convertToAtac - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

sim4dbutils - utilitare pentru a lucra cu fișierele de aliniere generate de sim4db

convertPolishes - convertiți între formatele sim4db și GFF3
filterPolishes - filtrează aliniamentele bazate pe identitatea secvenței, acoperire și lungime.
mergePolishes - îmbinare aliniamente din mai multe fișiere
sortPolishes - sortează aliniamentele după cADN sau indexul secvenței genomice sau numele secvenței
convertToExtent - Convertiți din formatul sim4db într-un format delimitat de tabulatori cu o singură linie
fixPolishesIID - Actualizează un fișier sim4db pentru a utiliza indexul de secvență al unui anumit fișier fasta.
Poate fi folosit și pentru a extrage un subset de aliniamente din fișierul sim4db.
depthOfPolishes - Afișează o histogramă delimitată de tabulatori a adâncimii lustruirii la diferite
dimensiunile ferestrelor.
headPolishes - imprimă primele N aliniamente dintr-un fișier, similar cu cap(1)
pickBestPolish - raportați numai „cea mai bună” aliniere pentru fiecare ADNc
pickUniquePolish - raportează aliniamentele pentru care există o singură aliniere clară
fiecare ADNc.
plotCoverageVsIdentity - generează (1) o histogramă a identității procentuale, (2) o
histograma procentului de acoperire și (3) o listă de procente de identitate și acoperire (pentru
utilizare într-un grafic de dispersie).
uniqPolishes - Filtrează toate aliniamentele pentru cDNA cu mai multe aliniamente (-uniq) sau
cu o singură aliniere (-dupl). Similar cu unic(1)
realignPolishes - recalculați aliniamentele listate într-un fișier sim4db.
reportAlignmentDifferences - generează o histogramă a tipurilor de erori dintr-un set de
aliniamente neacceptată și Deprecated
comparePolishes - Corelați aliniamentele în două fișiere.
convertToAtac - Convertește din formatul sim4db în format ATAC.
detectChimera - examinează aliniamentele pentru secvențe care ar putea fi himerice.
mappedCoverage - Raportează cantitatea de secvență de interogare (EST, cDNA) care este acoperită de
aliniamente.
parseSNP - Analizează aliniamentele pentru SNP.
removeDuplicate - caută în intrare aliniamente duplicate.
vennPolishes - generează o diagramă Venn pentru mai multe fișiere sim4db. Utilizat intern by
ESTMapper cleanPolishs
rezuma polonezuri

DESCRIERE

Aceste programe sunt o serie de utilitare cu care se poate lucra sim4db(1) - fișiere de aliniere generate.

Utilizați convertToAtac online folosind serviciile onworks.net