Это команда bp_seqfeature_loadp, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
bp_seqfeature_load.pl - Загрузить GFF в базу данных SeqFeature
ОПИСАНИЕ
Передайте любое количество файлов формата GFF или fasta (или GFF со встроенным fasta), чтобы загрузить
функции и последовательности в базу данных SeqFeature. База данных (и адаптер) для использования:
указан в командной строке. Используйте флаг --create, чтобы создать новую базу данных SeqFeature.
СИНТАКСИС
bp_seqfeature_load.pl [параметры] gff_or_fasta_file1 [gff_or_fasta_file2 [...]]
Для получения дополнительной информации попробуйте bp_seqfeature_load.pl --help или --man.
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
-д, --дсн
Источник данных DBI (по умолчанию dbi: mysql: test)
-n, --пространство имен
Используемый префикс таблицы (по умолчанию undef). Позволяет использовать несколько независимых последовательностей.
базы данных будут храниться в единой базе данных
-s, --seqfeature
Тип SeqFeature для создания ... RTSC (по умолчанию Bio :: DB :: SeqFeature)
-а, --адаптор
Адаптер хранилища (класс) для использования (по умолчанию DBI :: mysql)
-v, --подробный
Включить подробный отчет о ходе выполнения (по умолчанию true) Используйте --noverbose, чтобы отключить это.
-ф, --быстро
Активировать быструю загрузку. (по умолчанию 0) Доступно только для некоторых адаптеров.
-T, - временный-каталог
Укажите временный каталог для быстрой загрузки (по умолчанию File :: Spec->tmpdir ())
-i, --ignore-seqregion
Если true, игнорировать директивы ## sequence-region в файле GFF3 (по умолчанию, создать
особенность для каждого региона)
-с, --создать
Создайте базу данных и повторно инициализируйте ее (по умолчанию false). Обратите внимание, что это сотрет предыдущие
содержимое базы данных, если есть.
-у, --пользователь
Пользователь для подключения к базе данных как
-p, --пароль
Пароль для подключения к базе данных
-з, --зип
Сжать таблицы базы данных для экономии места (по умолчанию false)
-S, --подфункции
Включить индексирование подфункций (по умолчанию true) Используйте --nosubfeatures, чтобы выключить это.
--резюме
Сгенерировать сводную статистику для графиков покрытия (по умолчанию - false). Это можно запустить на
ранее загруженная база данных или во время загрузки. По умолчанию будет установлено значение true, если --create -
используемый.
-N, --nosummary
Не генерировать сводную статистику для экономии места и времени загрузки (по умолчанию, если
--create не указан, используйте эту опцию для явного отключения сводной статистики
когда указан --create)
--ноалиас-цель
Не создавайте атрибут Alias, значением которого является target_id в атрибуте Target (если
функция содержит атрибут Target, по умолчанию создается атрибут псевдонима
чье значение - target_id в атрибуте Target)
См. http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml для информации о GFF3
формат. BioPerl немного расширяет формат, добавляя директиву ## index-subfeatures. Установленный
это истинное значение, если вы хотите, чтобы база данных могла извлекать
отдельные части (например, экзоны транскрипта) независимо от верхнего уровня
функции:
## index-subfeatures 1
Также можно контролировать индексацию подкомпонентов в индивидуальном порядке с помощью
добавление «index = 1» или «index = 0» в список атрибутов функции. Это следует использовать только
для подкомпонентов.
По умолчанию индексирование подкомпонентов истинно. Установите значение false (0), чтобы сэкономить много места в базе данных.
и скоростные характеристики. Вы можете использовать --nosubfeatures, чтобы принудительно это сделать.
Используйте bp_seqfeature_loadp в Интернете с помощью сервисов onworks.net
