Это команда bp_search2alnblocksp, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
bp_search2alnblocks - превращает анализируемые отчеты SearchIO в набор выровненных блоков
СИНТАКСИС
bp_search2alnblocks --minid PERCENTID --minlen LEN --minevalue EVALUE файл1.
blast file2.blast ...> out.fas
ОПИСАНИЕ
Этот скрипт будет анализировать и фильтровать вывод BLAST (или другие форматы, которые может анализировать Bio :: SearchIO).
и отформатируйте выравнивание как блоки выравнивания на основе HSP. Обратите внимание, это может только
работать, если в проанализированном входном файле содержится необходимое.
Обычно это можно использовать для преобразования вывода BLAST в формат выравнивания FASTA для ввода.
в систему сравнительного поиска генов QRNA для генов РНК (E.Rivas).
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
--maxevalue Максимальное значение E для HSP
--minevalue Минимальное E-значение для HSP
--minlen Минимальная длина HSP [по умолчанию 0]
--maxid Максимальный идентификатор процента [по умолчанию 100]
(чтобы помочь удалить очень близкие последовательности)
--minid Минимальный процент идентификации для HSP [по умолчанию 0]
-i / - input Необязательное имя входного файла (по умолчанию ожидается ввод в STDIN)
-o / - output Необязательное имя выходного файла (по умолчанию экспортируется в STDOUT)
-f / - формат Укажите другой формат выравнивания поиска-
{fasta, axt, waba, blast, blastxml} разрешены.
хотя формат должен иметь фактическое выравнивание
последовательность для работы этого скрипта
См. L для дополнительной информации.
-of / - outformat Формат вывода для блоков выравнивания, что угодно
L поддерживает.
-v / - verbose Включить отладку
АВТОР - Джейсон Стаджич
Джейсон Стаджич, jason-at-bioperl-dot-org.
Используйте bp_search2alnblocksp онлайн с помощью сервисов onworks.net