gmx-spatial - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

gmx-spatial - Calculați funcția de distribuție spațială

REZUMAT

gmx spatial [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-[acum] [-[nu]pbc]
[-[nu]div] [-ign ] [-cos ] [-nab ]

DESCRIERE

GMX spațial calculează funcția de distribuție spațială și o emite într-o formă care poate
să fie citit de VMD ca format de cub Gaussian98. Pentru un sistem de 32,000 de atomi și un 50 ns
traiectorie, SDF-ul poate fi generat în aproximativ 30 de minute, majoritatea timpului fiind dedicat
la cele două trece prin trjconv care sunt necesare pentru a centra totul corect. Acest
de asemenea, ocupă o grămadă de spațiu (3 copii ale fișierului de traiectorie). Totuși, pozele
sunt drăguțe și foarte informative atunci când selecția montată este făcută corect. 3-4 atomi în
un grup larg mobil (cum ar fi un aminoacid liber în soluție) funcționează bine sau selectați
coloana vertebrală a proteinei într-o structură pliată stabilă pentru a obține SDF de solvent și uita-te la
înveliș de solvație cu medie în timp. De asemenea, este posibil să utilizați acest program pentru a genera SDF
pe baza unor coordonate carteziene arbitrare. Pentru a face asta, pur și simplu omiteți preliminarul GMX
trjconv pași.

Utilizare:

1. Utilizare GMX make_ndx pentru a crea un grup care să conțină atomii în jurul căruia doriți SDF

2. GMX trjconv -s a.tpr -f a.tng -o b.tng -boxcenter Tric -noi compact -pbc nici unul

3. GMX trjconv -s a.tpr -f b.tng -o c.tng -potrivi putregai+trans

4. alerga GMX spațial pe c.tng ieșirea pasului #3.

5. Încărcați grilă.cub în VMD și vizualizați ca o izosuprafață.

notițe că sisteme precum miceliile vor necesita GMX trjconv -pbc grup intre pasii 1
și 2.

Avertismente
SDF-ul va fi generat pentru un cub care conține toate binurile care au unele diferite de zero
ocupare. Cu toate acestea, pregătitoare -potrivi putregai+trans opțiunea pentru GMX trjconv implică asta
sistemul dumneavoastră se va roti și se va translată în spațiu (pentru ca grupul selectat
nu). Prin urmare, valorile care sunt returnate vor fi valabile doar pentru o anumită regiune
în jurul grupului/coordonatei dvs. centrale, care are o suprapunere completă cu volumul sistemului
întregul sistem translat/rotat pe parcursul traiectoriei. Depinde de
utilizator pentru a se asigura că acesta este cazul.

Riscant Opțiuni
Pentru a reduce spațiul și timpul necesar, puteți scoate numai coordonatele care sunt
urmând a fi utilizat în prima rulare și în cele ulterioare GMX trjconv. Cu toate acestea, asigurați-vă că
setați -nab opțiunea la o valoare suficient de mare, deoarece memoria este alocată pentru cuburile
pe baza coordonatelor inițiale și a -nab valoarea opțiunii.

OPŢIUNI

Opțiuni pentru specificarea fișierelor de intrare:

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Structură+masă (db): TPR mare g96 pdb brk ent

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Traiectorie: extaz trr cpt mare g96 pdb TNG

-n [<.ndx>] (index.ndx) (Opțional)
Fișier index

Alte opțiuni:

-b (0)
Primul cadru (ps) de citit din traiectorie

-e (0)
Ultimul cadru (ps) de citit din traiectorie

-dt (0)
Folosiți cadrul numai când t MOD dt = prima dată (ps)

-[acum (Nu)
Vedeți rezultatul .xvg, .xpm, .eps și .pdb fișiere

-[nu]pbc (Nu)
Utilizați condiții periodice la limită pentru calcularea distanțelor

-[nu]div (da)
Calculați și aplicați divizorul pentru ocuparea coșelor bazat pe atomi/cub minim
mărimea. Setați ca TRUE pentru vizualizare și ca FALSE (-nodiv) pentru a obține numărări precise
pe cadru

-ign (-1)
Nu afișați acest număr de cuburi exterioare (valorile pozitive pot reduce limita
pete; -1 se asigură că suprafața exterioară este vizibilă)

-cos (0.05)
Lățimea recipientelor (nm)

-nab (4)
Număr de containere suplimentare pentru a asigura o alocare adecvată a memoriei

CUNOSCUT PROBLEME

· Când memoria alocată nu este suficient de mare, poate apărea o eroare de segmentare. Aceasta este
de obicei detectat și programul este oprit înainte de eroare în timp ce se afișează un avertisment
mesaj care sugerează utilizarea -nab Opțiunea (Număr de containere suplimentare). Însă
programul nu detectează toate astfel de evenimente. Dacă întâmpinați o eroare de segmentare, rulați-o
iarăşi cu o creştere -nab valoare.

Utilizați gmx-spatial online folosind serviciile onworks.net