mincstats - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

mincstats - calculează statistici simple între voxelii unui fișier minc

REZUMAT

mincstats [ ] .mnc

DESCRIERE

Mincstats va calcula măsuri statistice simple pentru toți voxelii unui fișier minc.
Rețineți că acestea sunt măsuri statistice globale și nu măsuri voxel cu voxel (vezi
mincaverage pentru asta). În mod implicit, toate statisticile sunt calculate. Dacă vreo statistică este
solicitate printr-o opțiune de linie de comandă, apoi sunt tipărite numai statisticile solicitate.

O caracteristică foarte utilă a acestui program este capacitatea de a restricționa setul de voxeli
incluse în calculul statistic, fie prin restrângerea intervalului de valori incluse,
sau prin utilizarea unui fișier de mască cu un interval restrâns. Intervale multiple pentru fișierul de intrare sau
fișierul masca poate fi specificat. Pentru fiecare interval de valori de volum incluse și pentru fiecare interval
a valorilor măștilor, statisticile relevante sunt tipărite (n*m valori, unde n este numărul
a intervalelor de volum și m numărul de intervale de măști). Aceste calcule se fac într-o singură
trece prin date, astfel încât specificarea mai multor intervale este mult mai rapidă decât rularea
program în mod repetat. Acest lucru este destul de util când se calculează multe medii regionale cu a
Volumul măștii VOI.

Trebuie acordată o mențiune specială histogramelor și măsurilor statistice aferente. The
intervalul implicit al histogramei este de la cea mai mică valoare din fișier la cea mai mare. În
cazul nu neobișnuit, dar special, când numărul de casete de histogramă se potrivește exact cu
numărul de valori posibile din fișier (de exemplu, 256 bins pentru date de octeți cu gamă completă),
histograma poate avea unele caracteristici ciudate atunci când utilizați intervalul implicit de histogramă. Acest
rezultă din discretizarea datelor care sunt apoi rebinate într-o mică măsură
histgrama nepotrivită. Pentru exemplu de date de octeți, valorile care ar trebui utilizate sunt 256
bins și un interval de histogramă care se extinde cu jumătate de bin sub cea mai mică valoare și jumătate de bin
deasupra celui mai mare. Utilizați opțiunea -histogramă_discretă pentru a rezolva acest lucru automat sau utilizați
-histogramă_întreg pentru a avea bins de unități de lățime dacă datele de intrare sunt în mod inerent întregi
(de exemplu, datele etichetei). În general, ar trebui să fie atenți la rebinarea discretizatelor
date la o histogramă cu o dimensiune bin care este apropiată de nivelul de discretizare.

OPŢIUNI

Rețineți că opțiunile pot fi specificate sub formă abreviată (atâta timp cât sunt unice) și
poate fi dat oriunde pe linia de comandă. Ordinea în care sunt tipărite statisticile
vor fi întotdeauna aceleași indiferent de ordinea în care sunt solicitate pe
Linie de comanda

General Opțiuni

- clobber
Suprascrieți un fișier existent.

-noclobber
Nu suprascrieți un fișier existent (implicit).

-verbos
Imprimați informații suplimentare (mai mult decât cele implicite).

-Liniște Imprimați numai numerele solicitate

-max_buffer_size_in_kb mărimea
Specificați dimensiunea maximă a bufferelor interne (în kbytes). Implicit este 4 MB.

Invalid valoare Opțiuni

-ignore_nan
Excludeți valorile nevalide (în afara intervalului valid) din calculele statistice. Aceasta este
implicit.

-include_nan
Tratați valorile nevalide ca zerouri și includeți-le în calculele statistice.

-replace_nan valoare
Înlocuiți valorile nevalide cu valoarea specificată și includeți noua valoare în
calcule statistice.

Volum gamă Opțiuni

-podea min1,min2, ...
Listă de limite inferioare separate prin virgulă pentru intervalele de date de inclus în statistică
calcul.

-tavan max1,max2, ...
Listă de limite superioare separate prin virgulă pentru intervalele de date de inclus în statistică
calcul.

-gamă min1,max1,min2,max2, ...
Lista de limite inferioare și superioare, separate prin virgulă, pentru intervalele de date în care să fie incluse
calcul statistic.

-binvalue val1,val2, ...
Listă de valori întregi separate prin virgulă de inclus în calculul statistic. O gamă
de +/- 0.5 este definit în jurul fiecărei valori specificate.

-masca nume de fișier.mnc
Numele fișierului care va fi utilizat pentru mascarea datelor incluse în calculul statistic. Pentru
acest lucru pentru a avea vreun efect, trebuie să specificați un interval de mască cu unul dintre următoarele
opțiuni.

-mask_floor min1,min2,...:
Aprecieri -podea, dar aplicat fișierului mască.

-mask_tavan max1,max2, ...
Aprecieri -tavan, dar aplicat fișierului mască.

-mask_range min1,max1,min2,max2, ...
Aprecieri -gamă, dar aplicat fișierului mască.

-mask_binvalue val1,val2, ...
Aprecieri -binvalue, dar aplicat fișierului mască.

Histogramă Opțiuni

-histograma nume de fișier
Specificați numele fișierului în care este scrisă histograma. Dacă mai multe intervale
sau intervale de mască sunt specificate, apoi toate histogramele sunt scrise în acest fișier,
separate prin linii goale. Informațiile care descriu fiecare histogramă sunt scrise înainte
acesta în rânduri care încep cu caracterul hash (liră). Aceste fișiere pot fi încărcate
în gnuplot.

-hist_bins număr-de-puze
Specificați numărul de binuri din histogramă.

-pubele număr-de-puze
Sinonim pentru -hist_bins.

-hist_floor minute
Specificați limita inferioară pentru histogramă.

-hist_ceil max
Specificați limita superioară pentru histogramă.

-hist_range minute max
Specificați un interval pentru histogramă

-histogramă_întreg
Creați benzi cu lățimea unității, centrate în jurul valorilor întregi. Acest lucru este util pentru
date întregi, cum ar fi etichetele. Intervalul histogramei este rotunjit la cel mai apropiat număr întreg,
apoi minul este coborât și maximul este crescut cu 0.5. Se ia numărul de pubele
ca diferenţa dintre aceste două valori. Rețineți că 0.01 este adăugat la minim și
scăzut din maximul anterior rotunjirii pentru a se asigura că a
intervalul specificat corect (de ex. [0.5,255.5]) este păstrat. Daca vrei sa ai
casete întregi care sunt mai largi decât unul, va trebui să stabiliți intervalul histogramei
și numărul de coșuri și nu utilizați această opțiune.

-histogramă_discretă
Încercați să potriviți histograma cu discretizarea datelor de intrare. Aceasta este
adecvate pentru datele continue care sunt stocate într-o reprezentare întreagă și
atunci când se dorește o lățime a binului apropiată de discretizare. Aceasta este similară cu
-histogramă_întreg, cu excepția faptului că intervalul histogramei este mai întâi convertit în voxel
valori care sunt rotunjite și extinse cu jumătate de bin pe ambele părți. Acest nou voxel
intervalul este apoi convertit înapoi la valori reale. Numărul de coșuri este considerat ca fiind
diferență în intervalul de valori voxel. Rețineți că acest lucru nu ține cont de variații
în scalarea felie la felie, deci pot apărea efecte ciudate de histogramă. Această opțiune este
menite să dea un comportament asemănător cu cel al volum_stats.

-int_max_bins număr-de-puze
Specificați cea mai mare histogramă care poate fi dimensionată automat cu cele de mai sus
Opțiuni. Limita previne crearea accidentală de histograme uriașe. Această opțiune
înlocuit-o pe cea veche -max_bins opțiune în MINC 1.1.

pachet de bază statistică

-toate Calculați toate măsurile statistice. Aceasta este valoarea implicită.

-nici unul Sinonim pentru -numara (pentru similaritate cu volume_stats). Rețineți că, deși asta a fost
necesar pentru volum_stats, nu este necesar aici, deoarece specificarea vreunuia dintre acestea
opțiunile se dezactivează automat -toate

-numara Numărați numărul de voxeli care se află în interval și masca.

-la sută
Imprimați procentul de voxeli din interval și masca

-volum
Imprimați volumul voxelilor din interval și masca (în mm cub).

- min Tipăriți valoarea minimă.

-max Tipăriți valoarea maximă.

-sumă Tipăriți suma tuturor valorilor.

-sum2 Tipăriți suma pătratelor tuturor valorilor.

-Rău Tipăriți media.

-varianta
Tipăriți variația.

-stddev
Tipăriți abaterea standard.

- asimetrie
Tipăriți asimetria eșantionului (al treilea moment).

-kurtoza
Tipăriți eșantionul de curtoză (al 4-lea moment) .

-CoM Imprimați centrul de masă. Atât coordonatele voxel cât și coordonatele mondiale sunt
tipărite. Coordonatele voxel sunt tipărite în ordinea fișierelor, în timp ce lumea
coordonatele sunt imprimate în ordinea x,y,z.

-COM Sinonim pentru -CoM.

-numai_lume
Imprimați centrul de masă numai în coordonate mondiale.

Histogramă statistică

Rețineți că statisticile histogramelor sunt derivate numai din numărătoarea histogramelor și bin
centre, astfel încât rezultate precum mediana nu vor fi exact aceleași cu valoarea adevărată pentru
toate voxeli incluse. De exemplu, eroarea pe mediană poate fi la fel de mare ca o jumătate de recipient
lăţime. În plus, dacă intervalul histogramei este mai mic decât cel al voxelilor incluși, atunci
rezultatul se aplică numai voxelilor incluse în histogramă.

-hist_count
Tipăriți numărul de voxeli în histogramă. Acesta poate fi diferit de numărul de
voxeli incluse și mascate dacă intervalul histogramei este mai mic decât intervalul
date incluse.

-hist_procent
Imprimați procentul de voxeli incluse în histogramă.

-median
Tipăriți mediana histogramei.

-majoritate
Imprimați centrul coșului (valoarea intensității) pentru coșul cu cele mai multe numărări.

-biModalT
Tipăriți pragul bimodal care separă volumul în două clase. Implicit este
pentru a utiliza metoda otsu (vezi opțiunile de mai jos)

-otsu Utilizați metoda descrisă în Otsu N, „A Threshold Selection Method from Grey-level
Histograms", IEEE Trans on Systems, Man and Cybernetics. 1979, 9:1; 62-66 to
calculați pragul

-kittler
Utilizați algoritmul Kittler&Illingworth '86 pentru a calcula pragul bimodal.
Kittler, J. & Illingworth J., „Prag minim de erori”, Pattern Recognition,
vol 19, pp 41-47, 1986.

-kapur Utilizați Kapur și colab. '85 algoritm pentru calcularea pragului bimodal. Kapur,
Sahoo & Wong „O nouă metodă pentru limitarea imaginii la nivel de gri folosind entropia lui
histograma”, Computer Vision, Graphics, and Image Processing, vol. 29, pp
273-285, 1985.

-simplu
Utilizați un algoritm simplu de medie a mediei pentru a calcula pragul bimodal Acesta este mai mult
costisitoare din punct de vedere computațional decât unele dintre alternative și nu pare să facă a
buna treaba. Dar pare mai robust decât unele dintre celelalte metode.

-pctT Tipăriți pragul necesar pentru un anumit procent critic al histogramei.

-entropie
Imprimați entropia Shannon.

H(x) = - Suma(P(i) * log2(P(i))

unde P(i) este probabilitatea bin

General Opțiuni pentru toate comenzi:

-Ajutor Imprimați rezumatul opțiunilor din linia de comandă și ieșiți.

-versiune
Tipăriți numărul versiunii programului și ieșiți.

Utilizați mincstats online folosind serviciile onworks.net