cdhit-454 - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

cd-hit-454 - grupează rapid secvențe, optimizate pentru 454 de date

REZUMAT

cdhit-454 [Opţiuni]

DESCRIERE

====== CD-HIT versiunea 4.6 (construită pe 23 ianuarie 2016) ======

Opţiuni

-i introduceți numele fișierului în format fasta, necesar

-o numele fișierului de ieșire, necesar

-c pragul de identitate a secvenței, implicit 0.98 aceasta este o „identitate a secvenței globale”
calculat ca: numărul de aminoacizi identici în aliniere împărțit la total
lungimea secvenței mai scurte + goluri

-b band_width of alignment, implicit 10

-M limita de memorie (în MB) pentru program, implicit 800; 0 pentru nelimitat;

-T numărul de fire, implicit 1; cu 0, vor fi folosite toate procesoarele

-n word_length, implicit 10, consultați ghidul utilizatorului pentru a-l alege

-aL acoperire de aliniere pentru secvența mai lungă, implicit 0.0 dacă este setată la 0.9,
alinierea trebuie să acopere 90% din secvență

-AL controlul acoperirii alinierii pentru secvența mai lungă, implicit 99999999 dacă este setat la 60,
iar lungimea secvenței este 400, atunci alinierea trebuie să fie >= 340 (400-60)
reziduuri

-la fel de acoperire de aliniere pentru secvența mai scurtă, implicit 0.0 dacă este setată la 0.9,
alinierea trebuie să acopere 90% din secvență

-LA FEL DE controlul acoperirii alinierii pentru secvența mai scurtă, implicit 99999999 dacă este setat la 60,
iar lungimea secvenței este 400, atunci alinierea trebuie să fie >= 340 (400-60)
reziduuri

-B 1 sau 0, implicit 0, în mod implicit, secvențele sunt stocate în RAM dacă sunt setate la 1, secvența
sunt stocate pe hard disk, se recomandă utilizarea -B 1 pentru baze de date uriașe

-g 1 sau 0, implicit 0 prin algoritmul implicit al cd-hit, o secvență este grupată la
primul cluster care îndeplinește pragul (cluster rapid). Dacă este setat la 1, programul va
grupați-l în cel mai asemănător cluster care îndeplinește pragul (precise, dar lent
mod), dar fie 1, fie 0 nu vor schimba reprezentanții clusterelor finale

-D dimensiune maximă per indel, implicit 1

-Meci scor de potrivire, implicit 2

- nepotrivire
scor nepotrivire, implicit -1

-decalaj scorul deschiderii decalajului, implicit -3

-gap-ext
scorul extensiei decalajului, implicit -1

-cos scrieți fișierul cluster de rezervă (1 sau 0, implicit 0)

-h imprimați acest ajutor

Întrebări, erori, contactați Weizhong Li la [e-mail protejat]

Dacă găsiți cd-hit util, vă rugăm să citați:

„Clustering de secvențe extrem de omoloage pentru a reduce dimensiunea proteinelor mari
baza de date", Weizhong Li, Lukasz Jaroszewski & Adam Godzik. Bioinformatica, (2001)
17:282-283 „Cd-hit: un program rapid pentru gruparea și compararea seturilor mari de
proteine ​​sau secvențe de nucleotide", Weizhong Li & Adam Godzik. Bioinformatică, (2006)
22:1658-1659 „Beifang Niu, Limin Fu, Shulei Sun și Weizhong Li. Artificial și
duplicate naturale în citirile de pirosecvențiere ale datelor metagenomice. BMC Bioinformatica
(2010) 11:187

Utilizați cdhit-454 online folosind serviciile onworks.net