Aceasta este aplicația Linux numită MIPGen a cărei ultimă versiune poate fi descărcată ca mipgen_v15.tar.gz. Poate fi rulat online în furnizorul de găzduire gratuit OnWorks pentru stații de lucru.
Descărcați și rulați online această aplicație numită MIPGen cu OnWorks gratuit.
Urmați aceste instrucțiuni pentru a rula această aplicație:
- 1. Ați descărcat această aplicație pe computer.
- 2. Introduceți în managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator pe care îl doriți.
- 3. Încărcați această aplicație într-un astfel de manager de fișiere.
- 4. Porniți emulatorul online OnWorks Linux sau Windows online sau emulatorul online MACOS de pe acest site web.
- 5. Din sistemul de operare OnWorks Linux pe care tocmai l-ați pornit, accesați managerul nostru de fișiere https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX cu numele de utilizator dorit.
- 6. Descărcați aplicația, instalați-o și rulați-o.
SCREENSHOTS
Ad
MIPGen
DESCRIERE
Generator de potențial de interacțiune moleculară
MIPGEN este un program python care va calcula grilele de potențial de interacțiune moleculară
peste o moleculă dată, care ar putea fi fie o proteină, fie un mic compus organic (medicament).
Ieșirea va fi o serie de grile cu format DX (*.dx) pe care utilizatorul le va putea
pentru a vizualiza folosind orice program de vizualizare moleculară precum VMD, PyMol, Chimera...
Pentru mai multe informații despre dependențe și utilizare, vă rugăm să citiți Documentația.
Utilizatorii sunt bineveniți să posteze orice eroare sau cerere în meniul BUGS & REQUESTS. (va fi necesar un cont sourceforge).
DESCRIERE
- Generare MIP complet automată, având în vedere un fișier PDB simplu.
- Cod open-source. Utilizatorii sunt bineveniți să contribuie la extinderea sondelor sau la îmbunătățirea codului.
- Calculați potențialele de interacțiune moleculară bazate pe grilă peste peptide și alte sisteme macromoleculare (probabil încă lent pentru sistemele mari)
- Calculați MIP pe molecule mici
- Sonde personalizabile. Deja implementate: sonde hidrofobe, donor H-Bond, acceptor H-Bond și electrostatice.
- Alocarea automată a tipurilor de atomi către molecule și proteine mici prin interfața cu Opensource Antechamber și tLeap din pachetul AmbertTools (http://ambermd.org)
Public
Știință/Cercetare, Utilizatori finali avansați, Dezvoltatori, Utilizatori finali/Desktop
Interfața cu utilizatorul
Consolă/Terminal
Limbaj de programare
Piton
Mediul bazei de date
SQLite
Categorii
Aceasta este o aplicație care poate fi preluată și de la https://sourceforge.net/projects/mipgen/. A fost găzduit în OnWorks pentru a fi rulat online într-un mod cât mai ușor de pe unul dintre sistemele noastre operative gratuite.