Aceasta este comanda gmx-distance care poate fi rulată în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks folosind una dintre multiplele noastre stații de lucru online gratuite, cum ar fi Ubuntu Online, Fedora Online, emulator online Windows sau emulator online MAC OS
PROGRAM:
NUME
gmx-distance - Calculați distanțele dintre perechile de poziții
REZUMAT
distanta gmx [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-oav [<.xvg>]] [-oall [<.xvg>]] [-oxiz [<.xvg>]]
[-Oh [<.xvg>]] [-oallstat [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-dt ] [-tu ] [-xvg ]
[-[nu]rmpbc] [-[nu]pbc] [-sf ] [-selrpos ]
[-seltip ] [-Selectați ] [-len ]
[-tol ] [-binw ]
DESCRIERE
GMX distanţă calculează distanțele dintre perechile de poziții în funcție de timp. Fiecare
selecția specifică un set independent de distanțe de calculat. Fiecare selecție ar trebui
constau din perechi de poziții, iar distanțele sunt calculate între pozițiile 1-2, 3-4,
etc
-oav scrie distanța medie în funcție de timp pentru fiecare selecție. -oall scrie
toate distanțele individuale. -oxiz face același lucru, dar componentele x, y și z ale
distanța sunt scrise în locul normei. -Oh scrie o histogramă a distanțelor pt
fiecare selecție. Locația histogramei este setată cu -len și -tol. Lățimea recipientului este setată
implementate cu -binw. -oallstat scrie media și abaterea standard pentru fiecare individ
distanță, calculată pe cadre.
Rețineți că GMX distanţă calculează distanțele dintre perechile fixe (1-2, 3-4 etc.) în cadrul a
o singură selecție. Pentru a calcula distanța dintre două selecții, inclusiv minim,
distanțele maxime și perechi, utilizați GMX pairist.
OPŢIUNI
Opțiuni pentru specificarea fișierelor de intrare:
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc) (Opțional)
Traiectorie de intrare sau configurație unică: extaz trr cpt mare g96 pdb TNG
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr) (Opțional)
Structura de intrare: TPR mare g96 pdb brk ent
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Opțional)
Grupuri de index suplimentare
Opțiuni pentru specificarea fișierelor de ieșire:
-oav [<.xvg>] (distave.xvg) (Opțional)
Distanțele medii în funcție de timp
-oall [<.xvg>] (dist.xvg) (Opțional)
Toate distanțele în funcție de timp
-oxiz [<.xvg>] (distxyz.xvg) (Opțional)
Componentele distanței în funcție de timp
-Oh [<.xvg>] (disthist.xvg) (Opțional)
Histograma distanțelor
-oallstat [<.xvg>] (diststat.xvg) (Opțional)
Statistici pentru distanțe individuale
Alte opțiuni:
-b (0)
Primul cadru (ps) de citit din traiectorie
-e (0)
Ultimul cadru (ps) de citit din traiectorie
-dt (0)
Folosiți cadrul numai dacă t MOD dt == prima dată (ps)
-tu (ps)
Unitate pentru valorile timpului: fs, ps, ns, us, ms, s
-xvg (xmgrace)
Formatare diagramă: niciunul, xmgrace, xmgr
-[nu]rmpbc (da)
Faceți molecule întregi pentru fiecare cadru
-[nu]pbc (da)
Utilizați condiții periodice la limită pentru calculul distanței
-sf
Furnizați selecții din fișiere
-selrpos (atom)
Poziții de referință ale selecției: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog
-seltip (atom)
Poziții implicite de ieșire de selecție: atom, res_com, res_cog, mol_com, mol_cog,
whole_res_com, whole_res_cog, whole_mol_com, whole_mol_cog, part_res_com,
part_res_cog, part_mol_com, part_mol_cog, dyn_res_com, dyn_res_cog, dyn_mol_com,
dyn_mol_cog
-Selectați
Poziționați perechi pentru a calcula distanțe
-len (0.1)
Distanța medie pentru histogramare
-tol (1)
Lățimea distribuției complete ca fracție de -len
-binw (0.001)
Lățimea recipientului pentru histogramare
Utilizați gmx-distance online folosind serviciile onworks.net
