Это команда gdcmimg, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gdcmimg - Управление файлом изображения DICOM.
gdcmimg - это инструмент низкого уровня, позволяющий де- / инкапсуляцию из / в изображение DICOM. Этот инструмент делает
не понимаю преобразование синтаксиса передачи. Он инкапсулирует необработанные данные как есть. Этот
в некоторых случаях оказывает влияние, см. специальные предупреждения ниже.
Важно отметить, что gdcmimg может инкапсулировать только правильный входной файл, например
JPG и / или JP2 принимаются, поскольку можно найти связанный синтаксис передачи DICOM.
Однако такие входные данные, как TIFF и / или PNG, не поддерживаются, поскольку DICOM не поддерживает их. Видеть
вместо этого такой инструмент, как gdcm2vtk.
СИНТАКСИС
gdcmimg [параметры] файл-вход файл-выход
ОПИСАНИЕ
Команда gdcmimg Инструмент командной строки можно использовать двумя способами:
· 1. Преобразование распознанного формата файла в его инкапсулированный аналог DICOM,
· 2. Анонимизация прямоугольной части файла DICOM.
ПАРАМЕТРЫ
файл входного имени файла (не-DICOM)
файл выходного файла DICOM имя файла
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
-i --input Имя входного файла
-o --output Имя выходного файла
КОНКРЕТНЫЙ ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
--endian% s Порядок следования байтов (LSB / MSB).
-d --depth% d Глубина (либо 8/16/32, либо BitsAllocated, например, 12, если известно).
--sign% s Знак пикселя (0/1).
--spp% d Sample Per Pixel (1/3).
-s - размер% d, размер% d.
-C --sop-class-uid UID класса SOP (имя или значение).
-T --study-uid UID исследования.
-S --series-uid UID серии.
--root-uid Корневой UID.
FILL ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
-R - регион% d, регион% d.
-F --fill% d Заполнить указанным значением пикселя.
ОБЩАЯ ИНФОРМАЦИЯ ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ ОПЦИИ
-ч --помощь
распечатайте этот текст справки и выйдите
-v --версия
распечатать информацию о версии и выйти
-V - многословный
подробный режим (предупреждение + ошибка).
-W - предупреждение
режим предупреждения, печать предупреждений
-E - ошибка
режим ошибок, информация об ошибках печати
-D --отладка
режим отладки, печать отладочной информации
ОКРУЖАЮЩАЯ СРЕДА ПЕРЕМЕННЫЕ
GDCM_ROOT_UID корневой UID
ПОДДЕРЖКА ФАЙЛОВ ФОРМАТ (ПОДХОДЯЩЕЕ ФАЙЛОВ РАСШИРЕНИЕ)
gdcmimg будет строить процесс преобразования на основе расширения файла. Следует за списком
распознанное расширение файла. Если расширение не найдено, предполагается файл DICOM.
формат ввода
* RAW (raw, rawl, серый, rgb)
* РЛЭ (рлэ)
* PNM (пгм, пнм, ч/млн)
* JPEG-LS (JLS)
* JPEG 2000 (jp2, j2k, j2c, jpx, jpc)
* JPEG (jpg, jpeg, ljpg, ljpeg)
* ДИКОМ ()
Формат вывода:
* PGM (пгм, пнм, чнм)
* ДИКОМ ()
Для формата файла RAW вам следует уделить особое внимание параметру –endian. Для (старых)
Формат файла JPEG, поддерживаются форматы с потерями и без потерь, пользователь должен заплатить
Обратите внимание на параметр –sign. Для формата файла, такого как RLE или RAW, пользователь должен
заполните информацию, необходимую для определения размера и типа входных данных, поскольку нет
другой способ найти эту информацию. Для всех остальных форматов файлов свойства выводятся
из самого формата файла.
Файл PNM должен иметь прямой порядок байтов (важно для глубины> 8)
ТИПИЧНЫЙ ИСПОЛЬЗОВАНИЕ
Удалить a прямоугольный of изображение
Чтобы заполнить область [0,100] x [0,100] изображения DICOM, просто выполните:
$ gdcmimg --fill 0 --region 0,100,0,100 -i input.dcm -o output_black.dcm
Предупреждение: если пиксельные данные сжаты, изображение сначала распаковывается, чтобы пиксель
может быть установлен на 0, но он не сжимается повторно.
Конвертировать RAW в DICOM
Распознаваемое расширение: .raw, .rawl, .gray или .rgb (без учета регистра).
$ gdcmimg --size 512,512 16 --depth XNUMX -i input.raw -o output.dcm
изображение будет вторичным захватом.
Когда на входе 3 компонента, необходимо явно указать Samples Per Pixel:
$ gdcmimg --size 512,512 3 --spp XNUMX input_rgb.raw output_rgb.dcm
Когда имя файла содержит .rgb в качестве расширения файла, вывод автоматически распознается как
RGB указывать не нужно –spp
$ gdcmimg --size 512,512 XNUMX input.rgb output_rgb.dcm
Вы можете использовать dd cmd, чтобы пропустить любой заголовок, который вы хотели бы удалить, например, если
вы хотите пропустить первые 108 байтов, просто выполните:
$ dd skip = 108 bs = 1 if = input.raw of = output.raw
Расширения .raw и .rawl эквивалентны. Вам нужно явно указать порядок байтов
вручную:
$ gdcmimg --endian MSB --size 512,512 16 --depth XNUMX -i input.raw -o output.dcm
or
$ gdcmimg --endian LSB --size 512,512 16 --depth XNUMX -i input.raw -o output.dcm
Конвертировать PGM / PNM / PPM в DICOM
Распознаваемые расширения: .pgm, .pnm, .ppm (без учета регистра).
$ gdcmimg -i ввод.pgm -o вывод.dcm
изображение будет вторичным захватом
Конвертировать RLE в DICOM
Распознанное расширение - .rle (без учета регистра)
$ gdcmimg --size 512,512 16 --depth XNUMX -i input.rle -o output.dcm
изображение будет вторичным захватом
Конвертировать JPEG в DICOM
Распознаваемые расширения: .jpg, .jpeg, .ljpg, .ljpeg (без учета регистра).
$ gdcmimg -i input.ljpeg -o output.dcm
изображение будет вторичным захватом
Конвертировать J2K в DICOM
Распознаваемые расширения: .j2k, .jp2, .jpc, jpx, j2c (без учета регистра).
$ gdcmimg -i input.j2k -o output.dcm
изображение будет вторичным захватом.
Вся информация о пикселях (сохраненные / выделенные биты ...) будет получена из самого изображения,
а не из параметров командной строки.
Указание a SOP Класс UID
Вместо вторичного хранилища изображений захвата по умолчанию можно указать, скажем, VL
Хранение фотографических изображений.
$ gdcmimg --sop-class-uid 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.77.1.4 input.jpg output.dcm
НЕСКОЛЬКО FILES
gdcmimg прекрасно обрабатывает набор файлов (например, jpeg):
$ gdcmimg -C 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.12.1 1.jpg 2.jpg 3.jpg 4.jpg output.dcm
Важно указать класс SOP, который поддерживает многокадровые изображения, иначе
gdcmimg завершится ошибкой.
Начать игру OFFSET
В некоторых случаях может потребоваться создать 2D-срез из произвольного объема (например, 3D). В
в этом случае - смещение становится удобным:
$ gdcmimg --offset 4954104330 --size 1673,1673 Input3D_1673_1673_1775.raw слайс_1770.dcm
ПРЕДУПРЕЖДЕНИЕ
Есть несколько проблем с реализацией gdcmimg:
Для файла RAW следует обратить внимание, что при использовании –endian MSB пиксельные данные будут
инкапсулирован как есть (не затрагивается gdcmimg). Поэтому единственно возможный синтаксис передачи
доступен неявный VR Big Endian DLX (GE Private). GDCM обрабатывает эту частную
Синтаксис передачи. Поэтому, если вам нужно преобразовать этот синтаксис передачи в другой (и разрешить
Манипуляция пиксельными данными), вы можете использовать:
$ gdcmconv --raw --force input_big_endian_dlx.raw -o output_implicit_vr_little_endian.dcm
Для файла JFIF и файла JP2 (с заголовком) заголовок копируется в элемент Pixel Data.
что является незаконным для JP2. Используйте gdcmconv, чтобы правильно перекодировать файл JP2 / JFIF в J2K / JPG.
$ gdcmimg input.jp2 output_jp2.dcm
$ gdcmconv --j2k --force output_jp2.dcm output_j2k.dcm
Для файла RLE проверка на пересечение границы строки не выполняется. Рекомендуется использовать
gdcmconv –rle для перекодирования в правильный файл RLE в случае сомнений.
Конечно, если сжатие не подходит для вашей настройки, вы всегда можете деинкапсулировать
DICOM-файл (обычно JPEG) в неинкапсулированную форму, используя gdcmconv:
$ gdcmconv --raw input_jpeg.dcm output_raw.dcm
Используйте gdcmimg онлайн с помощью сервисов onworks.net
