Это команда 2ndscore, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
2ndscore - найдите лучшую шпильку, закрепленную в каждой позиции.
СИНТАКСИС
2ndcore in.fasta> out.hairpins
ОПИСАНИЕ
Для каждой позиции в последовательности будет выведена строка:
-0.6 52 .. 62 TTCCTAAAGGTTCCA GCG CAAAA TGC CATAAGCACCACATT
(оценка) (начало .. конец) (левый контекст) (шпилька) (правое содержание)
Для позиций рядом с концом последовательностей контекст может быть дополнен 'x'
символы. Если шпильки найти не удастся, будет выставлен счет «Нет».
Можно указать несколько файлов fasta, и в каждом файле fasta может быть несколько последовательностей. В
вывод для каждой последовательности будет разделен строкой, начинающейся с '>' и содержащей
FASTA описание последовательности.
Поскольку баллы шпильки для плюсовой и минус-прядей могут отличаться (из-за GU
связывание в РНК), по умолчанию 2ndscore выводит два набора шпилек для каждой последовательности:
Шпильки FORWARD и Шпильки REVERSE. Сначала выводятся все передние шпильки, а
идентифицируются по слову «FORWARD» в конце строки «>» перед ними.
Точно так же шпильки REVERSE перечислены после строки '>', оканчивающейся на 'REVERSE'. если ты
хотите искать только одну или другую нить, вы можете использовать:
--no-fwd Не печатать заколки ВПЕРЕД
--no-rvs Не печатать ОБРАТНЫЕ заколки для волос
Вы можете установить используемую функцию энергии, как и в случае с transterm, с помощью --gc, --au, --gu,
--mm, --gap параметры. Также поддерживаются параметры --min-loop, --max-loop и --max-len.
ФОРМАТ OF .СУМКА FILES
Столбцы для файлов .bag расположены в следующем порядке:
1. имя_гена
2. терминатор_старт
3. терминатор_конец
4. шпилька_оценка
5. хвост_оценка
6. терминатор_последовательность
7. terminator_confidence: комбинация оценок за шпильку и хвост, которая
учитывает, насколько вероятны такие оценки в случайной последовательности. Этот
является основным «счетом» для терминатора и вычисляется, как описано в
бумага.
8. APPROXIMATE_distance_from_end_of_gene: * приблизительное * количество оснований
пары между концом гена и началом терминатора. Этот
является приблизительным по нескольким причинам: Во-первых, (и самое главное) TransTermHP
не всегда использует настоящие концы генов. В зависимости от вариантов, которые вы даете
он может обрезать концы генов, чтобы справиться с терминаторами, которые
частично перекрываются генами. Во-вторых, там, где «начинается» терминатор.
не так хорошо определено. Это поле предназначено только для проверки работоспособности
(терминаторы, которые считаются лучшими на концах генов, не должны
_ слишком далеко_ от конца гена).
С ПОМОЩЬЮ ТРАНСТЕРМ БЕЗ ГЕНОМ АННОТАЦИИ
TransTermHP использует известную информацию о генах только для трех целей: (3) пометки предполагаемого
терминаторы либо как «внутренние гены», либо как «межгенные» (2), выбирая фоновые GC-
процент содержания для вычисления оценок, потому что гены часто имеют различное содержание GC
чем межгенные области, и (3) дает немного более читаемый результат. Предметы (1)
и (3) на самом деле не нужны, и (2) не действует, если ваши гены примерно одинаковы.
GC-контент как ваши межгенные регионы.
К сожалению, у TransTermHP пока нет простого варианта работы без аннотации.
файл (либо .ptt, либо .coords) и требует наличия как минимум 2 генов. Решение
заключается в создании поддельных маленьких генов, фланкирующих каждую хромосому. Для этого сделайте фейк. Coords
файл, содержащий только эти две строки:
поддельный ген1 1 2 chome_id
fakegene2 L-1 L chrom_id
где L - длина входной последовательности, а L-1 на 1 меньше длины входной
последовательность. "chrom_id" должно быть словом сразу после ">" в файле .fasta.
содержащий вашу последовательность. (Если, например, ваш файл .fasta начинается с "> seq1", тогда
chrom_id = seq1).
Это создает «фальшивую» аннотацию с двумя генами длиной в 1 основание, фланкирующими последовательность в
расположение хвоста к хвосту: -> <-. После этого TransTermHP можно запустить с:
transterm -p expterm.dat последовательность.fasta fake.coords
Если содержание G / C в ваших межгенных регионах примерно такое же, как у ваших генов, то это
не сильно повлияет на оценки, которые получают терминаторы. С другой стороны,
такое использование TransTermHP практически не тестировалось, поэтому трудно поручиться за его
точность.
Используйте 2ndscore онлайн с помощью сервисов onworks.net
