cmtk-warpx - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

warpx - înregistrare nerigidă B-spline

REZUMAT

warpx ReferenceImage FloatingImage InitialXform

DESCRIERE

Acest program realizează înregistrarea nerigidă a imaginii utilizând optimizarea cu rezoluție multiplă a
Măsuri de similitudine a imaginilor bazate pe voxel și o transformare B-spline cu rezoluție multiplă
model.

OPŢIUNI

Caritate Setul de instrumente Opţiuni (aceste sunt comun by toate CMTK instrumente)
--Ajutor
Scrieți lista cu opțiunile de bază ale liniei de comandă la ieșirea standard.

--ajută-toți
Scrieți lista completă a opțiunilor de linie de comandă de bază și avansate la ieșirea standard.

--wiki
Scrieți lista de opțiuni de linie de comandă la ieșirea standard în marcajul MediaWiki.

--om
Scrieți sursa paginii de manual în marcajul „nroff” la ieșirea standard.

--xml
Scrieți specificația de sintaxă a liniei de comandă în marcaj XML (pentru integrarea Slicer).

--versiune
Scrieți versiunea setului de instrumente în ieșirea standard.

--ecou
Scrieți linia de comandă curentă la ieșirea standard.

--nivel-verbos
Setați nivelul de verbozitate.

--verbos, -v
Creșteți nivelul de verbozitate cu 1 (învechit; acceptat pentru compatibilitate cu versiunea anterioară).

--fire
Setați numărul maxim de fire paralele (pentru fire POSIX și OpenMP).

Transformare import / export
--iniţială
Inițializați transformarea din calea dată [Mod implicit: NICI UNUL]

--invert-initial
Inversați transformarea inițială dată (afină).

--write-itk-xform
Calea de ieșire pentru transformarea finală în format ITK [Mod implicit: NICI UNUL]

--scriere-reformatată
Scrieți o imagine plutitoare reformatată. [Mod implicit: NICI UNUL]

Transformare parametrii
--grid-spacing
Distanța dintre grila punctelor de control [Mod implicit: 10]

--grilă-rafinare
Numărul de perfecționări (niveluri de rezoluție a grilei punctelor de control) [Mod implicit: 0]

--întârziere-rafinare
Rafinarea grilei punctului de control întârziere; comutați mai întâi la rezoluția următoare a imaginii

--spațierea exactă
Utilizați distanța exactă a punctelor de control; nu modificați spațierea pentru a se potrivi cu imaginea de referință
casetă de încadrare

--ignora-marginea
Ignorați n straturi de puncte de control de-a lungul fiecărei fețe a imaginii [Mod implicit: 0]

--restric
Restricționați deformarea la dimensiunile coordonate [una sau mai multe dintre „x”, „y”, „z”]
[Mod implicit: NICI UNUL]

--fără-remediere-adaptivă
Dezactivați fixarea adaptivă a punctelor de control; optimizarea tuturor parametrilor de deformare

--adaptiv-fix-thresh
Factor de prag pentru criteriul de entropie pentru fixarea punctelor de control locale [Mod implicit: 0.5]

--precise
Mod de calcul precis: poate da rezultate puțin mai bune după substanțial
calcul mai lung [Acest is il Mod implicit]

--rapid
Mod de calcul rapid: poate da rezultate puțin mai proaste decât modul precis, dar salvează
timp CPU substanțial

Regularizare parametrii
--jacobian-constrângere-greutate
Greutate pentru constrângerea de conservare a volumului local bazată pe Jacobian [Mod implicit: 0]

--netezime-constrângere-greutate
Greutatea pentru constrângere de netezime bazată pe energia de îndoire a rețelei de ordinul doi.
[Mod implicit: 0]

--greutate-consistență-inversă
Greutate pentru constrângere de consistență inversă [Mod implicit: 0]

--constrângere-factor-relaxare
Factorul de relaxare a greutății pentru alternarea iterațiilor sub constrângeri [Mod implicit: -unu]

--relaxează-te-de-desfășurare
Înainte de fiecare nivel de rezoluție, regularizați zonele negative-jacobiene ale deformației
să le desfășoare.

Optimizare parametrii
--max-stepsis
Dimensiunea maximă a pasului de optimizare, care determină explorarea spațiului de căutare. [Mod implicit:
-unu]

--min-stepsis
Dimensiunea minimă a pasului de optimizare, care determină precizia. [Mod implicit: -unu]

--factor de pas
Factorul pentru reducerea dimensiunii pasului de căutare. Trebuie să fie > 0.0 și < 1.0 [implicit: 0.5]
[Mod implicit: 0.5]

--delta-f-threshold
Prag opțional pentru a opri optimizarea (nivelul) în cazul schimbării relative a țintei
funcția scade sub această valoare. [Mod implicit: 0]

--no-maxnorm
Utilizați norma Euclid pentru normalizarea gradientului în optimizare, mai degrabă decât norma maximă

Imagine rezoluţie parametrii
--prelevarea de probe , -s
Eșantionarea imaginii (cea mai bună rezoluție a imaginii reeșantionate) [Mod implicit: -unu]

--cel mai grosolan
Limita superioară pentru eșantionarea imaginilor în ierarhie multirezoluție [Mod implicit: -unu]

--omiteți-datele-originale
Nu utilizați datele originale la rezoluție completă pentru etapa finală de înregistrare.

Imagine de date
--înregistrare-metric
Valoarea de înregistrare pentru estimarea mișcării prin înregistrarea imagine-la-imagine. Sprijinit
valori: „nmi”, „mi”, „cr”, „rms”, „msd”, „ncc”, unde implicit este „nmi”, sau utilizați
una dintre următoarele:

--nmi
Valoarea Informațiilor reciproce normalizate [Acest is il Mod implicit]

--mi Valoarea standard pentru informații reciproce

--cr Valoarea raportului de corelație

--rms
Rădăcina pătratică medie a valorii (aceasta este rădăcina pătrată a MSD)

--msd
Valoarea Diferenței medii pătrate

--ncc
Valoarea corelației încrucișate normalizate

plutitor Imagine Interpolare Opţiuni
--interpolare
Metoda de interpolare pentru eșantionarea imaginilor plutitoare: Valori acceptate: „nearest-
vecin”, „liniar”, „cubic”, „cosinus-sinc”, „volum parțial”, „automat”, unde
implicit este „automat”, sau utilizați una dintre următoarele:

--cel mai apropiat vecin
Interpolarea celui mai apropiat vecin (pentru date de intensitate și etichetă)

--liniar
Interpolare triliniară

--cub
Interpolare tricubică

--cosinus-sinc
Interpolare sinc cu fereastră cosinus (cea mai precisă, dar cea mai lentă)

--volum-parțial
Interpolare parțială a volumului (pentru date de etichetă)

--automat
Selectați interpolarea automat pe baza tipului de date: liniar pentru nivel de gri
date, cel mai apropiat vecin pentru datele de etichetă. [Acest is il Mod implicit]

--histograme de potrivire
Potriviți histograma imaginii plutitoare cu histograma imaginii de referință.

--repetare-potrivire-histograme
Repetați potrivirea histogramei după fiecare nivel al înregistrării pentru a ține cont de volum
schimbări. La înregistrarea datelor mascate, este recomandabil să utilizați și funcția --force-
opțiune de valoare exterioară pentru a preveni histogramele nepotrivite.

--forța-în afara-valorii
Forțați valorile din afara câmpului vizual la această valoare, în loc să renunțe la pixeli incompleti
perechi [Mod implicit: dezactivat]

Referinţă Imagine preprocesare
--clasa-ref
Clasa de date: gri (implicit) sau etichetă [Mod implicit: NICI UNUL]

--pad-ref
Valoare de umplutură [Mod implicit: dezactivat]

--treier-min-ref
Pragul minim de trunchiere a valorii [Mod implicit: dezactivat]

--treier-max-ref
Pragul maxim de trunchiere a valorii [Mod implicit: dezactivat]

--prune-histograma-ref
Numărul de coșuri pentru tăierea bazată pe histogramă [Mod implicit: dezactivat]

--histograma-egalizare-ref
Aplicați egalizarea histogramei

--radia-filtru-mediană-ref
Aplicați filtrul median cu raza dată [Mod implicit: 0]

--sobel-filtru-ref
Aplicați filtrul Sobel de detectare a marginilor

--crop-index-ref
Decuparea regiunii în coordonatele indexului pixelilor [analizată ca %d,%d,%d,%d,%d,%d pentru
i0,j0,k0,i1,j1,k1] [Mod implicit: NICI UNUL]

--crop-world-ref
Regiunea de decupare în coordonatele lumii [analizată ca %f,%f,%f,%f,%f,%f pentru
x0,y0,z0,x1,y1,z1] [Mod implicit: NICI UNUL]

--treier-recoltă-ref
Decupare automată în funcție de prag [Mod implicit: dezactivat]

plutitor Imagine preprocesare
--clasa-flt
Clasa de date: gri (implicit) sau etichetă [Mod implicit: NICI UNUL]

--pad-flt
Valoare de umplutură [Mod implicit: dezactivat]

--treier-min-flt
Pragul minim de trunchiere a valorii [Mod implicit: dezactivat]

--treier-max-flt
Pragul maxim de trunchiere a valorii [Mod implicit: dezactivat]

--prune-histogramă-flt
Numărul de coșuri pentru tăierea bazată pe histogramă [Mod implicit: dezactivat]

--histogramă-egalizare-flt
Aplicați egalizarea histogramei

--median-filter-radius-flt
Aplicați filtrul median cu raza dată [Mod implicit: 0]

--sobel-filter-flt
Aplicați filtrul Sobel de detectare a marginilor

--crop-index-flt
Decuparea regiunii în coordonatele indexului pixelilor [analizată ca %d,%d,%d,%d,%d,%d pentru
i0,j0,k0,i1,j1,k1] [Mod implicit: NICI UNUL]

--crop-world-flt
Regiunea de decupare în coordonatele lumii [analizată ca %f,%f,%f,%f,%f,%f pentru
x0,y0,z0,x1,y1,z1] [Mod implicit: NICI UNUL]

--crop-thresh-flt
Decupare automată în funcție de prag [Mod implicit: dezactivat]

producție parametrii
--în afara listei , -o
Calea de ieșire pentru transformarea finală [Mod implicit: NICI UNUL]

--timp , -t
Numele fișierului de ieșire al statisticilor de timp de calcul [Mod implicit: NICI UNUL]

--ieșire-intermediar
Scrieți transformarea pentru fiecare nivel [implicit: scrieți doar transformarea finală]

Imagine/Transformare Baza de date
--db
Calea către baza de date de imagini/transformare care ar trebui actualizată cu noua
înregistrare și/sau imagine reformatată. [Mod implicit: NICI UNUL]

AUTORI

Torsten Rohlfing, cu contribuții de la Michael P. Hasak, Greg Jefferis, Calvin R.
Maurer, Daniel B. Russakoff și Yaroslav Halchenko

Utilizați cmtk-warpx online folosind serviciile onworks.net