gdcmimg - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

gdcmimg - Manipulați fișierul imagine DICOM.

gdcmimg este un instrument de nivel scăzut pentru a permite de-încapsularea din/la imaginea DICOM. Acest instrument face
nu înțeleg conversia sintaxelor de transfer. Acesta va încapsula datele brute așa cum sunt. Acest
are un anumit impact în unele cazuri, vezi avertismentele speciale de mai jos.

Este important de reținut că gdcmimg poate încapsula doar fișierul de intrare adecvat, de exemplu
JPG și/sau JP2 sunt acceptate, deoarece poate fi găsită o sintaxă de transfer DICOM asociată.
Cu toate acestea, intrări precum TIFF și/sau PNG nu sunt, deoarece DICOM nu le acceptă. Vedea
în schimb, un instrument precum gdcm2vtk.

REZUMAT

gdcmimg [opțiuni] fișier-in-fișier-out

DESCRIERE

gdcmimg Instrumentul de linie de comandă poate fi utilizat în două moduri:

· 1. Convertirea unui format de fișier recunoscut în omologul său DICOM încapsulat,

· 2. Anonimizarea unei porțiuni dreptunghiulare a unui fișier DICOM.

PARAMETRI

nume de fișier de intrare de intrare (non-DICOM)

ieșire fișier DICOM nume fișier de ieșire

OPŢIUNI

-i --input Nume fișier de intrare
-o --output Nume fișier de ieșire

SPECIFIC OPŢIUNI

--endian %s Endianness (LSB/MSB).
-d --depth %d Adâncime (Fie 8/16/32, fie Biți alocați, de exemplu, 12 când este cunoscut).
--semn %s Semn pixel (0/1).
--spp %d Probă per pixel (1/3).
-s --size %d,%d Dimensiune.
-C --sop-class-uid SOP Class UID (nume sau valoare).
-T --study-uid Studiu UID.
-S --series-uid Serie UID.
--root-uid UID rădăcină.

COMPLETATI OPŢIUNI

-R --regiunea %d,%d Regiunea.
-F --fill %d Completați cu valoarea pixelului specificată.

GENERAL OPŢIUNI

-h --ajutor
imprimați acest text de ajutor și ieșiți

-v --versiune
imprimați informațiile despre versiunea și ieșiți

-V --verbos
modul verbos (avertisment+eroare).

-W --avertisment
modul de avertizare, imprimați informațiile de avertizare

-E --eroare
modul de eroare, imprimați informații despre eroare

-D --depanare
modul de depanare, imprimați informațiile de depanare

MEDIUL VARIABIL

GDCM_ROOT_UID UID rădăcină

SPRIJINIT FILE FORMAT (POTRIV FILE EXTENSIE)

gdcmimg va baza procesul de conversie pe baza extensiei de fișier. Urmează lista de
extensia de fișier recunoscută. Când nu este găsită nicio extensie, se presupune că fișierul DICOM.

formatul de intrare

* RAW (raw, rawl, gri, rgb)
* RLE (rle)
* PNM (pgm, pnm, ppm)
* JPEG-LS (jls)
* JPEG 2000 (jp2, j2k, j2c, jpx, jpc)
* JPEG (jpg, jpeg, ljpg, ljpeg)
* DICOM ()

format de iesire:

* PGM (pgm, pnm, ppm)
* DICOM ()

Pentru formatul de fișier RAW, ar trebui să aveți grijă deosebită de opțiunea –endian. Pentru (vechi)
Formatul de fișier JPEG, atât formatul cu pierderi, cât și cel fără pierderi sunt acceptate, utilizatorul ar trebui să plătească
atenție la opțiunea –semn. Pentru formatul de fișier, cum ar fi RLE sau RAW, utilizatorul este de așteptat să facă
completați informațiile necesare pentru a găsi dimensiunea și tipul datelor de intrare deoarece nu există
altă modalitate de a găsi aceste informații. Pentru toate celelalte formate de fișier, proprietățile sunt derivate
din formatul de fișier însuși.

Fișierul PNM ar trebui să fie big endian (important pentru adâncime > 8)

TIPIC UTILIZARE

Elimină a dreptunghiular parte of il imagine
Pentru a umple regiunea [0,100]x[0,100] a unei imagini DICOM pur și simplu faceți:

$ gdcmimg --fill 0 --region 0,100,0,100 -i input.dcm -o output_black.dcm

Avertisment: dacă datele pixelilor sunt comprimate, imaginea este mai întâi decomprimată astfel încât acel pixel
poate fi setat la 0, dar nu este re-comprimat.

Converti RAW la SPUN
Extensia recunoscută este .raw, .rawl, .gray sau .rgb (indiferență majuscule și minuscule)

$ gdcmimg --size 512,512 --depth 16 -i input.raw -o output.dcm

imaginea va fi o captură secundară.

Când intrarea este de 3 componente, trebuie să specificați în mod explicit eșantioanele per pixel:

$ gdcmimg --size 512,512 --spp 3 input_rgb.raw output_rgb.dcm

Când numele fișierului conține .rgb ca extensie de fișier, ieșirea este recunoscută automat ca
RGB nu este nevoie să specificați –spp

$ gdcmimg --size 512,512 input.rgb output_rgb.dcm

Aveți posibilitatea să utilizați dd cmd pentru a sări peste orice antet pe care doriți să îl renunțați, de exemplu, dacă
ați dori să săriți peste primii 108 octeți, pur și simplu faceți:

$ dd skip=108 bs=1 if=input.raw of=output.raw

Extensia .raw și .rawl sunt echivalente. Trebuie să specificați în mod explicit endianness
manual:

$ gdcmimg --endian MSB --size 512,512 --depth 16 -i input.raw -o output.dcm

or

$ gdcmimg --endian LSB --size 512,512 --depth 16 -i input.raw -o output.dcm

Converti PGM/PNM/PPM la SPUN
Extensiile recunoscute sunt .pgm, .pnm, .ppm (indiferență majuscule și minuscule)

$ gdcmimg -i input.pgm -o output.dcm

imaginea va fi o captură secundară

Converti RLE la SPUN
Extensia recunoscută este .rle (indiferență majuscule și minuscule)

$ gdcmimg --size 512,512 --depth 16 -i input.rle -o output.dcm

imaginea va fi o captură secundară

Converti JPEG la SPUN
Extensiile recunoscute sunt .jpg, .jpeg, .ljpg, .ljpeg (indiferență majuscule și minuscule)

$ gdcmimg -i input.ljpeg -o output.dcm

imaginea va fi o captură secundară

Converti J2K la SPUN
Extensiile recunoscute sunt .j2k, .jp2, .jpc, jpx, j2c (indiferență majuscule și minuscule)

$ gdcmimg -i input.j2k -o output.dcm

imaginea va fi o captură secundară.

Toate informațiile despre pixeli (biți stocați/alocați...) vor fi derivate din imaginea însăși,
și nu din opțiunile liniei de comandă.

specificarea a POS Clasă UID
În loc de stocarea implicită a imaginilor de captură secundară, este posibil să doriți să specificați, să spunem VL
Stocarea imaginilor fotografice.

$ gdcmimg --sop-class-uid 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.77.1.4 input.jpg output.dcm

MULTIPLU DOSARE

gdcmimg gestionează frumos un set de fișiere (de exemplu jpeg):

$ gdcmimg -C 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.12.1 1.jpg 2.jpg 3.jpg 4.jpg output.dcm

În caz contrar, este important să specificați o clasă SOP care acceptă imagini cu mai multe cadre
gdcmimg va eșua.

START OFFSET

În unele cazuri, este posibil să doriți să creați o secțiune 2D dintr-un volum arbitrar (de exemplu, 3D). În
caz în care – offset devine util:

$ gdcmimg --offset 4954104330 --size 1673,1673 Input3D_1673_1673_1775.raw slice_1770.dcm

AVERTISMENT

Există câteva probleme cu implementarea gdcmimg:

Pentru fișierul RAW, ar trebui să acordați atenție faptului că atunci când utilizați –endian MSB, datele Pixel vor fi
încapsulat așa cum este (nu este atins de gdcmimg). Prin urmare, singura sintaxă de transfer posibilă
disponibil este Implicit VR Big Endian DLX (GE Private). GDCM se ocupă de acest lucru privat
Sintaxa de transfer. Deci, dacă trebuie să convertiți această sintaxă de transfer în alta (și permiteți
manipularea datelor pixel), puteți utiliza:

$ gdcmconv --raw --force input_big_endian_dlx.raw -o output_implicit_vr_little_endian.dcm

Pentru fișierul JFIF și fișierul JP2 (cu antet), antetul este copiat în elementul Pixel Data
ceea ce este ilegal pentru JP2. Utilizați gdcmconv pentru a re-coda corect un fișier JP2/JFIF în J2K/JPG.

$ gdcmimg input.jp2 output_jp2.dcm
$ gdcmconv --j2k --force output_jp2.dcm output_j2k.dcm

Pentru fișierul RLE, nu se verifică depășirea graniței rândului. Se recomandă utilizarea
gdcmconv –rle pentru a re-codifica într-un fișier RLE adecvat în caz de îndoială.

Desigur, dacă compresia nu este ok cu configurația dvs., puteți oricând să dezcapsulați
Fișier DICOM (de obicei JPEG) într-o formă neîncapsulată, folosind gdcmconv:

$ gdcmconv --raw input_jpeg.dcm output_raw.dcm

Utilizați gdcmimg online folosind serviciile onworks.net