Aceasta este comanda coverageCount care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
coverageCount - numărarea acoperirii citirilor mapate în fiecare locație în întregime
genomului de referință
DESCRIERE
coverageCount Versiunea 1.5.0-p1
Acest program calculează acoperirea citirilor mapate în fiecare locație de pe
genomul de referință. Acesta generează un fișier binar pentru fiecare cromozom prin concatenarea
niveluri de acoperire ca numere întregi de 4 octeți.
Folosire
coverageCount [opțiuni] -i -o
Argumente necesare:
-i
Numele fișierului de intrare în format SAM sau BAM.
-o
Prefixul fișierelor de ieșire. Fiecare fișier de ieșire conține numere întregi de patru octeți
Argumente opționale:
--maxMOp Numărul maxim de operațiuni „M” permise într-un șir CIGAR.
10 implicit. Atât „X” cât și „=” sunt tratate ca „M”, iar operațiunile „M” adiacente sunt
fuzionate în șirul de trabucuri.
coverageCount Versiunea 1.5.0-p1
Acest program calculează acoperirea citirilor mapate în fiecare locație de pe
genomul de referință. Acesta generează un fișier binar pentru fiecare cromozom prin concatenarea
niveluri de acoperire ca numere întregi de 4 octeți.
Folosire
coverageCount [opțiuni] -i -o
Argumente necesare:
-i
Numele fișierului de intrare în format SAM sau BAM.
-o
Prefixul fișierelor de ieșire. Fiecare fișier de ieșire conține numere întregi de patru octeți
Argumente opționale:
--maxMOp Numărul maxim de operațiuni „M” permise într-un șir CIGAR.
10 implicit. Atât „X” cât și „=” sunt tratate ca „M”, iar operațiunile „M” adiacente sunt
fuzionate în șirul de trabucuri.
Utilizați coverageCount online folosind serviciile onworks.net