cmcalibrate - онлайн в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

cmcalibrate - подгонка экспоненциальных хвостов для определения E-значения ковариационной модели

СИНТАКСИС

смкалибровать [опции] cmfile

ОПИСАНИЕ

смкалибровать определяет параметры экспоненциального хвоста для определения E-значения путем генерации
случайных последовательностей, поиск их с помощью CM и сбор оценок полученных
хиты. Гистограмма битовых оценок совпадений соответствует экспоненциальному хвосту, а
параметры подогнанного хвоста сохраняются в файле CM. Параметры экспоненциального хвоста
затем используются для оценки статистической значимости совпадений, найденных в cmsearch и
cmscan.

Файл CM должен быть откалиброван с помощью смкалибровать прежде чем его можно будет использовать в cmsearch or смскан,
за одним исключением: нет необходимости калибровать файлы CM, которые включают только
модели с нулевыми парами оснований перед запуском смпоиск.

смкалибровать очень медленно. Калибровка одного прибора среднего размера занимает пару часов.
CM на одном процессоре. смкалибровать будет работать параллельно на всех доступных ядрах, если Infernal
был построен на системе, поддерживающей многопоточность POSIX (см. раздел «Установка»
руководство пользователя для получения дополнительной информации). С использованием ядер приведет примерно к -Фолд
ускорение по сравнению с одним процессором. MPI (интерфейс передачи сообщений) также может использоваться для
распараллеливание с --mpi вариант, если Infernal был собран с включенным MPI, но с использованием
более 161 процессора не рекомендуется, потому что увеличение числа до 161 не приведет к ускорению
калибровка. Дополнительную информацию см. В разделе «Установка» в руководстве пользователя.

Ассоциация --прогноз можно использовать для оценки того, сколько времени займет выполнение программы в течение
данный cmfile на текущей машине. Чтобы предсказать время работы на процессоры с
MPI, дополнительно используйте --прогноз опцию.

Случайные последовательности, найденные в смкалибровать генерируются HMM, обученным на
реальные геномные последовательности с различным содержанием GC. Цель состоит в том, чтобы распределения GC
в случайных последовательностях быть подобными таковым в реальных геномных последовательностях.

Выполняются четыре раунда поиска и последующие экспоненциальные подгонки хвоста, по одному для каждого
четыре различных алгоритма CM, которые можно использовать в cmsearch и cmscan: глокальный CYK,
glocal Inside, локальный CYK и локальный Inside.

Параметры E-values, определяемые смкалибровать используются только cmsearch и cmscan
программы. Если вы не собираетесь использовать эти программы, не тратьте время на калибровку
ваши модели.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

-h Помощь; напечатайте краткое напоминание об использовании командной строки и доступных параметрах.

-L Задайте общую длину случайных последовательностей для поиска равной мегабазы ​​(Мб). К
по умолчанию, is 1.6 Мб. Увеличение сделает экспоненциальный хвост более подходящим
точные и E-значения более точные, но это займет больше времени (удвоение будет примерно
удвоить время работы). Уменьшение не рекомендуется, так как это сделает
подходит менее точно, а значения E менее точны.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ Для ПРОГНОЗИРОВАНИЕ ТРЕБУЕТСЯ ВРЕМЯ И ПАМЯТЬ

--прогноз
Предсказать время выполнения калибровки cmfile (с предоставленными опциями) на
текущая машина и выход. Калибровка не выполняется. Предсказания
следует считать приблизительными оценками. Если включена многопоточность (см.
Раздел установки руководства пользователя), время будет учитывать количество
доступных ядер.

--прогноз
Доступно --прогноз, указать, что для калибровки будут использоваться процессоры.
Это может быть полезно для прогнозирования времени выполнения MPI с
процессоры.

--memreq
Спрогнозируйте объем необходимой памяти для калибровки cmfile (при условии
options) на текущей машине и выйдите. Калибровка не выполняется.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ УПРАВЛЕНИЕ ЭКСПОНЕНЦИАЛЬНЫЙ ХВОСТ FITS

--gtailn
подгоните экспоненциальный хвост для глокального Inside и глокального CYK к самые высокие баллы
в хвосте гистограммы, где is умноженное на количество искомых мегабайт. В
значение по умолчанию равно 250. Значение 250 было выбрано, потому что оно хорошо работает
эмпирически относительно других значений.

--ltailn
подгоните экспоненциальный хвост для локального Inside и локального CYK к самые высокие баллы
в хвосте гистограммы, где is умноженное на количество искомых мегабайт. В
значение по умолчанию равно 750. Значение 750 было выбрано, потому что оно хорошо работает
эмпирически относительно других значений.

- хвостик
Игнорировать --gtailn и --ltailn варианты с префиксом и подходят фракция хвоста
гистограмма в экспоненциальный хвост для всех режимов поиска.

ДОПОЛНИТЕЛЬНО ВЫВОД FILES

--hfile
Сохраните гистограммы в соответствии с файлом . Формат этого файла - два пробела
столбцов с разделителями в строке. Первый столбец - это значения по оси X битовых оценок
каждая корзина. Второй столбец - это значения по оси Y количества совпадений на ячейку. Каждый
серия отделяется строкой с одним символом «&». Файл будет содержать
одна серия для каждого из четырех экспоненциальных хвостов подходит в следующем порядке:
глокальный CYK, глокальный Inside, локальный CYK и локальный Inside.

--sfile
Сохранить информацию о сюжете выживания в файл . Формат этого файла - два пробела
столбцов с разделителями в строке. Первый столбец - это значения по оси X битовых оценок
каждая корзина. Второй столбец - это значения по оси Y доли совпадений, которые соответствуют или
превышают оценку для каждого бункера. Каждая серия отделяется линией с одним
персонаж "&". Файл будет содержать три серии данных для каждого из четырех CM.
режимы поиска в следующем порядке: глокальный CYK, глокальный Inside, локальный CYK и
местный Внутри. Первая серия - это эмпирический график выживаемости из гистограммы.
попаданий в случайную последовательность. Вторая серия - это экспоненциальный хвост, соответствующий
эмпирическое распределение. Третья серия - экспоненциальный хвост, если лямбда
были зафиксированы и установлены как натуральный логарифм 2 (0.691314718).

--qqfile
Сохранение информации о графике квантилей-квантилей в файл . Формат этого файла
два столбца с разделителями-пробелами в каждой строке. Первый столбец - это значения оси x, а
второй столбец - значения оси Y. Расстояние точек от
тождественная линия (y = x) - это мера того, насколько хорошо подходит экспоненциальный хвост,
Чем ближе точки к линии идентичности, тем лучше соответствие. Каждая серия
разделены строкой с одним символом «&». Файл будет содержать одну серию
эмпирических данных для каждого из четырех экспоненциальных хвостов вписывается в следующие
порядок: глокальный CYK, глокальный Inside, локальный CYK и локальный Inside.

--файл
Сохранение статистических данных с разделителями пространства различных экспоненциальных хвостов, подходящих к файлу .
Файл будет содержать значения лямбда и мю для экспоненциальных хвостов, подходящих для
хвосты гистограммы разного размера. Поля в файле помечены
информативно.

--xfile
Сохраните список оценок в каждом подходящем хвосте гистограммы в файл . Каждая строка
этот файл будет иметь другую оценку, указывающую на то, что в хвосте существует одно попадание с
этот счет. Каждая серия отделяется линией с одним символом «&». В
файл будет содержать по одной серии для каждого из четырех экспоненциальных подгонок хвоста в
в следующем порядке: глокальный CYK, глокальный Inside, локальный CYK и локальный Inside.

ДРУГИЕ ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

--семя
Заполните генератор случайных чисел , целое число> = 0. Если ненулевой,
стохастическое моделирование будет воспроизводимым; та же команда даст то же самое
полученные результаты. Если равен 0, генератор случайных чисел заполняется произвольно, и
стохастическое моделирование будет варьироваться от запуска к запуску одной и той же команды. По умолчанию
семя 181.

--бета
По умолчанию для ускорения поиска CM используется зависящее от запроса чередование (QDB).
алгоритмы с вероятностью потери бета-хвоста 1E-15. Это бета-значение может быть
изменился на --бета . Параметр бета - это вероятность
масса исключена при расчете диапазона, более высокие значения бета дают большее ускорение
но жертвуйте большей точностью, чем более низкими значениями. Используемое значение по умолчанию - 1E-15.
(Для получения дополнительной информации о QDB см. Nawrocki and Eddy, PLoS Computational Biology
3(3): е56.)

- без полос
Выключите QDB во время калибровки значения E. Это замедлит калибровку.

--ненуль3
Отключите дополнительную нулевую модель null3 post hoc. Это не рекомендуется, если
вы планируете использовать тот же вариант для cmsearch и / или cmscan.

--случайный
Вместо этого используйте фоновую нулевую модель CM для генерации случайных последовательностей.
из более реалистичного HMM. Если CM не был построен с использованием --нулевой вариант
cmbuild модель нулевого фона будет составлять 25% для A, C, G и U.

--gc
Сгенерируйте случайные последовательности, используя распределение нуклеотидов из последовательности
файл .

--Процессор
Укажите, что параллельные рабочие процессоры. Если установлен как "0", тогда
программа будет работать в последовательном режиме, без использования потоков. Вы также можете контролировать
это число, установив переменную среды, ИНФЕРНАЛ_NCPU. Этот вариант будет
доступен только в том случае, если машина, на которой был построен Infernal, может использовать
POSIX threading (дополнительные сведения см. В разделе «Установка» руководства пользователя.
Информация).

--mpi Запускать как параллельную программу MPI. Эта опция будет доступна, только если у Infernal есть
был сконфигурирован и собран с флагом "--enable-mpi" (см. Установка
раздел руководства пользователя для получения дополнительной информации).

Используйте cmcalibrate онлайн с помощью сервисов onworks.net