gt-cds - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

gt-cds - Adăugați caracteristici CDS (secvență de codificare) la caracteristicile exonului date în fișierul GFF3.

REZUMAT

gt CDs [opțiune...] [fișier_GFF3]

DESCRIERE

-minorflen [valoare]
setați lungimea minimă pe care trebuie să o adăugați un cadru de citire deschis (ORF) ca CDS
caracteristică (măsurată în aminoacizi) (implicit: 64)

-startcodon [da|nu]
necesită decât un ORF trebuie să înceapă cu un codon de pornire (implicit: nu)

-finalstopcodon [da|nu]
necesită ca ORF final să se termine cu un codon de oprire (implicit: nu)

-seqfile [nume de fișier]
setați fișierul de secvență din care să ia secvențele (implicit: nedefinit)

-encseq [nume de fișier]
setați numele index al secvenței codificate de la care să ia secvențele (implicit:
nedefinit)

-seqfiles
setați fișierele de secvență din care să extrageți caracteristicile utilizate -- pentru a termina lista
a fișierelor de secvență

-matchdesc [da|nu]
căutați descrierile secvenței din fișierele de intrare pentru ID-urile secvenței dorite (în
GFF3), raportând primul meci (implicit: nu)

-matchdescstart [da|nu]
se potrivesc exact cu descrierile secvenței din fișierele de intrare pentru secvența dorită
ID-uri (în GFF3) de la început până la primul spațiu alb (implicit: nu)

-usedesc [da|nu]
utilizați descrierile secvenței pentru a mapa ID-urile secvenței (în GFF3) la secvența reală
intrări. Dacă o descriere conține un interval de secvență (de exemplu, III:1000001..2000000),
prima parte este folosită ca ID de secvență (III) și poziția primului interval ca decalaj
(1000001) (implicit: nu)

-cartarea regiunilor [şir]
setați fișierul care conține regiunea-secvență la maparea fișierului secvență (implicit: nedefinit)

-v [da|nu]
fie verbos (implicit: nu)

-o [nume de fișier]
redirecționează rezultatul către fișierul specificat (implicit: nedefinit)

-gzip [da|nu]
scrieți fișierul de ieșire comprimat gzip (implicit: nu)

-bzip2 [da|nu]
scrieți fișierul de ieșire comprimat bzip2 (implicit: nu)

-forta [da|nu]
forțați scrierea în fișierul de ieșire (implicit: nu)

-Ajutor
afișați ajutor și ieșiți

-versiune
afișați informații despre versiune și ieșiți

Format de fișier pentru opțiune -cartarea regiunilor:

Fișierul furnizat opțiunii -regionmapping definește o „mapping”. O cartografiere cartografiază
intrările secvenței-region date în GFF3_file la un fișier de secvență care conține
secvența corespunzătoare. Mapările pot fi definite în una dintre următoarele două forme:

mapare = {
chr1 = „hs_ref_chr1.fa.gz”,
chr2 = „hs_ref_chr2.fa.gz”
}

or

maparea funcției(sequence_region)
returnează "hs_ref_"..sequence_region...".fa.gz"
capăt

Prima formă definește o Lua (http://www.lua.org) tabel numit „mapping” care mapează fiecare
regiunea secvenței la fișierul de secvență corespunzător. Al doilea definește o funcție Lua
„mapping”, care trebuie să returneze numele fișierului secvenței atunci când este apelat cu
sequence_region ca argument.

RAPORTAREA GANDACI

Raportați erori la[e-mail protejat]>.

Utilizați gt-cds online folosind serviciile onworks.net