gt-gff3 - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

gt-gff3 - анализировать, возможно преобразовывать и выводить файлы GFF3.

СИНТАКСИС

gt гфф3 [вариант ...] [GFF3_file ...]

ОПИСАНИЕ

-Сортировать [да | нет]
сортировать функции GFF3 (потребление памяти пропорционально размеру входного файла)
(по умолчанию: нет)

-сортлины [да | нет]
сортировать функции GFF3 строго по строкам (не сортируются так, как определено GenomeTools)
(по умолчанию: нет)

-сортный номер [да | нет]
включить естественную числовую сортировку для областей последовательности (не сортированные, как определено
GenomeTools) (по умолчанию: нет)

-аккуратный [да | нет]
попытаться привести в порядок файлы GFF3 во время синтаксического анализа (по умолчанию: нет)

-ретиниды [да | нет]
если возможно, используйте исходные идентификаторы, указанные в исходном файле (потребление памяти
пропорционально размеру (размерам) входного файла) (по умолчанию: нет)

-чекиды [да | нет]
убедитесь, что атрибуты идентификатора уникальны в рамках каждого GFF3_file, как требуется
по спецификации GFF3 (потребление памяти пропорционально размеру входного файла).
Если объекты с одним и тем же родительским атрибутом не разделены # линия GFF3
парсер пытается рассматривать их как многострочную функцию. Для этого требуется как минимум соответствие
идентификаторы и типы последовательностей. (по умолчанию: нет)

-добавляет [да | нет]
автоматически добавлять недостающие строки "## последовательность-регион" (по умолчанию: да)

-исправить границы региона [да | нет]
автоматически настраивать строки "## sequence-region", чтобы они содержали все их функции (память
потребление пропорционально размеру входного файла) (по умолчанию: нет)

-аддинтроны [да | нет]
добавить функции интрона между существующими функциями экзона (по умолчанию: нет)

-компенсировать [ценностное ]
преобразовать все объекты по заданному смещению

-offsetfile [имя файла]
преобразовать все объекты с помощью смещений, указанных в файле (по умолчанию: undefined)

-setource [string]
установите источник значение (2-й столбец) каждой функции (по умолчанию: не определено)

-typeheck [string]
использовать онтологию, представленную в файле OBO, для проверки отношений родитель-потомок. Если нет
задан аргумент, используется файл диван.obo из каталога gtdata / obo_files. Если
дается аргумент, он используется как имя файла OBO. В случае, если такой файл
не существует .обо добавляется к аргументу и загружает получившееся имя файла из
Попытка открыть каталог gtdata / obo_files. (по умолчанию: не определено)

-xrfcheck [string]
проверьте атрибуты Dbxref и Ontology_term на предмет правильного синтаксиса в соответствии с
файл определения аббревиатуры. Если аргумент не указан, файл GO.xrf_abbs из
Используется каталог gtdata / xrf_abbr. Если указан аргумент, он используется как конкретный
имя файла для файла сокращений. В случае, если такой файл не существует,
.xrf_abbr добавляется к аргументу и загружает получившееся имя файла из
gtdata / xrf_abbr каталог. (по умолчанию: не определено)

-шоу [да | нет]
показать вывод GFF3 (по умолчанию: да)

-v [да | нет]
быть подробным (по умолчанию: нет)

-ширина [ценностное ]
установить ширину вывода для печати последовательности FASTA (0 отключает форматирование) (по умолчанию: 0)

-o [имя файла]
перенаправить вывод в указанный файл (по умолчанию: undefined)

-gzip [да | нет]
записать сжатый выходной файл gzip (по умолчанию: нет)

-bzip2 [да | нет]
записать сжатый выходной файл bzip2 (по умолчанию: нет)

-сила [да | нет]
принудительная запись в выходной файл (по умолчанию: нет)

-Помощь
отобразить справку и выйти

-версия
отобразить информацию о версии и выйти

Формат файла для опции -offsetfile:

Файл, поставляемый с опцией -offsetfile определяет таблицу сопоставления с именем «смещения». Это карты
записи области последовательности, указанные в файле GFF3_file, для смещений. Его можно определить как
следующим образом:

смещения = {
хр1 = 1000,
хр2 = 500
}

Когда используется этот пример, все функции с seqid «chr1» будут смещены на 1000 и все
функции с seqid «chr2» на 500.

If -offsetfile используются смещения для всех последовательностей-регионов, содержащихся в данных файлах GFF3
должно быть определено.

СОСТАВЛЕНИЕ ОТЧЕТОВ ОШИБКИ

Сообщайте об ошибках[электронная почта защищена]>.

Используйте gt-gff3 онлайн с помощью сервисов onworks.net