Aceasta este comanda convertToExtent care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
sim4dbutils - utilitare pentru a lucra cu fișierele de aliniere generate de sim4db
convertPolishes - convertiți între formatele sim4db și GFF3
filterPolishes - filtrează aliniamentele bazate pe identitatea secvenței, acoperire și lungime.
mergePolishes - îmbinare aliniamente din mai multe fișiere
sortPolishes - sortează aliniamentele după cADN sau indexul secvenței genomice sau numele secvenței
convertToExtent - Convertiți din formatul sim4db într-un format delimitat de tabulatori cu o singură linie
fixPolishesIID - Actualizează un fișier sim4db pentru a utiliza indexul de secvență al unui anumit fișier fasta.
Poate fi folosit și pentru a extrage un subset de aliniamente din fișierul sim4db.
depthOfPolishes - Afișează o histogramă delimitată de tabulatori a adâncimii lustruirii la diferite
dimensiunile ferestrelor.
headPolishes - imprimă primele N aliniamente dintr-un fișier, similar cu cap(1)
pickBestPolish - raportați numai „cea mai bună” aliniere pentru fiecare ADNc
pickUniquePolish - raportează aliniamentele pentru care există o singură aliniere clară
fiecare ADNc.
plotCoverageVsIdentity - generează (1) o histogramă a identității procentuale, (2) o
histograma procentului de acoperire și (3) o listă de procente de identitate și acoperire (pentru
utilizare într-un grafic de dispersie).
uniqPolishes - Filtrează toate aliniamentele pentru cDNA cu mai multe aliniamente (-uniq) sau
cu o singură aliniere (-dupl). Similar cu unic(1)
realignPolishes - recalculați aliniamentele listate într-un fișier sim4db.
reportAlignmentDifferences - generează o histogramă a tipurilor de erori dintr-un set de
aliniamente neacceptată și Deprecated
comparePolishes - Corelați aliniamentele în două fișiere.
convertToAtac - Convertește din formatul sim4db în format ATAC.
detectChimera - examinează aliniamentele pentru secvențe care ar putea fi himerice.
mappedCoverage - Raportează cantitatea de secvență de interogare (EST, cDNA) care este acoperită de
aliniamente.
parseSNP - Analizează aliniamentele pentru SNP.
removeDuplicate - caută în intrare aliniamente duplicate.
vennPolishes - generează o diagramă Venn pentru mai multe fișiere sim4db. Utilizat intern by
ESTMapper cleanPolishs
rezuma polonezuri
DESCRIERE
Aceste programe sunt o serie de utilitare cu care se poate lucra sim4db(1) - fișiere de aliniere generate.
Utilizați convertToExtent online folosind serviciile onworks.net
