Aceasta este comanda dawg care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
dawg - ansamblu ADN cu goluri, un simulator de secvență ADN
DESCRIERE
Ansamblu ADN cu lansare dawg 1.2 cu goluri Copyright © 2004-2009 Reed A. Cartwright
doza -[scubvhqew?] [-o fişier de ieşire] fişier1 [fişier2...]
-s: procesează fișierele în serie [implicit]
-c: procesează fișierele combinate
-u: ieșire fără tampon
-b: ieșire tamponată [implicit]
-q: dezactivați rapoartele de eroare și avertismente (silențios)
-e: activați rapoartele de eroare [implicit]
-w: activați rapoartele de avertizare [implicit]
-v: afișați informații despre versiune
-h: afișați informații de ajutor
-?: la fel ca -h
-o outputfile: înlocuiți numele fișierului de ieșire în fișierul de configurare
Dawg va citi stdin dacă numele fișierului este „-”.
TIPUL FISIERULUI
Formatul de fișier are o serie de instrucțiuni sub forma „nume = valoare”, unde
„nume” este alfanumeric și valoarea poate fi un șir, număr, boolean, arbore sau vector
a valorilor. O singură variabilă este echivalentă cu un vector al unei singure intrări.
șir: „[char-secvență]”
'[char-secvență]' """[multi-line char-secvență]""" (rm linii noi inițiale și finale)
'''[secvență de caractere cu mai multe linii]''' (kp linii noi inițiale și finale)
număr: [semn]cifre[.cifre][(e|E)[semn]cifre] boolean: adevărat|fals arbore: Newick
Format vector: { valoare, valoare, ...}
OPŢIUNI
Nume Tip Descriere
---------------------------------
Filogenia arborelui VT
TreeScale
N coeficient pentru a scala lungimile ramurilor cu
Secvenţă
VS secvențe rădăcină
Lungimea VN lungimea secvențelor rădăcină generate
Rate VVN rata de evoluție a fiecărei nucleotide de rădăcină
Model S de evoluție: GTR|JC|K2P|K3P|HKY|F81|F84|TN
Frecvențe Frecvențele nucleotidelor VN (ACGT).
Params Parametrii VN pentru modelul de evoluție
Lățimea N lățimea blocului pentru indels și recombinare
Scala Scale de poziție a blocului VN
Coeficienții de varianță Gamma VN pentru eterogenitatea ratei
Parametrii formei Alpha VN
Iota VN proporții ale site-urilor invariante
GapModel
Modele VS de formare a indel: NB|PL|US
Lambda VN rate de formare a indel
GapParams
Parametru VVN pentru modelul indel
Repetări N număr de seturi de date de ieșit
Fișier S fișier de ieșire
Format S format de ieșire: Fasta|Nexus|Phylip|Clustal
GapSingleChar
Lacune de ieșire B ca un singur caracter
GapPlus
B distinge inserțiile de ștergerile în aliniere
KeepFlank
N regiuni de flancare nedeletabile N nuci din secvență
KeepEmpty
B păstrează coloanele goale în alinierea finală
Minuscule
B secvențe de ieșire cu litere mici
Traduceți
B traduce secvențele rezultate în aminoacizi
Sămânță VN sămânță generatoare de numere pseudo-aleatoare (numere întregi)
Out.Block.Cap
S șir de inserat la începutul ieșirii
Out.Block.Tail
S șir de inserat la sfârșitul ieșirii
Out.Block.Înainte de S
șir de inserat înaintea unei secvențe stabilite în ieșire
Out.Block.După
S șir de inserat după o secvență setată în ieșire
Out.Subst
B face înlocuirea variabilei în Out.Block.*
Utilizați dawg online folosind serviciile onworks.net
