АнглийскийФранцузскийИспанский

Ad


Значок OnWorks

bp_search2alnblocksp - Онлайн в облаке

Запустите bp_search2alnblocksp в провайдере бесплатного хостинга OnWorks через Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.

Это команда bp_search2alnblocksp, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.

ПРОГРАММА:

ИМЯ


bp_search2alnblocks - превращает анализируемые отчеты SearchIO в набор выровненных блоков

СИНТАКСИС


bp_search2alnblocks --minid PERCENTID --minlen LEN --minevalue EVALUE файл1.
blast file2.blast ...> out.fas

ОПИСАНИЕ


Этот скрипт будет анализировать и фильтровать вывод BLAST (или другие форматы, которые может анализировать Bio :: SearchIO).
и отформатируйте выравнивание как блоки выравнивания на основе HSP. Обратите внимание, это может только
работать, если в проанализированном входном файле содержится необходимое.

Обычно это можно использовать для преобразования вывода BLAST в формат выравнивания FASTA для ввода.
в систему сравнительного поиска генов QRNA для генов РНК (E.Rivas).

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ


--maxevalue Максимальное значение E для HSP
--minevalue Минимальное E-значение для HSP
--minlen Минимальная длина HSP [по умолчанию 0]
--maxid Максимальный идентификатор процента [по умолчанию 100]
(чтобы помочь удалить очень близкие последовательности)
--minid Минимальный процент идентификации для HSP [по умолчанию 0]
-i / - input Необязательное имя входного файла (по умолчанию ожидается ввод в STDIN)
-o / - output Необязательное имя выходного файла (по умолчанию экспортируется в STDOUT)
-f / - формат Укажите другой формат выравнивания поиска-
{fasta, axt, waba, blast, blastxml} разрешены.
хотя формат должен иметь фактическое выравнивание
последовательность для работы этого скрипта
См. L для дополнительной информации.
-of / - outformat Формат вывода для блоков выравнивания, что угодно
L поддерживает.
-v / - verbose Включить отладку

АВТОР - Джейсон Стаджич


Джейсон Стаджич, jason-at-bioperl-dot-org.

Используйте bp_search2alnblocksp онлайн с помощью сервисов onworks.net


Бесплатные серверы и рабочие станции

Скачать приложения для Windows и Linux

  • 1
    WebTorrent Desktop
    WebTorrent Desktop
    WebTorrent Desktop предназначен для потоковой передачи
    торренты на Mac, Windows или Linux. Это
    подключается как к BitTorrent, так и к
    Одноранговые узлы WebTorrent. Теперь нет
    нужно ждать ...
    Скачать WebTorrent для рабочего стола
  • 2
    GenX
    GenX
    GenX - это научная программа для улучшения
    коэффициент отражения рентгеновских лучей, нейтрон
    отражательная способность и поверхностные рентгеновские лучи
    данные дифракции с использованием дифференциального
    алгоритм эволюции ....
    Скачать GenX
  • 3
    pspp4windows
    pspp4windows
    PSPP — программа для статистического
    анализ выборочных данных. это бесплатно
    замена фирменной программе
    СПСС. PSPP имеет как текстовую, так и
    графические нас...
    Скачать pspp4windows
  • 4
    Расширения Git
    Расширения Git
    Git Extensions - это автономный инструмент пользовательского интерфейса
    для управления репозиториями Git. Это также
    интегрируется с проводником Windows и
    Microsoft Visual Studio
    (2015/2017/2019). Ч ...
    Скачать расширения Git
  • 5
    eSpeak: синтез речи
    eSpeak: синтез речи
    Механизм преобразования текста в речь для английского и
    многие другие языки. Компактный размер с
    четкое, но искусственное произношение.
    Доступен в виде программы командной строки с
    много ...
    Скачать eSpeak: синтез речи
  • 6
    Карта неба / Cartes du Ciel
    Карта неба / Cartes du Ciel
    SkyChart — программа для построения графиков
    ночное небо для астронома-любителя
    из скопления звезд и туманностей
    каталоги. Полную информацию см. на главной веб-странице.
    скачать...
    Скачать Sky Chart / Cartes du Ciel
  • Больше »

Команды Linux

Ad