This is the command gt-cds that can be run in the OnWorks free hosting provider using one of our multiple free online workstations such as Ubuntu Online, Fedora Online, Windows online emulator or MAC OS online emulator
PROGRAM:
NUME
gt-cds - Add CDS (coding sequence) features to exon features given in GFF3 file.
REZUMAT
gt CDs [opțiune...] [fișier_GFF3]
DESCRIERE
-minorflen [valoare]
set the minimum length an open reading frame (ORF) must have to be added as a CDS
feature (measured in amino acids) (default: 64)
-startcodon [da|nu]
require than an ORF must begin with a start codon (default: no)
-finalstopcodon [da|nu]
require that the final ORF must end with a stop codon (default: no)
-seqfile [nume de fișier]
setați fișierul de secvență din care să ia secvențele (implicit: nedefinit)
-encseq [nume de fișier]
setați numele index al secvenței codificate de la care să ia secvențele (implicit:
nedefinit)
-seqfiles
setați fișierele de secvență din care să extrageți caracteristicile utilizate -- pentru a termina lista
a fișierelor de secvență
-matchdesc [da|nu]
căutați descrierile secvenței din fișierele de intrare pentru ID-urile secvenței dorite (în
GFF3), raportând primul meci (implicit: nu)
-matchdescstart [da|nu]
se potrivesc exact cu descrierile secvenței din fișierele de intrare pentru secvența dorită
ID-uri (în GFF3) de la început până la primul spațiu alb (implicit: nu)
-usedesc [da|nu]
utilizați descrierile secvenței pentru a mapa ID-urile secvenței (în GFF3) la secvența reală
intrări. Dacă o descriere conține un interval de secvență (de exemplu, III:1000001..2000000),
prima parte este folosită ca ID de secvență (III) și poziția primului interval ca decalaj
(1000001) (implicit: nu)
-cartarea regiunilor [şir]
setați fișierul care conține regiunea-secvență la maparea fișierului secvență (implicit: nedefinit)
-v [da|nu]
fie verbos (implicit: nu)
-o [nume de fișier]
redirecționează rezultatul către fișierul specificat (implicit: nedefinit)
-gzip [da|nu]
scrieți fișierul de ieșire comprimat gzip (implicit: nu)
-bzip2 [da|nu]
scrieți fișierul de ieșire comprimat bzip2 (implicit: nu)
-forta [da|nu]
forțați scrierea în fișierul de ieșire (implicit: nu)
-Ajutor
afișați ajutor și ieșiți
-versiune
afișați informații despre versiune și ieșiți
Format de fișier pentru opțiune -cartarea regiunilor:
Fișierul furnizat opțiunii -regionmapping definește o „mapping”. O cartografiere cartografiază
intrările secvenței-region date în GFF3_file la un fișier de secvență care conține
secvența corespunzătoare. Mapările pot fi definite în una dintre următoarele două forme:
mapare = {
chr1 = „hs_ref_chr1.fa.gz”,
chr2 = „hs_ref_chr2.fa.gz”
}
or
maparea funcției(sequence_region)
returnează "hs_ref_"..sequence_region...".fa.gz"
capăt
Prima formă definește o Lua (http://www.lua.org) tabel numit „mapping” care mapează fiecare
regiunea secvenței la fișierul de secvență corespunzător. Al doilea definește o funcție Lua
„mapping”, care trebuie să returneze numele fișierului secvenței atunci când este apelat cu
sequence_region ca argument.
RAPORTAREA GANDACI
Raportați erori la[e-mail protejat]>.
Use gt-cds online using onworks.net services
