infernal - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

Infernal - analiza secvenței folosind profile ale secvenței ARN și structurii secundare
consens

REZUMAT

cmalign
Aliniați secvențele la un model de covarianță

cmbuild
Construiți model(e) de covarianță din secvența multiplă de ARN adnotată structural
aliniere(e)

cmcalibrare
Potriviți cozile exponențiale pentru determinarea valorii E a modelului de covarianță

cmconvert
Convertiți fișierele model de covarianță infernală

cmemit
Secvențe de probă dintr-un model de covarianță

cmfetch
Preluați modele de covarianță dintr-un fișier

cmpress
Pregătiți o bază de date model de covarianță pentru cmscan

cmscan
Căutare secvență(e) în raport cu o bază de date model de covarianță

cmsearch
Căutați modele de covarianță față de o bază de date de secvențe

cmstat
statistici rezumate pentru un fișier model de covarianță

DESCRIERE

Infernal este o suită de mai multe programe pentru alinierea secvenței structurale de ARN și baza de date
căutarea omologiei. Utilizează modele probabilistice numite „modele de covarianță” (CM) pentru
reprezintă omologii evolutivi probabili ai unui aliniament multiplu (sau o singură secvență) a
o familie de secvențe structurale de ARN.

Împreună cu baza de date Rfam a familiilor de ARN și a CM-urilor asociate
(http://rfam.sanger.ac.uk), Infernal poate fi folosit pentru a adnota omologii structurilor cunoscute
Familiile de ARN din genomi.

Infernal este strâns legat de suita de software HMMER pentru utilizarea analizei familiei de secvențe
HMM-uri de profil (http://hmmer.org), dar este conceput special pentru secvența structurală de ARN
familii. Pe lângă modelarea secvenței conservate a unei familii așa cum fac HMM-urile de profil,
CM modelează structura secundară conservată, bine imbricată (fără pseudonoduri) a familiei ca
bine. În consecință, metodele de căutare și aliniere CM sunt relativ computaționale
scump. Infernal folosește HMM-uri de profil ca filtre și pentru a deriva constrângeri pentru a face
Metodele CM mai practice.

Infernal este utilizat în trei moduri principale: pentru a căuta într-o bază de date secvențe noi omologi ai unui
familia ARN (sau adnotare omologi într-un genom); pentru a căuta într-o bază de date CM (cum ar fi Rfam) pentru a găsi
ce familie cunoscută îi aparține o secvență de interogare; și să construiască automat mari
aliniamente multiple (adică cu un număr efectiv nelimitat de secvențe) folosind un CM
reprezentativ al unei familii de secvenţe.

Să presupunem că aveți o aliniere a secvenței multiple adnotate structural a unei secvențe de ARN
familie de interes și doriți să căutați omologi suplimentari într-o bază de date de secvențe.
cmbuild programul construiește model(e) de covarianță din aliniament(e) multiple și cmcalibrare
determină parametri importanți pentru estimarea semnificației statistice a bazei de date
accesări la model în căutările ulterioare.

cmsearch programul caută CM(-uri) pe baza unei baze de date secvențe.

Să presupunem că aveți secvențe pe care doriți să le analizați folosind o bază de date CM bazată pe Infernal
ca Rfam (http://rfam.sanger.ac.uk). cmpress programul formatează un model de covarianță
(cum ar fi fișierul pe care l-ați descărca de la Rfam) într-o bază de date binară Infernal. The
cmscan programul caută secvențe în baza de date.

Să presupunem că doriți să aliniați o mulțime de secvențe. Puteți construi un mic ușor de gestionat
alinierea structurală a unui set reprezentativ de secvențe, construiți un CM cu cmbuild, și
utilizați cmalign program pentru a alinia orice număr de secvențe la acel CM.

Infernal include și câteva instrumente auxiliare pentru lucrul cu baze de date mari CM. cmfetch
preia unul sau mai multe CM dintr-o bază de date. cmstat imprimă statistici rezumate despre un CM
fișier.

Pentru compatibilitate cu versiunile anterioare de Infernal, precum și cu HMMER, cmconvert
programul convertește fișierele CM în alte câteva formate.

cmemit programul generează (simulează) secvențe „omoloage” prin eșantionare dintr-un CM. Aceasta
poate genera și o secvență „consens”.

Fiecare program are propria pagină de manual.

Folosește infernal online folosind serviciile onworks.net