miniasm - Online în cloud

PROGRAM:

NUME

miniasm - asamblator de novo pentru secvențe de citire lungă

REZUMAT

miniasm [-b12V] [-m minMeci] [-i minIden] [-s minSpan] [-c minCov] [-o minOvlp] [-h
maxHang] [-I intThres] [-g maxGapDiff] [-d maxBubDist] [-e minUtgSize] [-f readFile] [-n
nRotunde] [-r dropRatio] [-F finalDropRatio] [-p outputInfo] cartografiere.paf > ieșire.gfa

DESCRIERE

Miniasm este un asamblator de novo bazat pe OLC foarte rapid pentru citiri lungi zgomotoase. Este nevoie de all-vs-
toate citesc automapările în format PAF ca intrare și ies un grafic de asamblare în GFA
format. Spre deosebire de asamblatorii mainstream, miniasmul nu are un pas de consens. Aceasta
pur și simplu concatenează bucăți de secvențe citite pentru a genera secvențele unitig finale. Prin urmare
rata de eroare pe bază este similară cu citirile de intrare brute.

OPŢIUNI

Preselecție Opțiuni
-m INT Drop mappings care au mai puțin de INT baze de potrivire (col10 în PAF) [100]. Acest
opțiunea are același rol ca și -L de minimapa.

-s INT Aruncă mapările mai scurte decât INT-bp [1000]. Această opțiune o afectează și pe a doua
rundă de filtrare de citire și lungime minimă de suprapunere.

-i PLUTI În timpul filtrării de citire, ignorați mapările cu col10/col11 de mai jos PLUTI [0.05].
Mapările ignorate sunt încă folosite pentru suprapuneri de citire.

-c INT Acoperire minimă de către alte citiri [3]. În prima rundă de filtrare, miniasm
găsește cea mai lungă regiune acoperită de INT sau mai multe lecturi. În runda a doua, ea
în plus necesită ca fiecare bază rămasă să fie acoperită de INT bazele cel puțin
minSpan/2 de la capetele altor citiri.

Suprapunerea Opțiuni
-o INT Lungime minimă de suprapunere [la fel ca minSpan]

-h INT Lungime maximă de consolă [1000]. O surplus este o regiune necartografiată care ar trebui să fie
mapat având în vedere o suprapunere adevărată sau o izolare adevărată. Dacă surplomba este prea lungă,
maparea este considerată o potrivire internă și va fi ignorată.

-I PLUTI Raport minim dintre lungimea cartografierii și lungimea cartografierii+lungimea supraîncărcării pentru o mapare
considerat o izolare sau o suprapunere [0.8]. Această opțiune are un rol similar cu
-h, cu excepția faptului că controlează raportul, nu lungimea.

Grafic aspect Opțiuni
-g INT Diferențele maxime între două citiri într-o mapare [1000]. Acest parametru este
folosit doar pentru reducerea tranzitivă.

-d INT Distanța maximă de sondare pentru izbucnirea bulelor [50000]. Bulele mai lungi decât INT
nu va fi spart.

-e INT O unitate este considerată mică dacă este compusă din mai puțin de INT citește [4].
Miniasm poate încerca să îndepărteze micile unități în diferiți pași.

-f FILE Citiți fișierul de secvență în format FASTA sau FASTQ pentru a genera secvențe unitig
[nul]. Dacă această opțiune este absentă, miniasm produce o ieșire GFA fără
secvențe.

-r FLOAT1,[FLOAT2]
Raportul de suprapunere maxim și minim [0.7,0.5, XNUMX]. Fie suprapunerea(v->w) să fie suprapunerea
lungimea muchiei v->w și maxovlp(v)=max_w{suprapunere(v->w)} să fie lungimea celei mai mari
suprapune. Picăturile de miniasm se suprapun v->w dacă suprapunerea(v->w)/maxovlp(v) este sub o
prag controlat de această opțiune. Miniasmul se aplică nRotunde runde scurte
eliminarea suprapunerii cu un prag crescător între FLOAT1 și FLOAT2.

-n INT Îndepărtarea rundelor de suprapunere scurtă [3].

-F PLUTI Pragul de suprapunere a raportului de cădere după îndepărtarea scurtă a unității [0.8]

Diverse Opțiuni
-b Indicați că în intrare, aceeași mapare este probabil să fie dată de două ori

-1 Sari peste prima rundă de selecție de citire de pre-asamblare

-2 Sari peste a doua rundă de selecție de citire de pre-asamblare

-p STR Informații de ieșire și format [ug]. Posibil STR valorile includ - Bed: post-
regiuni citite filtrate în format BED; PAF: mapări între post-filtrate
citește; sg: citiți graficul de suprapunere în format GFA; ug: graficul unitig în GFA
format.

-V Tipăriți numărul versiunii la stdout

INTRARE FORMAT

Miniasm citește pozițiile de mapare în formatul de mapare în perechi (PAF), care este un TAB-
format de text delimitat, fiecare linie constând din cel puțin 12 câmpuri, așa cum este descris în
următorul tabel:

┌────┬────────┬─────────────────────────────────── ──────────────────────────┐
│Fes / fular │ Tip │ Descriere │
├────┼────────┼─────────────────────────────────── ──────────────────────────┤
│ 1 │ șir │ Numele secvenței de interogare │
│ 2 │ int │ Lungimea secvenței de interogare │
│ 3 │ int │ Coordonata de început a interogării (pe baza 0) │
│ 4 │ int │ Coordonata finală a interogării (pe baza 0) │
│ 5 │ char │ `+' dacă interogare și țintă pe aceeași componentă; `-' dacă este opus │
│ 6 │ șir │ Numele secvenței țintă │
│ 7 │ int │ Lungimea secvenței țintă │
│ 8 │ int │ Coordonata de început țintă pe firul inițial │
│ 9 │ int │ Coordonata finală țintă pe firul original │
│ 10 │ int │ Numărul de baze de potrivire din mapare │
│ 11 │ int │ Baze de numere, inclusiv goluri, în mapare │
│ 12 │ int │ Calitatea cartografierii (0-255 cu 255 pentru lipsă) │
└────┴────────┴─────────────────────────────────── ──────────────────────────┘

Vă rugăm să consultaţi minimapa(1) pentru descrierea detaliată a fiecărui câmp.

REZULTATE FORMAT

Miniasm scoate ansamblul în formatul Graphical Fragment Assembly (GFA). Este un
formatul delimitat de TAB pe linie, cu litera de început indică tipul liniei.
Următorul tabel oferă tipurile de linii utilizate de miniasm:

┌─────┬─────────────┬───────────────────────────── ───────────────────────┐
│Linie │ Comentariu │ Fixed domenii │
├─────┼─────────────┼───────────────────────────── ───────────────────────┤
│ H │ Antet │ N/A │
│ S │ Segment │ segName segSeq │
│ L │ Suprapunere │ segName1 segOri1 segName2 segOri2 ovlpCIGAR │
│ a │ Golden path │ utgName utgStart readName:start-end readOri lungime │
└─────┴─────────────┴───────────────────────────── ───────────────────────┘

Utilizați miniasm online folosind serviciile onworks.net