bp_seqfeature_loadp - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

bp_seqfeature_load.pl - Încărcați GFF într-o bază de date SeqFeature

DESCRIERE

Transmiteți orice număr de fișiere în format GFF sau fasta (sau GFF cu fasta încorporat) pentru a încărca
caracteristici și secvențe într-o bază de date SeqFeature. Baza de date (și adaptorul) de utilizat este
specificate pe linia de comandă. Utilizați indicatorul --create pentru a crea o nouă bază de date SeqFeature.

REZUMAT

bp_seqfeature_load.pl [opțiuni] gff_or_fasta_file1 [gff_or_fasta_file2 [...]]

Încercați „bp_seqfeature_load.pl --help” sau „--man” pentru mai multe informații.

OPŢIUNI

-d, --dsn
Sursa de date DBI (implicit dbi:mysql:test)

-n, --namespace
Prefixul de tabel de utilizat (implicit undef) Permite mai multe funcții de secvență independente
bazele de date să fie stocate într-o singură bază de date

-s, --seqfeature
Tipul de SeqFeature de creat... RTSC (implicit Bio::DB::SeqFeature)

-a, --adaptor
Adaptorul de stocare (clasa) de utilizat (implicit DBI::mysql)

-v, --verbos
Activați raportarea de progres (implicit true) Utilizați --noverbose pentru a dezactiva această opțiune.

-f, --rapid
Activați încărcarea rapidă. (implicit 0) Disponibil numai pentru unele adaptoare.

-T, --director-temporar
Specificați directorul temporar pentru încărcare rapidă (Fișier implicit::Spec->tmpdir())

-i, --ignore-seqregion
Dacă este adevărat, ignorați directivele ##sequence-region din fișierul GFF3 (implicit, creați o
caracteristică pentru fiecare regiune)

-c, --creează
Creați baza de date și reinițializați-o (implicit false) Notă, aceasta va șterge anterior
conținutul bazei de date, dacă există.

-u, --utilizator
Utilizatorul se conectează la baza de date ca

-p, --parolă
Parola de utilizat pentru a vă conecta la baza de date

-z, --zip
Comprimați tabelele bazei de date pentru a economisi spațiu (implicit false)

-S, --subcaracteristici
Activați indexarea subfuncțiilor (implicit true) Utilizați --nosubfeatures pentru a dezactiva această opțiune.

--rezumat
Generați statistici rezumate pentru graficele de acoperire (implicit fals) Acesta poate fi rulat pe a
baza de date încărcată anterior sau în timpul încărcării. Acesta va fi implicit adevărat dacă --create este
folosit.

-N, --rezumat
Nu generați statistici rezumate pentru a economisi spațiu și timp de încărcare (implicit dacă
--create nu este specificat, utilizați această opțiune pentru a dezactiva în mod explicit statisticile rezumate
când este specificat --create)

--noalias-tinta
Nu creați un atribut Alias ​​a cărui valoare este target_id într-un atribut Target (dacă
caracteristica conține un atribut Target, implicit este de a crea un atribut Alias
a cărui valoare este target_id din atributul Target)

Vă rugăm să consultaţi http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml pentru informații despre GFF3
format. BioPerl extinde ușor formatul prin adăugarea unei directive ##index-subfeatures. A stabilit
aceasta la o valoare adevărată dacă doriți ca baza de date să poată prelua caracteristicile unei caracteristici
părți individuale (cum ar fi exonii unei transcriere) independent de nivelul superior
Caracteristica:

##index-subfuncții 1

De asemenea, este posibil să se controleze indexarea subfuncțiilor de la caz la caz prin
adăugarea „index=1” sau „index=0” la lista de atribute a caracteristicii. Acesta ar trebui folosit numai
pentru subfuncții.

Indexarea subfuncției este adevărată în mod implicit. Setați la false (0) pentru a economisi mult spațiu în baza de date
și performanța vitezei. Puteți folosi --nosubfeatures pentru a forța acest lucru.

Utilizați bp_seqfeature_loadp online folosind serviciile onworks.net