10 litere folosit pentru a identifica site-ul. Eticheta este folosită pentru diferențiere
site-uri care conțin același element.

Casetele pentru coordonatele „x”, „y” și „z” pot fi completate cu numere în virgulă mobilă
sau fracții simple. Adică, 0.5 și „1/2” sunt ambele acceptabile. Aceste coordonate sunt
poziții fracționale în celula unitate și nu sunt coordonate carteziene.

După ce ați creat toate site-urile din cristalul dvs., faceți clic pe butonul „Run Atoms”. Asta va
procesați datele cristalografice, creați fișierul „feff.inp”, afișați „feff.inp”
.

atomii șablon fișiere
Datele „feff.inp” care sunt generate atunci când butonul „Run Atoms” este apăsat sunt determinate
de conținutul unui fișier șablon special. Artemis este distribuit cu un număr de
fișiere șablon care servesc diferite scopuri. Structura datelor „feff.inp” este stabilită de
valoarea preferinței „atomi->șablon”. Valoarea implicită este „feff”, care spune
Artemis pentru a utiliza fișierul șablon potrivit pentru rulare Feff6.

Dacă doriți să rulați o altă versiune a Feff, ar trebui să setați „atomi->șablon”
variabilă de preferință la valoarea corespunzătoare. Sunt furnizate șabloane Artemis pentru
scris Feff7 și Feff8 fișiere de intrare. Feff8 pot fi scrise fișiere de intrare care sunt potrivite
pentru calcule XANES sau EXAFS neconsistente.

Uneori, este util să modificați fișierele șablon pentru a scrie „feff.inp” specializat.
date. Dacă aceste fișiere șablon modificate sunt plasate în „~/.horae/atp/" (unix) sau "C:Program
Fișiere\Iffefit\horae\atp" (ferestre), Artemis le va putea găsi.

Final nota
O explicație completă a modului în care atomii funcțiile algoritmilor depășește domeniul de aplicare al acestui document
.

ARTEMIS: FEFF Intrare Fișier

ARTEMIS - Cu privire la FEFF fișier de intrare

Această pagină afișează fișierul Feff date de intrare, care includ unii parametri de control și un lung
lista de coordonate atomice. Această pagină nu este mai sofisticată decât o casetă de text care
servește ca un editor primitiv și un buton în partea de jos pentru rulare Feff. explicând Feff
depășește domeniul de aplicare al acestui document.

Cand feff este terminat, vi se va prezenta un dialog care vă cere câte căi să importați.
Alegerile sunt niciuna, prima cale, primele 10 căi și toate căile. Numărul în
a treia opțiune este configurabilă în dialogul de preferințe. Ar trebui vreodată să reluați
Feff după începerea unui proiect, „niciunul” este de obicei răspunsul corect. Celelalte opțiuni pot
rezultă că una sau mai multe căi sunt definite de două ori în proiect -- o situație confuză.

If Feff nu reușește să ruleze până la final, Artemis va încerca să recunoască problema și să posteze a
sugestie pentru modul de rezolvare a problemei. Dacă Artemis nu vă recunoaște problema,
explică-i lui Bruce ca să poată adăuga acea problemă la Artemisbaza de date de depanare a lui
soluții.

ARTEMIS: Interpretare of il FEFF Calcul

ARTEMIS - Interpretarea FEFF calcul

Această pagină oferă o prezentare concisă a Feff calcul. În partea de sus a paginii este
un rezumat al unora dintre statisticile calculului. Mai jos este o diagramă care arată
detaliile fiecărei căi din calcul. Pentru fiecare cale, degenerarea, jumătatea drumului
sunt afișate lungimea și factorul de amplitudine. Ultima coloană arată un rezumat tokenizat al
calea de împrăștiere -- aceasta vă permite să vedeți dintr-o privire ce atomi au fost implicați în
cale.

Informațiile și meniurile contextuale disponibile pe această pagină vă permit să organizați, să înțelegeți,
și manipulează căile în asta Feff calcul. Aproape toate funcțiile implicând
căile cu excepția scrierea expresiilor matematice pentru parametrii de cale sunt disponibile pe aceasta
.

interpretare diagramă
Culorile și fonturile utilizate în diagramă transmit informații:

Îndrăzneţ, negru font
Acestea sunt căi care au fost importate în proiect și sunt incluse în potrivire.

Îndrăzneţ, maro font
Acestea sunt căi care au fost importate în proiect, dar sunt excluse în potrivire.

în mod normal, negru a) Sport and Nutrition Awareness Day in Manasia Around XNUMX people from the rural commune Manasia have participated in a sports and healthy nutrition oriented activity in one of the community’s sports ready yards. This activity was meant to gather, mainly, middle-aged people from a Romanian rural community and teach them about the benefits that sports have on both their mental and physical health and on how sporting activities can be used to bring people from a community closer together. Three trainers were made available for this event, so that the participants would get the best possible experience physically and so that they could have the best access possible to correct information and good sports/nutrition practices. b) Sports Awareness Day in Poiana Țapului A group of young participants have taken part in sporting activities meant to teach them about sporting conduct, fairplay, and safe physical activities. The day culminated with a football match.
Acestea sunt căi care nu au fost importate în proiect, dar care sunt disponibile
să fie importat.

în mod normal, gri a) Sport and Nutrition Awareness Day in Manasia Around XNUMX people from the rural commune Manasia have participated in a sports and healthy nutrition oriented activity in one of the community’s sports ready yards. This activity was meant to gather, mainly, middle-aged people from a Romanian rural community and teach them about the benefits that sports have on both their mental and physical health and on how sporting activities can be used to bring people from a community closer together. Three trainers were made available for this event, so that the participants would get the best possible experience physically and so that they could have the best access possible to correct information and good sports/nutrition practices. b) Sports Awareness Day in Poiana Țapului A group of young participants have taken part in sporting activities meant to teach them about sporting conduct, fairplay, and safe physical activities. The day culminated with a football match.
Acestea sunt căi care nu sunt disponibile pentru import în proiect. Acestea pot fi
puse la dispoziție prin reluarea programului Feff calcul. După Feff fugi, cel mai bine este să
alegeți „import fără căi” pentru a evita reimportarea căilor aflate deja în proiect. După
că, aceste căi vor fi scrise în text normal, negru, indicând că sunt
disponibil pentru import.

Lumina maro fundal
Fundalul maro deschis este folosit pentru a indica căi de împrăștiere unice.

Lumina albastru fundal
Fundalul albastru deschis este folosit pentru a indica multiplu coliniar sau aproape coliniar
cărări împrăștiate.

Context meniuri
Există meniuri contextuale interesante și utile în fiecare parte a acestei pagini. Aceste meniuri
sunt disponibile făcând clic dreapta.

Făcând clic dreapta oriunde în caseta de text din partea de sus a paginii, va apărea un meniu cu
opțiuni pentru vizualizarea fișierelor din Feff calcul.

Făcând clic dreapta în diagrama de interpretare, se va afișa un meniu cu opțiuni relevante pentru
calea pe linia pe care ați făcut clic. Fiecare dintre cele patru feluri de căi date de cei patru
fonturile descrise mai sus au propriul meniu.

Pentru căile care sunt importate în potrivire, meniul oferă opțiuni pentru trasarea căii,
afișarea paginii acelei căi, incluzând sau excluzând calea în potrivire, selectând sau
deselectând acea cale pentru trasare, făcând acea cale implicită pentru evaluarea def
parametrii după o potrivire, afișarea textului fișierului care conține calea sau eliminarea
calea. Opțiunile de includere sau excludere și de selectare sau deselectare depind
privind starea acelei căi în Lista de date și căi. De asemenea, unele opțiuni ar putea fi gri
afară în funcție de starea acelei căi.

Pentru căile care nu au fost importate în proiect, meniul contextual vă permite
importa calea cu opțiunea de a-și afișa pagina sau de a lăsa afișajul pe Feff
interpretare. Pentru căile care nu sunt disponibile pentru import, este postat un mesaj care spune acest lucru
când se face clic dreapta pe una dintre acele linii.

Diagrama de interpretare permite o selecție extinsă a liniilor din diagramă. Puteți
selectați căi suplimentare ținând apăsată tasta Control în timp ce faceți clic cu mouse-ul stâng
buton. Ținând apăsată tasta Shift în timp ce faceți clic stânga, selectează toată linia dintre ancoră
(cel conturat cu linie întreruptă) și cel pe care dați clic. De asemenea, puteți face clic pe și
trageți pentru a selecta toate liniile peste care trageți. Când este selectată mai mult de o linie,
conținutul meniului contextual se modifică pentru a reflecta funcționalitatea care are sens pentru mulți
poteci. Prin urmare, selecția extinsă în diagrama de interpretare este o modalitate bună de
includerea/excluderea, selectarea/deselectarea sau trasarea unui număr mare de căi.

Meniul contextual care apare atunci când sunt selectate multe linii poate fi puțin surprinzător.
Conținutul său depinde de starea liniei ancorate, care în acest caz este cea
pe care faceți clic dreapta pentru a posta meniul. Opțiunile din meniul contextual vor fi
potrivite stării selecţiei ancorate indiferent de stările celuilalt
liniile selectate. Dacă alegeți un element de meniu care nu are sens pentru unele dintre ele
liniile selectate, acele linii vor fi ignorate.

Iată un exemplu concret. Să presupunem că selectați un număr de linii, dintre care unele sunt
incluse în fit și unele dintre ele nu au fost importate în fit. Dacă atunci
faceți clic dreapta pe una dintre căile incluse, veți obține opțiuni adecvate pentru a fi incluse
poteci. Dacă apoi cereți să trasați căile selectate împreună cu datele, căile incluse
vor fi trasate și căile importate vor fi ignorate. Dacă, în schimb, faceți clic pe una dintre
căile care nu au fost importate încă, meniul contextual vă va oferi opțiunea de
importul căilor selectate. În acest caz, căile care au fost deja importate
va fi ignorat.

bucluc filmare
La ocazie, s-ar putea să vedeți acele linii în Feff interpretarea nu raportează în mod corespunzător
conţinutul căii. Când se întâmplă acest lucru, etichetele de site sunt înlocuite cu acest șir:
" „. Există câteva motive comune pentru care ați putea vedea „ " Etichete:

1. Ai făcut ceva voodoo avansat cu Feff, editând „files.dat” sau „paths.dat”
fișierele, apoi rerulează ultimul modul pentru a produce rezultate specializate.

2. Ați descoperit o eroare în algoritm Artemis folosește pentru a culege informații de la
il Feff calcul. În acest caz, ar trebui să trimiteți fișierul „feff.inp” sau fișierul
Artemis fișierul de proiect către Bruce, astfel încât să poată rezolva problema.

Rețineți că aspectul " „etichetele probabil nu este un indiciu că Feff are
s-a purtat prost. The Feff calculul trebuie să ruleze până la finalizare și să genereze rezultatul normal
înainte ca această problemă să se poată manifesta. The Feff calculul este aproape sigur utilizabil
pentru a analiza datele. The Feff pagina de interpretare este Artemisîncercarea de a se organiza
informații despre Feff calcul într-un format ușor de utilizat. Că asta
efortul organizatoric eşuat nu este neapărat un indiciu că Feff a eșuat.

ARTEMIS: Cale Pagină

ARTEMIS - Pagina cale

Pagina cale este afișată ori de câte ori a Feff calea este selectată din Lista de date și căi.
Această pagină este utilizată pentru a stabili expresiile matematice ale parametrilor căii pentru această cale.

În partea de sus a paginii este o linie care identifică care Feff calcul din care provine această cale.
Mai jos sunt trei comutatoare. Una este folosită pentru a include sau a exclude calea din
utilizați în potrivire. Există multe alte moduri de a intra Artemis pentru a include și exclude alte căi
decât să folosești acest comutator. Consultați pagina de interpretare Feff și „artemis_menubar” pentru mai multe
discuție despre asta. De asemenea, Control-t este același cu a face clic pe această comutare.

A doua comutare este folosită pentru a specifica căile pe care ați dori să le trasați după o potrivire (sau suma
de poteci) este terminat. În mod implicit, datele și potrivirea (sau suma) sunt reprezentate după potrivire
(sau sumă) și nu sunt trasate căi. Toate căile selectate pentru trasare vor fi adăugate la
complot după ce potrivirea (sau suma) este terminată.

Al treilea comutator este folosit pentru a seta calea implicită pentru evaluarea Def
parametrii după potrivire. Este posibil să scrieți expresii matematice care evaluează
diferit pentru căi diferite. Un exemplu ar putea fi o expresie matematică care folosește „reff”
parametru. Pentru orice astfel de parametri Def, este necesar să spuneți Artemis care cale ar trebui
să fie utilizat pentru raportarea acelor parametri în fișierul jurnal. Implicit este folosirea
prima cale listată în Lista de date și căi.

Mai jos este o casetă care rezumă calea. Acest lucru oferă câteva statistici despre cale
precum și afișarea unei „hărți” cu coduri de culori a căii de împrăștiere. Atomul central este
întotdeauna afișat în text roșu. Alți atomi sunt în text negru. Textul gri arată
lungimea și unghiul de împrăștiere al fiecărui segment al căii. În cazul unui multiplu de ordin înalt
cale de împrăștiere care are picioare care au între ele un unghi eta eulerian diferit de zero, the
va fi afișat și unghiul eta. Dacă ultima propoziție a fost o farfurie, este suficient să
știți că căile de acest fel nu sunt aproape niciodată observabile în datele EXAFS reale.

În partea de jos a paginii este lista parametrilor căii. Acesta este cel mai important
secțiunea paginii deoarece aici sunt realizate detaliile modelului de potrivire.
Există o casetă de introducere pentru fiecare dintre diferitele tipuri de parametri de cale. Matematica
expresia corespunzătoare fiecărui parametru trebuie introdusă în caseta de introducere.

Atunci când o Feff calculul este importat în Artemis, un set de parametri automati sunt
generat, introdus în lista de pe pagina Guess, Def, Set și introdus în cale
casete de parametri pentru fiecare cale importată. Comportamentul implicit al Artemis este de a genera o
set de parametri adecvați pentru o simplă împrăștiere unică, prima potrivire a carcasei. În timp ce acesta
ar putea fi OK să faceți clic imediat pe butonul verde mare, majoritatea modelelor de potrivire vor necesita
editare substanțială.

Butonul dreapta al mouse-ului servește mai multor scopuri importante pe pagina de cale. Făcând clic pe
butonul dreapta al mouse-ului oriunde în una dintre casetele de introducere va evidenția cuvântul de dedesubt
cursorul și postați un meniu. Intrările din meniu sunt pentru definirea cuvântului ca a
parametrul de pe pagina Guess, Def, Set. Pentru fiecare tip de parametru există opțiunea de
sărind sau să stea. În ambele cazuri, parametrul este definit și adăugat la lista de pe
pagina GDS. Pentru sărituri, este apoi afișată pagina GDS. Pentru a rămâne, calea curentă
pagina rămâne afișată.

Făcând clic dreapta pe una dintre etichetele parametrilor de cale, se va posta un meniu cu funcții legate
la definirea expresiilor matematice ale parametrilor de cale. Opțiunea „Editare” va apărea un dialog utilizat
pentru introducerea unei expresii matematice și apoi, opțional, exportarea valorii acesteia către alte căi.
Opțiunea „Șterge” face exact asta.

Diferitele opțiuni „Export” sunt modalități de constrângere a parametrilor căii pentru a fi la fel
alte căi. Opțiunile „Grab” fac ca parametrul de cale curent să fie același cu calea
parametrul din calea anterioară sau următoare.

Eticheta „sigma^2” are câteva opțiuni suplimentare. Acestea introduc corect din punct de vedere sintactic
text adecvat utilizării fie a modelului Correlated Debye, fie a modelelor Einstein cu o singură frecvență
pentru sigma^2 a căii.

Pentru a activa afișarea spațiilor pentru „dphase”, „k_array”, „amp_array” sau „phase_array”
parametrii căii, trebuie să faceți clic pe butonul „Parametrii căii extinse” din Căi
meniu.

ARTEMIS: Log Telespectator

ARTEMIS - Vizualizatorul de jurnal

Când o potrivire este ancorată în lista de date și căi, vizualizatorul fișierului jurnal este afișat în
panoul principal. Scopul acestei pagini este de a examina fișierele jurnal de la cea mai recentă potrivire sau
din potrivirile anterioare. Aceste fișiere jurnal pot fi citite individual sau pot fi generate rapoarte
pe baza conținutului lor.

Când această pagină este afișată, fiecare potrivire este introdusă în caseta de listă din partea stângă a
pagină. Făcând dublu clic pe butonul stâng al mouse-ului pe o potrivire în caseta de listă, se va afișa asta
fișierul jurnal brut al lui fit. Făcând clic dreapta pe o potrivire, se va posta un meniu cu opțiuni pentru afișare
fișierul jurnal al acelui potrivire în formă brută, rapidă sau coloană sau pentru efectuarea altor sarcini
legat de acea potrivire.

Totuși, mult mai interesant decât afișarea fișierelor jurnal este generarea de rapoarte privind
fișiere jurnal. În partea de sus a paginii este o casetă combinată pentru selectarea dintre parametrii activați
pagina Guess, Def, Set. Dacă alegeți unul, apoi faceți clic pe butonul „Scrieți raport”.
Găsiți extrasul care indică cea mai bună valoare și incertitudinea parametrilor din fiecare fișier jurnal. Acest
caracteristica vă permite să urmăriți evoluția parametrilor individuali de potrivire pe măsură ce vă dezvoltați
modelul dvs. potrivit.

Caseta combinată care conține numele parametrilor de montaj este completată folosind conținutul
din pagina Guess, Def, Set. Uneori poate fi util să completați caseta combinată
cu numele parametrilor extrase dintr-un fișier jurnal. Acest lucru ar fi util, de exemplu,
pentru examinarea unui parametru care a fost folosit la un moment dat, dar nu mai este pe pagina GDS
sau a fost transformat într-un parametru de ignorare (și astfel nu este inclus în caseta combinată de
Mod implicit). Pentru a face acest lucru, faceți clic dreapta pe o potrivire și selectați elementul „Obțineți lista de parametri”.

Unele modificări pot fi aduse rapoartelor generate de vizualizatorul de jurnal. Dând clic pe
butonul „Calculează valoarea medie”. Artemis pentru a calcula media aritmetică și
abaterea standard a parametrului de la valorile extrase din diferitele fișiere jurnal.
Acestea vor fi afișate în antetul raportului.

Făcând clic pe butonul „Fit Einstein temperature” va spune Artemis pentru a potrivi datele sigma^2 la
un model format dintr-un singur oscilator de frecvență plus un offset constant. Raportul
antetul va conține apoi cele mai bune valori de potrivire și incertitudini pentru caracteristică
temperatură și compensare constantă. Acest calcul se va întâmpla numai în cifrele
meritele pentru fișierele jurnal selectate sunt temperaturile și cele mai bune valori de potrivire pentru cele alese
parametrul sunt valori rezonabile sigma^2. Această funcție efectuează o serie de verificări asupra
cifrele de merit și cele mai bune valori pentru a determina dacă acestea par a fi date adecvate pentru
acest calcul. Aceste euristici pot fi reglate prin setarea parametrilor în vizualizarea jurnalului
secțiunea din dialogul de preferințe.

Ultimul articol din meniul contextual care este afișat când faceți clic dreapta pe un element din
lista de fișiere jurnal este o opțiune pentru a restaura acel model de potrivire. Printre informațiile care se află
salvată de fiecare dată când se face o potrivire este o descriere completă a modelului de fiting, inclusiv
care fișier de date este potrivit, lista completă a Feff calea utilizată și toate datele de potrivire,
și parametrii de cale. Această caracteristică vă permite să reveniți Artemis la starea în care se afla când
s-a făcut o potrivire trecută. Când faci această inversare, Artemis va șterge conținutul
Lista de date și căi și apoi recreați proiectul sub forma fitingului selectat
model. Aceasta este mai mult decât doar o modificare a valorilor parametrilor. Artemis ține evidența tuturor
date și date Feff căile utilizate pe parcursul proiectului și pot restaura chiar și potrivirile
care sunt semnificativ diferite de potrivirea actuală.

Importarea Athena datele proiectului || Fișiere de ieșire || Artemis dosare de proiect ||

ARTEMIS: Trasarea Date

ARTEMIS - Trasarea datelor

Loturi în Artemis sunt realizate folosind elementele selectate din Lista de date și căi, care sunt
cele marcate cu portocaliu. Consultați secțiunea principală a documentului pentru o explicație despre cum
la elementele selectate pentru trasare.

În partea de sus a panoului de diagramă sunt trei butoane mari, roșii. Unul este pentru a face un complot
k-spațiu, unul este pentru R-spațiul, iar al treilea este pentru q-spațiu (adică k-spațiu transformat înapoi).

k-Ponderare
Sub butoanele de plot se află un set de butoane radio pentru setarea greutății k de utilizat în
parcele. Greutatea k aleasă va fi folosită pentru ponderea unui diagramă în spațiul k sau pentru ponderea datelor pentru
Transformarea Fourier. Aceeași greutate k este utilizată pentru fiecare articol selectat. Butonul
marcat cu „kw” are nevoie de o explicație. Când este ales acest buton, greutatea k pentru a fi folosită
graficul va fi determinat din datele care sunt reprezentate. Dacă ponderea k arbitrară
activată pentru setul de date, va fi utilizată valoarea pentru greutatea k arbitrară, în caz contrar
va fi utilizată cea mai mică valoare k-greutate activată. Există două motive pentru a folosi „kw”
buton. Una este să complotezi folosind greutatea ta arbitrară. Celălalt este să faci un complot din doi
sau mai multe seturi de date folosind o pondere k diferită pentru fiecare set de date.

Rețineți că aceste controale k-greutate nu au legătură cu controalele care setează k-greutatea
folosit în potrivire. Ponderarea K pentru potrivire și trasare sunt controlate independent.

selectarea Ce Devine Complotat
Sub butoanele radio k-weight sunt meniuri pentru a alege care parte din funcțiile complexe
chi(R) sau chi(q) pentru a reprezenta grafic. Grafice care implică mai multe părți ale funcțiilor complexe (de ex
real+plic) nu sunt posibile momentan.

Sub aceste meniuri se află trei butoane de verificare utilizate pentru trasarea ferestrei de transformare Fourier,
funcția de fundal și rezidual. Dacă butonul ferestrei este apăsat,
funcția de fereastră corespunzătoare va fi reprezentată în orice diagramă. Fundalul și reziduul
funcțiile sunt reprezentate numai dacă unul dintre elementele selectate este potrivit. Fundalul va
să fie reprezentat grafic numai dacă a fost făcută o rafinare de bază pentru acea potrivire. Dacă o potrivire nu este printre
elementele selectate, fundalul și reziduurile nu vor fi reprezentate. Rețineți că un complot
cu mai mult de o potrivire selectată poate fi destul de confuz dacă fundalul sau rezidual
butoanele sunt apăsate deoarece fundalul și reziduurile vor fi reprezentate pentru fiecare potrivire.

Intervalele pe care se va realiza parcela în cele trei spații sunt controlate de
trei seturi de cutii de intrare.

în plus Trasarea DESCRIERE
Cele două file suplimentare din panoul de plotare conțin comenzile pentru următoarele
utilitati:

Indicatorii

Indicatorii sunt bare verticale care pot fi plasate în locații alese de utilizator în k-, R- sau
q-spațiu. Acești indicatori vor fi afișați de fiecare dată când se face un complot. Ideea este că
indicatorii sunt un ghid pentru ochi, atrăgând atenția asupra unui loc de interes precum datele
fiind trasate modificări.

Indicatorii selectați în spațiul k sau q vor fi reprezentați atât în ​​spațiul k cât și în spațiul q, dar
nu în spațiul R. De asemenea, indicatorii selectați în spațiul R nu vor fi reprezentați în k- sau
q-spațiu.

Mai multe caracteristici ale indicatorilor, inclusiv numărul, tipul de linie și
culoare, poate fi setat în secțiunea Plot din dialogul de preferințe.

Indicatorii joacă bine cu fiecare dintre opțiunile de reprezentare descrise mai jos.

Stivuire

Stivuirea se referă la o deplasare verticală a diferitelor urme. Acest lucru este cel mai util pentru
trasarea diferitelor contribuții de cale în k-spațiu, dar uneori este utilă în alte tipuri
de asemenea a parcelelor. Stivuirea necesită trei parametri care sunt setați în stivuire
carnet de notițe. Primul control este o serie de butoane radio pentru a alege dacă stivuirea
se întâmplă în spațiul k, întotdeauna sau niciodată. Dacă este aleasă opțiunea k-spațiu, atunci grafice q-spațiu
ale părților reale sau imaginare vor fi de asemenea stivuite. (Practic, alegerea „k-space”.
se referă la orice funcție ondulatorie a numărului de undă.) Celelalte două comenzi setează inițiala
valoarea offset și incrementul dintre stații.

Inversând

Inversarea este un instrument util pentru afișarea contribuțiilor căii în „|chi(R)|” parcele.
Când aceasta este selectată, „|chi(R)|” din orice poteci incluse în complot vor fi
înmulțit cu -1, astfel încât să rămână sub axa zero. Sper că acest gen de complot
contribuie la reducerea dezordinei, ajutând în același timp să arăți ce căi contribuie unde. The
butoanele radio de pe acest notecard vă permit să alegeți între niciodată inversarea sau inversarea
„|chi(R)|”, sau inversând ambele „|chi(R)|” și „|chi(q)|”. Părțile reale și imaginare în
R- sau q-spațiul nu sunt niciodată inversate. chi(k) nu este niciodată inversat. Inversarea este dezactivată
ori de câte ori este selectată stivuirea și ar afecta graficul curent (adică nu puteți stivui și
inversează în același timp).

Date set compensările

Această caracteristică este utilă pentru mai multe diagrame cu seturi de date. Acest lucru este similar cu stivuirea în asta
parametrul denotă un offset vertical pentru utilizare în grafic. Fiecare urmă asociată cu a
un anumit set de date este reprezentat la același nivel, dar seturile de date vor fi compensate de
suma specificată de acest control. Aceasta oferă o modalitate de vizualizare simultană a tuturor
se potrivesc părți ale unui set de date multiple. Se recomandă valori negative, cu un negativ
offset, urmele vor fi trasate în aceeași ordine de sus în jos ca și în grafic
legendă.

Stivuirea este dezactivată când sunt utilizate decalaje ale setului de date. Inversarea este utilizată cu setul de date
compensații, deși cred că acest lucru duce la comploturi confuze.

Palete || Utilizarea listei de date și căi || =head1 ARTEMIS: Editarea expresiilor matematice

ARTEMIS - Editarea expresiilor matematice

Dialogul de editare a expresiilor matematice este o modalitate de a seta expresii matematice ale parametrilor de cale
multe căi deodată. Funcționează pe un parametru de cale dat, de exemplu, setează e0 sau sigma^2 pentru
multe căi, dar nu atinge alți parametri de cale. Acest dialog este disponibil în două
diferite meniuri contextuale. Dacă faceți clic dreapta pe eticheta unui parametru de cale de pe pagina de cale
și selectați „Editați pentru mai multe căi”, apoi va apărea dialogul pentru editarea acesteia
parametru. Dacă faceți clic dreapta pe o intrare din Feff pagina de interpretare și selectați
Cascada „Editați parametrii căii”, apoi selectați un parametru de cale, pentru care va apărea dialogul
editarea parametrului respectiv.

Ziua Operației of il Dialog
Dialogul este destul de simplu. În partea de sus este o casetă de introducere a textului pentru a tasta matematica
expresie. Mai jos sunt diverse butoane radio pentru a specifica modul de aplicare a matematicii
expresie la diferitele căi din proiectul dumneavoastră. Opțiunile sunt:

1. Adăugați expresia matematică la fiecare cale din curent Feff calcul.

2. Adăugați expresia matematică la fiecare cale din fiecare Feff calcul.

3. Adăugați expresia matematică la fiecare cale din fiecare Feff calcul asociat cu
setul de date curent.

4. Adăugați expresia matematică la căile selectate (adică cele evidențiate cu portocaliu în
Lista de date și căi).

indicativele
Puteți scrie expresiile matematice folosind token. Tokenurile sunt șiruri scurte de caractere care
vor fi înlocuite cu informații specifice căii pe măsură ce expresia matematică este aplicată fiecăruia
cale. Jetoanele sunt:

%i Indexul căii de la Feff calcul. Acesta este de fapt calculat din numele lui
fișierul `feffNNNN.dat' din Feff calcul. De exemplu, dacă fișierul este
`feff0029.dat', apoi %i se va extinde la 29.

%I Indexul căii de la Feff calcul, completat pentru a umple patru caractere. Pentru
de exemplu, dacă fișierul este „feff0029.dat”, atunci %I se va extinde la 0029.

%r Lungimea efectivă a căii (sau „reff”) de la Feff calcul pentru traseu.

%d Degenerarea căii.

Șablon %DA pentru funcția Debye. Aceasta se extinde întotdeauna la șir
„debye(temp,thetad)” și poate fi necesar să fie editat ulterior pentru a utiliza variabila corectă
nume. Acest lucru este oferit deoarece autorului îi este greu să-și amintească ordinea
argumente la funcția Debye.

Șablon %EA pentru funcția Einstein. Aceasta se extinde întotdeauna la șir
„eins(temp,thetae)” și poate fi necesar să fie editat ulterior pentru a utiliza variabila corectă
nume. Acest lucru este oferit deoarece autorului îi este greu să-și amintească ordinea
argumente ale funcției Einstein.

ARTEMIS: Automata First Coajă Teorie

ARTEMIS - Teoria primului shell automat

Uneori, gândirea la un model potrivit este mai mult decât o problemă merită. Vrei doar o
înjunghiere rapidă și murdară la prima coajă -- poate pentru a măsura centroidul
distribuție, poate pentru a spune dacă un eșantion este 4 sau 6 coordonate. Tot ceea ce.

Artemis nu este extrem de potrivit pentru analiza cu foc rapid, prima obuz. De proiectare,
Artemis tinde să forțeze utilizatorul să încetinească și să se gândească bine la fiecare pas. Artemis is
puternică, dar nu este simplă.

Instrumentul de teorie a primului shell rapid (QFS) este o încercare de a aborda acest neajuns. Aceasta
funcționează astfel:

1. Importați câteva date. Setați transformarea Fourier și parametrii de potrivire la adecvat
valorile. Mai exact, asigurați-vă că setați domeniul de montare astfel încât să înglobeze
primul vârf al datelor.

2. Selectați „Quick first shell theory” din meniul Teorie. Aceasta va afișa QFS
dialog.

3. Dialogul QFS oferă spații pentru selectarea parametrilor pentru un prim shell simplu
teorie. Acestea includ speciile atomice ale absorbantului și ale dispertorului
marginea de absorbție a experimentului, distanța aproximativă dintre absorbant și
dispersor și geometria de coordonare de utilizat în Feff calcul.

În prezent sunt disponibile următoarele geometrii de coordonare:

· Cristal cu 4 coordonate

· Cristal cu 6 coordonate

· moleculă octaedrică

· moleculă tetraedrică

· moleculă pătrat-planară

Teoria QFS nu este probabil foarte sensibilă la alegerea coordonării
geometrie. Deoarece eșantionul necunoscut probabil nu este bine descris de niciunul dintre aceștia
geometrii, toate sunt doar aproximări pentru utilizare într-o potrivire rapidă și murdară.

4. După ce ați configurat parametrii pentru teoria QFS, faceți clic pe „Fă-o!” buton.
Acest lucru va trece prin următoarele fără pauză:

A. Creați un fișier de intrare pentru Feff calcul

b. Alerga Feff

c. Importați prima cale din Feff calcul

d. Creați un set de parametri estimați pentru amplitudine, sigma^2, e0 și
delta R. De asemenea, sunt creați parametri setați pentru al treilea și al patrulea cumulant, dar
sunt setate la zero. Acești parametri cumulați mai mari sunt creați pentru a face acest lucru
ușor de luat în considerare cumulanții mai mari în potrivirile ulterioare doar prin schimbarea lor de la
pus să ghicească.

Dacă aveți o primă coajă mixtă, puteți alege să repetați pașii de la 2 la 4 doi sau mai mulți
ori.

La sfârșitul acestei secvențe, ai rămas cu Artemis în starea sa normală. S-ar putea să ai nevoie
pentru a ajusta parametrii utilizați în potrivire. Dialogul QFS este într-adevăr doar un instrument pentru
stabilirea inițială a proiectului. Nu schimbă în niciun caz funcționarea normală a Artemis.

Dacă importați date dintr-un Athena dosar proiect, specia absorbantului și marginea
va fi setat corect când porniți dialogul.

Bara de meniu || Dialogul de preferințe ||

REFERINȚE

Iată adresele URL relevante:

IFEFFIT
http://cars.uchicago.edu/ifeffit

PGPLOT
http://www.astro.caltech.edu/~tjp/pgplot/

Perl
http://www.perl.com

perl/Tk
http://www.lehigh.edu/~sol0/ptk/

LIPSĂ CARACTERISTICI

Pui pariu!

CEEA CE ESTE IN A NUME?

Artemis a fost zeița vânătorii, o metaforă potrivită care face analiza EXAFS. ARTemis este de asemenea
un joc de cuvinte despre natura analizei EXAFS care funcționează în engleză și în limbile romantice.

Utilizați artemis online folosind serviciile onworks.net