Это команда bp_process_wormbasep, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
bp_process_wormbase.pl - Массаж файлов WormBase GFF в версию, подходящую для
Универсальный браузер генома
СИНТАКСИС
% bp_process_wormbase.pl ./WS61> wormbase.gff
ОПИСАНИЕ
Этот скрипт массирует файлы Wormbase GFF, расположенные по адресу
ftp://www.wormbase.org/pub/wormbase/GENE_DUMPS в версию формата GFF, подходящую
для отображения в обычном браузере генома. В основном он добавляет комментарии к аннотациям и
обозначает определенные хорошо расположенные генетические локусы как каркасные ориентиры.
Для этого скрипта требуется дистрибутив AcePerl, доступный на CPAN (ищите
Модуль «Ас»).
Чтобы использовать этот сценарий, получите файлы WormBase GFF с FTP-сайта, указанного выше, и поместите
их в каталоге. Было бы неплохо назвать каталог после текущего
выпуск, например WS61. Вам не нужно распаковывать файлы.
Затем укажите этот каталог в качестве аргумента для этого сценария и запишите вывод сценария в
файл:
% bp_process_wormbase.pl ./WS61> wormbase.gff
Может пройти некоторое время, прежде чем вы увидите результат этого скрипта, так как он должен сначала получить ген
и база данных белков из удаленного AceDB, работающего по адресу www.wormbase.org. База червей.gff
Затем файл можно загрузить в базу данных Bio :: DB :: GFF с помощью следующей команды:
% bulk_load_gff.pl -d wormbase.gff
Используйте bp_process_wormbasep в Интернете с помощью сервисов onworks.net
