clustalw - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

clustalw - множественное выравнивание последовательностей нуклеиновой кислоты и белка

СИНТАКСИС

Clustalw [-файл] файл.ext [ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ]

Clustalw [-Помощь | -полная помощь]

ОПИСАНИЕ

Clustal W - это универсальная программа для множественного выравнивания ДНК или белков.

Программа выполняет одновременное выравнивание множества нуклеотидных или аминокислотных последовательностей. Это
обычно запускается в интерактивном режиме, предоставляя меню и интерактивную справку. Если вы предпочитаете использовать
это в режиме командной строки (пакетном), вам нужно будет указать несколько параметров, минимальный из которых
-файл.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

ДАННЫЕ (последовательности)
-infile =файл.ext
Входные последовательности.

-profile1 =файл.ext и -profile2 =файл.ext
Профили (старое выравнивание)

ГЛАГОЛЫ (из вещи)
-параметры
Перечислите параметры командной строки.

-Помощь or -чек
Обозначьте параметры командной строки.

-полная помощь
Вывести полное содержание справки.

-выровнять
Сделайте полное множественное выравнивание.

-дерево
Рассчитайте дерево штата Нью-Джерси.

-пим
Вывести единичную матрицу процентов (при вычислении дерева).

-бутстрап=n
Загрузите дерево Нью-Джерси (n= количество бутстрепов; деф. = 1000).

-перерабатывать
Выведите входные последовательности в другом формате файла.

ПАРАМЕТРЫ (набор вещи)
Общие параметры:
-интерактивный
Прочтите командную строку, затем войдите в обычные интерактивные меню.

-быстрое дерево
Используйте алгоритм FAST для дерева направляющих выравнивания.

-type =
БЕЛКА or ДНК последовательности.

-отрицательное
Выравнивание белков с отрицательными значениями в матрице.

-outfile =
Имя файла выравнивания последовательностей.

-output =
ГКГ, GDE, ФИЛИП, ПИР or NEXUS.

-outputorder =
ВХОД or ВЫРАВНИВАЕТСЯ

-кейс
LOWER or ВЕРХНЯЯ (только для вывода GDE).

-seqnos =
OFF or ON (только для вывода Clustal).

-seqnos_range =
OFF or ON (НОВИНКА: для всех форматов вывода).

-range =m,n
Диапазон последовательности для начала записи m в m+n.

-maxseqlen =n
Максимально допустимая длина входной последовательности.

-тихо
Уменьшите вывод на консоль до минимума.

-stats =файл
Зарегистрируйте некоторую статистику выравниваний в файл.

Быстрый парный Расстановки:
-ktuple =n
Размер слова.

-topdiags =n
Количество лучших диагнозов.

-окно =n
Окно вокруг лучших диагнозов.

-pairgap =n
Штраф за разрыв.

-Гол
ПРОЦЕНТОВ or АБСОЛЮТНЫЙ.

Замедлять парный Расстановки:
-pwmatrix =
: Матрица веса белка =БЛОСУМ, ВПП, ГОННЕТ, ID or имя файла

-pwdnamatrix =
Матрица веса ДНК =БЛОСУМВМС, БЛОСУМCLUSTALW или БЛОСУМимя файла.

-pwgapopen =f
Штраф за открытие разрыва.

-pwgapext =f
Штраф за продление зазора.

множественный Расстановки:
-newtree =
Файл для нового дерева направляющих.

-usetree =
Файл для старого дерева направляющих.

-матрица =
Матрица веса белка =БЛОСУМ, ВПП, ГОННЕТ, ID or имя файла.

-dnamatrix =
Матрица веса ДНК =ВМС, CLUSTALW or имя файла.

-gapopen =f
Штраф за открытие разрыва.

-gapext =f
Штраф за продление зазора.

-заголовки
Ручка без торцевого зазора.

-gapdist =n
Ручка для разделения зазоров. диапазон.

-ногап
Устранение зазоров, специфичных для остатков.

-ногап
Гидрофильные зазоры отключены.

-hgapresidues =
Перечислите гидрофильные рез.

-maxdiv =n
Процент идентификации за задержку.

-type =
БЕЛКА or ДНК

-transweight =f
Взвешивание переходов.

-итерация =
NONE or ДЕРЕВО or ВЫРАВНИВАНИЕ.

-число =n
Максимальное количество выполняемых итераций.

Профиль Расстановки:
-профиль
Объедините две трассы по профилю.

-newtree1 =
Файл для нового дерева направляющих для профиля 1.

-newtree2 =
Файл для нового дерева направляющих для профиля 2.

-usetree1 =
Файл старого дерева направляющих для профиля1.

-usetree2 =
Файл старого дерева направляющих для профиля2.

Последовательность в Профиль Расстановки:
-последовательности
Последовательно добавьте последовательности профиля2 к выравниванию профиля1.

-newtree =
Файл для нового дерева направляющих.

-usetree =
Файл для старого дерева направляющих.

Структура Расстановки:
-носекстр1
Не используйте вторичную маску штрафа за зазор в конструкции для профиля 1.

-носекстр2
Не используйте вторичную маску штрафа за зазор в конструкции для профиля 2.

-secstrout =СТРУКТУРА or МАСКА or И ТО И ДРУГОЕ or NONE
Вывод в файл центровки.

-helixgap =n
Штраф за зазор для остатков ядра спирали.

-strandgap =n
Штраф за зазор для остатков сердцевины пряди.

loopgap =n
Штраф за разрыв для петлевых областей.

-терминальный зазор =n
Штраф за зазор за окончание конструкции.

-helixendin =n
Количество остатков внутри спирали, считающихся концевыми.

-helixendout =n
Число остатков вне спирали, которые следует рассматривать как концевые.

-strandendin =n
Количество остатков внутри цепи, которые следует рассматривать как концевые.

-strandendout =n
Число остатков вне цепи, которые следует рассматривать как концевые.

Деревья:
-outputtree =nj OR филлип OR расстояние OR нексус

-seed =n
Номер начального числа для бутстрапов.

-Кимура
Воспользуйтесь поправкой Кимуры.

-тосгэпы
Игнорируйте позиции с пробелами.

-bootlabels =узел
Положение значений начальной загрузки в отображении дерева.

-clustering =
Нью-Джерси или UPGMA.

Используйте clustalw онлайн с помощью сервисов onworks.net