Это команда gt-cds, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
gt-cds - добавляет функции CDS (кодирующей последовательности) к функциям экзонов, указанным в файле GFF3.
СИНТАКСИС
gt компакт-дисков [вариант ...] [GFF3_file]
ОПИСАНИЕ
-минорфлен [ценностное ]
установить минимальную длину открытой рамки считывания (ORF), которая должна быть добавлена как CDS
функция (измеряется в аминокислотах) (по умолчанию: 64)
-старткодон [да | нет]
требуется, чем ORF должен начинаться со стартового кодона (по умолчанию: нет)
-финалстопкодон [да | нет]
требовать, чтобы последняя ORF заканчивалась стоп-кодоном (по умолчанию: нет)
-seqfile [имя файла]
установить файл последовательности, из которого следует брать последовательности (по умолчанию: не определено)
-encseq [имя файла]
установить имя индекса закодированной последовательности, из которого следует брать последовательности (по умолчанию:
неопределенный)
-seqfiles
установить файлы последовательности, из которых следует извлечь функции, использующие -- прекратить список
файлов последовательности
-matchdesc [да | нет]
поиск в описаниях последовательностей во входных файлах для желаемых идентификаторов последовательностей (в
GFF3), сообщая о первом совпадении (по умолчанию: нет)
-matchdescstart [да | нет]
точно соответствовать описаниям последовательностей из входных файлов для желаемой последовательности
ID (в GFF3) от начала до первого пробела (по умолчанию: нет)
-usedesc [да | нет]
использовать описания последовательностей для сопоставления идентификаторов последовательностей (в GFF3) с фактической последовательностью
записи. Если описание содержит диапазон последовательности (например, III: 1000001..2000000),
первая часть используется как идентификатор последовательности (III) и положение первого диапазона как смещение
(1000001) (по умолчанию: нет)
-отображение регионов [string]
установить файл, содержащий последовательность-область, для сопоставления файла последовательности (по умолчанию: не определено)
-v [да | нет]
быть подробным (по умолчанию: нет)
-o [имя файла]
перенаправить вывод в указанный файл (по умолчанию: undefined)
-gzip [да | нет]
записать сжатый выходной файл gzip (по умолчанию: нет)
-bzip2 [да | нет]
записать сжатый выходной файл bzip2 (по умолчанию: нет)
-сила [да | нет]
принудительная запись в выходной файл (по умолчанию: нет)
-Помощь
отобразить справку и выйти
-версия
отобразить информацию о версии и выйти
Формат файла для опции -отображение регионов:
Файл, предоставленный для опции -regionmapping, определяет «отображение». Отображение отображает
записи области последовательности, указанные в GFF3_файл в файл последовательности, содержащий
соответствующая последовательность. Сопоставления могут быть определены в одной из следующих двух форм:
отображение = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}
or
отображение функций (последовательность_регион)
вернуть "hs_ref _" .. sequence_region .. ". fa.gz"
конец
Первая форма определяет Lua (http://www.lua.org) таблица с именем «сопоставление», которая отображает каждый
область последовательности в соответствующий файл последовательности. Второй определяет функцию Lua
«Отображение», которое должно возвращать имя файла последовательности, когда он вызывается с
последовательность_регион в качестве аргумента.
СОСТАВЛЕНИЕ ОТЧЕТОВ ОШИБКИ
Сообщайте об ошибках[электронная почта защищена]>.
Используйте gt-cds онлайн с помощью сервисов onworks.net
