bp_fast_load_gffp - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

bp_fast_load_gff.pl - Încărcați rapid o bază de date Bio::DB::GFF din fișierele GFF.

REZUMAT

% bp_fast_load_gff.pl -d testdb dna1.fa dna2.fa features1.gff features2.gff ...

DESCRIERE

Acest script încarcă o bază de date Bio::DB::GFF cu caracteristicile conținute într-o listă de GFF
fișiere și/sau fișiere de secvență FASTA. Trebuie să utilizați varianta exactă a GFF descrisă în
Biografie::DB::GFF. Diverse opțiuni de linie de comandă vă permit să controlați ce bază de date să încărcați
și dacă să permiteți suprascrierea unei baze de date existente.

Acest script este similar cu load_gff.pl, dar este mult mai rapid. Cu toate acestea, este codificat
folosește MySQL și probabil funcționează doar pe platformele Unix datorită dependenței sale de conducte. Vedea
bp_load_gff.pl pentru un încărcător incremental care funcționează cu toate bazele de date acceptate de
Bio::DB::GFF și bp_bulk_load_gff.pl pentru un încărcător rapid MySQL care acceptă toate platformele.

NOTE
Dacă numele fișierului este dat ca „-”, atunci intrarea este preluată din intrarea standard. Comprimat
fișierele (.gz, .Z, .bz2) sunt decomprimate automat.

Fișierele în format FASTA se disting de fișierele GFF prin extensiile lor de nume de fișier. Fișiere
care se termină în .fa, .fasta, .fast, .seq, .dna și variantele lor majuscule sunt tratate ca FASTA
fișiere. Orice altceva este tratat ca un fișier GFF. Dacă doriți să încărcați fișiere -fasta de la
STDIN, apoi utilizați -f linia de comandă swith cu un argument de „-”, ca în

gunzip my_data.fa.gz | bp_fast_load_gff.pl -d test -f -

Natura încărcării necesită ca baza de date să fie pe mașina locală și ca
utilizatorul indicat are privilegiul „fișier” pentru a încărca tabelele și are suficient spațiu
/usr/tmp (sau orice este specificat de variabila de mediu \$TMPDIR), pentru a păstra
tabelele tranzitoriu. Dacă MySQL dvs. este versiunea 3.22.6 și a fost compilat folosind „load
local file", atunci este posibil să puteți încărca baze de date la distanță cu date locale folosind
opțiunea --local.

Despre maxfeature: valoarea implicită este 100,000,000 de baze. Dacă aveți caracteristici care sunt
aproape sau mai mare de 100 Mb în lungime, atunci valoarea maxfeature ar trebui mărită
la 1,000,000,000. Această valoare trebuie să fie o putere de 10.

Dacă lista de fișiere GFF sau fasta depășește limita nucleului pentru numărul maxim de
argumente din linia de comandă, utilizați opțiunea --long_list /path/to/files.

Adaptorul folosit este dbi::mysqlopt. În prezent, nu există nicio modalitate de a schimba acest lucru.

LINIE DE COMANDA OPŢIUNI

Opțiunile din linia de comandă pot fi abreviate la opțiuni cu o singură literă. de exemplu -d în loc de
--Bază de date.

--Bază de date Numele bazei de date Mysql
--create Reinițializează/creează tabele de date fără a cere
--local Încercați să încărcați o bază de date la distanță folosind date locale.
--user Nume de utilizator pentru a vă autentifica
--fasta Fișier sau director care conține fișiere fasta de încărcat
--parola Parola de utilizat pentru autentificare
--long_list Director care conține un număr foarte mare de
fișiere GFF și/sau FASTA
--maxfeature Setați valoarea dimensiunii maxime a caracteristicii (implicit 100 Mb; trebuie să fie o putere de 10)
--group O listă cu unul sau mai multe nume de etichete (separate prin virgulă sau cu spațiu)
pentru a fi folosit pentru gruparea în coloana a 9-a.
--gff3_munge Activați mungingul numelui GFF3 (vezi Bio::DB::GFF)
--summary Generați statistici rezumate pentru desenarea histogramelor de acoperire.
Acesta poate fi rulat pe o bază de date încărcată anterior sau în timpul
încărcătura.
--Locația temporară a unui director scratch care poate fi scris

Utilizați bp_fast_load_gffp online folosind serviciile onworks.net