dane - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

dan - Calculează temperatura de topire a acidului nucleic

REZUMAT

dan -secvenţă seqall -dimensiunea ferestrei întreg -increment de schimbare întreg -dnaconc pluti
-satconc pluti [-produs comutare] -formamidă pluti - nepotrivire pluti -prodlen întreg
[-termo comutare] -temperatura pluti -rna boolean -complot comutare -mintemp pluti
-grafic xigraf -outfile raportează

dan -Ajutor

DESCRIERE

dan este un program de linie de comandă de la EMBOSS („software-ul european deschis de biologie moleculară
Suită"). Face parte din grupul (grupurile) de comenzi „Nucleic:Properties,Nucleic:Composition”.

OPŢIUNI

Intrare secțiune
-secvenţă seqall

Necesar secțiune
-dimensiunea ferestrei întreg
Valorile punctului de topire și ale altor proprietăți termodinamice ale secvenței sunt
determinat prin luarea unei lungimi scurte de secvență cunoscută sub numele de fereastră și determinarea
proprietățile secvenței din acea fereastră. Fereastra este mutată treptat de-a lungul
secvență cu proprietățile fiind calculate la fiecare nouă poziție. Valoare implicită: 20

-increment de schimbare întreg
Aceasta este valoarea cu care fereastra este mutată la fiecare pas pentru a găsi
punctul de topire și alte proprietăți de-a lungul secvenței. Valoare implicită: 1

-dnaconc pluti
Valoare implicită: 50.

-satconc pluti
Valoare implicită: 50.

Suplimentar secțiune
Produs Opțiuni
-produs comutare
Acest lucru indică procentul de formamidă, procentul de nepotriviri permise și lungimea produsului.

-formamidă pluti
Aceasta specifică procentul de formamidă care trebuie utilizat în calcule (este ignorat, cu excepția cazului în care
-se foloseste produsul). Valoare implicită: 0.

- nepotrivire pluti
Aceasta specifică nepotrivirea procentuală care trebuie utilizată în calcule (este ignorată, cu excepția cazului în care
-se foloseste produsul). Valoare implicită: 0.

-prodlen întreg
Aceasta specifică lungimea produsului care trebuie utilizată în calcule (este ignorată, cu excepția cazului în care
-se foloseste produsul). Valoare implicită: $(windowsize)

termodinamic Opțiuni
-termo comutare
Trimiteți valorile DeltaG, DeltaH și DeltaS ale ferestrelor de secvență în datele de ieșire
fișier.

-temperatura pluti
Dacă a fost specificat -thermo, atunci aceasta specifică temperatura la care se face
calculați valorile DeltaG, DeltaH și DeltaS. Valoare implicită: 25.

Avansat secțiune
-rna boolean
Aceasta specifică faptul că secvența este o secvență de ARN și nu o secvență de ADN.

producție secțiune
-complot comutare
Dacă acest lucru nu este specificat, atunci fișierul de date de ieșire este produs, altfel un grafic al
se produce punctul de topire de-a lungul secvenței.

-mintemp pluti
Introduceți o valoare minimă pentru scala de temperatură (axa y) a graficului. Valoare implicită:
55.

-grafic xigraf

-outfile raportează
Dacă nu este produs un grafic, atunci date despre punctul de topire etc. în fiecare fereastră
de-a lungul secvenței este scos în fișier.

Utilizați dane online folosind serviciile onworks.net