dialign2-2 - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

dialign2-2 - Program de aliniere multiplă folosind abordarea segment-la-segment

REZUMAT

dialign2-2 [opțiuni] [seq_file]

seq_file este numele fișierului secvență de intrare; acesta trebuie să fie un fișier FASTA multiplu (toate
secvențe într-un singur fișier).

DESCRIERE

dialign2-2 este un program care construiește aliniamente din perechi fără goluri de segmente similare
a secvenţelor. Dacă (eventual) secvențele de acid nucleic care codifică trebuie aliniate, DIALIGN
opțional traduce „segmentele de acid nucleic” comparate cu „segmente peptidice” în conformitate
la codul genetic -- fără a presupune niciunul dintre cele trei posibile cadre de citire, deci
toate combinațiile de cadre de citire sunt verificate pentru similitudine semnificativă.

În mod implicit, DIALIGN creează un singur fișier care conține

· O aliniere a secvențelor de intrare în format DIALIGN.

· Aceeași aliniere în format FASTA.

· Un arbore de secvențe în format PHYLIP. Acest arbore este construit prin aplicarea UPGMA
metoda de grupare la scorurile de similaritate DIALIGN. Reflectă aproximativ diferitul
grade de similaritate între secvențe. Pentru analize filogenetice detaliate, noi
recomanda metodele uzuale de reconstructie filogenetica.

Formatul fișierelor de ieșire este documentat în /usr/share/doc/dialign/USER_GUIDE.gz.
Formatele de ieșire FASTA, CLUSTALW și MSF sunt disponibile opțional (vezi OPȚIUNI).

OPŢIUNI

-afc
Creează un fișier de ieșire suplimentar „*.afc” care conține datele tuturor fragmentelor luate în considerare
aliniere. AVERTISMENT: acest fișier poate fi URIAȘ!

-afc_v
ca "-afc", dar verbos: fragmentele sunt tipărite în mod explicit. AVERTISMENT: acest fișier poate fi
CHIAR MAI MARE!

-anc
Aliniere ancorată. Necesită un fișier seq_file.anc conţinând puncte de ancorare.

-cs
Dacă segmentele sunt traduse, nu numai „suvita Watson”, ci și „suvia Crick”
este privit.

-cw
Fișier de ieșire suplimentar în format CLUSTAL W.

-d
„Alinierea ADN-ului se accelerează”. Se iau în considerare fragmentele de acid nucleic netraduse
doar dacă încep cu cel puțin două meciuri. Accelerează alinierea ADN-ului pe cheltuială
de sensibilitate.

-fa
Fișier de ieșire suplimentar în format FASTA.

-ff
Creează un fișier *.frg care conțin informații despre toate fragmentele care fac parte din
rețelele de aliniere optime respective, plus informații despre consistența în
aliniere multiplă.

-fn out_file
Fișierele de ieșire sunt denumite out_file.extensie.

-filfizon
Creează un fișier *.filfizon care conțin coordonatele tuturor fragmentelor care fac parte din
aliniamentele respective pe perechi.

-fsm
Creează un fișier *.fsm care conțin coordonatele tuturor fragmentelor care fac parte din final
aliniere

-iw
Greutățile de suprapunere sunt dezactivate (în mod implicit, greutățile de suprapunere sunt utilizate dacă sunt de până la 35
secvențele sunt aliniate). Această opțiune accelerează alinierea, dar poate duce la o reducere
calitatea alinierii.

-lgs
„Secvențe genomice lungi” - combină următoarele opțiuni: -dar, -thr 2, -lmax 30,
-smin 8, -nta, -ff, -filfizon, -ff, -cs, -d, -PST.

-lgs_t
ca "-lgsdar cu toate perechile de segmente evaluate la nivel de peptidă (mai degrabă decât
„aliniamente mixte” ca în cazul opțiunii „-lgs”). Prin urmare, mai rapid decât -lgs, dar nu foarte
sensibile pentru regiunile necodante.

-lmax x
Lungimea maximă a fragmentului = x (Mod implicit: x = 40 sau x = 120 pentru fragmentele „traduse”).
Mai scurte x accelerează programul, dar poate afecta calitatea alinierii.

aceasta
(Ieșire lungă) Fișier suplimentar * .log cu informații legate de fragmente selectate pentru
alinierea perechi și despre consistența în procedura de multi-aliniere.

-dar
„aliniamente mixte” constând din fragmente P și fragmente N dacă secvențe de acid nucleic
sunt aliniate.

-masca
Reziduurile care nu aparțin fragmentelor selectate sunt înlocuite cu caractere `*´ în ieșire
alinierea (în loc să fie tipărită cu litere mici)

-mat
Creează un fișier *mat cu numere de substituție derivate din fragmentele care au fost
selectat pentru aliniere.

-mat_thr t
Ca „-mat” dar numai fragmente cu scorul de greutate > t sunt considerate.

-max_link
Gruparea „legătură maximă” utilizată pentru a construi un arbore de secvență (în loc de UPGMA).

-min_link
Utilizată gruparea „legătură minimă”.

-mot
Opțiunea „Motiv”.

-msf
Fișier de ieșire separat în format MSF.

-n
Secvențele de intrare sunt secvențe de acid nucleic. Nicio traducere a fragmentelor.

-nt
Secvențele de intrare sunt secvențe de acid nucleic și „segmente de acid nucleic” sunt traduse
la „segmente peptidice”.

-nta
„Fără aliniere textuală”. Alinierea textuală a fost suprimată. Această opțiune are sens dacă alta
fișierele de ieșire sunt de interes -- de exemplu fișierele fragment create cu -ff, -filfizon, -fsm or
aceasta.

-o
Versiune rapidă, aliniamentele rezultate pot fi ușor diferite.

-Au
Greutățile de suprapunere aplicate (În mod implicit, greutățile de suprapunere sunt utilizate numai dacă sunt de până la 35
secvențele sunt aliniate deoarece calcularea greutăților de suprapunere necesită timp). Avertizare:
Greutățile suprapuse îmbunătățesc în general calitatea alinierii, dar timpul de rulare crește în
ordinul O(n^4) cu numărul de secvențe. Acesta este motivul pentru care, implicit, se suprapun
ponderile sunt folosite numai pentru seturi de secvențe cu < 36 de secvențe.

-PST
„Starea tipăririi”. Creează și actualizează un fișier *.sta cu informatii despre curent
starea rulării programului. Această opțiune este recomandată dacă seturi mari de date sunt aliniate
deoarece permite utilizatorului să estimeze timpul de rulare rămas.

-smin x
Valoarea minimă de similaritate pentru prima pereche de reziduuri (sau pereche de codoni) în fragmente. Viteze
alinierea proteinelor sau alinierea fragmentelor de ADN traduse în detrimentul
sensibilitate.

-stele x
Numărul maxim de caractere `*´ indicând gradul de similitudine locală între
secvente. În mod implicit, nu sunt folosite stele, ci numere între 0 și 9, în schimb.

-stdo
Rezultatele scrise la ieșirea standard.

- acea
Alinierea textuală standard tipărită (înlocuiește suprimarea aliniamentelor textuale în
opțiuni speciale, de exemplu -lgs).

-thr x
Pragul T = x.

-xfr
„Excludeți fragmente”. Se poate specifica lista de fragmente pentru care NU sunt luate în considerare
alinierea pe perechi.

Observație generală: Dacă sunt utilizate opțiuni contradictorii, opțiunile ulterioare înlocuiesc cele anterioare
cele, de exemplu: dialign2-2 -nt -n seq_file rulează programul cu opțiunea „-n” (nr
traducere!), în timp ce dialign2-2 -n -nt seq_file îl rulează cu opțiunea „-nt”.
(traducere!).

Utilizați dialign2-2 online folosind serviciile onworks.net