Это адская команда, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
Infernal - анализ последовательности с использованием профилей последовательности РНК и вторичной структуры
консенсус
СИНТАКСИС
cmalign
Выровняйте последовательности по ковариационной модели
cmbuild
Построение ковариационной модели (моделей) на основе структурно аннотированных множественных последовательностей РНК.
выравнивание (я)
смкалибровать
Подходящие экспоненциальные хвосты для определения E-значения ковариационной модели
смконвертировать
Преобразование файлов модели инфернальной ковариации
cmemit
Примеры последовательностей из ковариационной модели
cmfetch
Получить ковариационные модели из файла
госпожа
Подготовить базу данных ковариационной модели для cmscan
cmscan
Последовательности поиска по базе данных ковариационной модели
cmsearch
Поиск ковариационных моделей в базе данных последовательностей
cmstat
сводная статистика для файла ковариационной модели
ОПИСАНИЕ
Infernal - это набор из нескольких программ для структурного выравнивания последовательностей РНК и базы данных.
поиск гомологии. Он использует вероятностные модели, называемые «ковариационными моделями» (CM), чтобы
представляют собой вероятные эволюционные гомологи множественного выравнивания (или одной последовательности)
семейство структурных последовательностей РНК.
Наряду с базой данных семейств РНК и ассоциированных КМ Rfam
(http://rfam.sanger.ac.uk), Infernal можно использовать для аннотирования гомологов известных структурных
Семейства РНК в геномах.
Infernal тесно связан с программным пакетом HMMER для анализа семейств последовательностей с использованием
профильные HMMs (http://hmmer.org), но разработан специально для структурной последовательности РНК
семьи. Помимо моделирования консервативной последовательности семейства, как это делают профильные HMM,
КМ моделируют консервативную, хорошо вложенную (не псевдоузловую) вторичную структуру семейства как
хорошо. Следовательно, методы поиска и выравнивания CM относительно вычислительно
дорогие. Infernal использует HMM профиля в качестве фильтров и для вывода ограничений, чтобы
Методы CM более практичны.
Infernal используется в трех основных режимах: для поиска в базе данных последовательностей новых гомологов
Семейство РНК (или аннотировать гомологи в геноме); для поиска в базе данных CM (например, Rfam), чтобы найти
к какому известному семейству принадлежит запросная последовательность; и автоматически строить большие
множественные выравнивания (т.е. с эффективно неограниченным количеством последовательностей) с использованием CM
представитель семейства последовательностей.
Предположим, у вас есть структурно аннотированное выравнивание нескольких последовательностей последовательности РНК.
представляющее интерес семейство, и вы хотите выполнить поиск в базе данных последовательностей дополнительных гомологов.
Ассоциация cmbuild программа строит ковариационную модель (и) на основе нескольких совмещений и смкалибровать
определяет важные параметры для оценки статистической значимости базы данных
попаданий в модель при последующих поисках.
Ассоциация cmsearch программа ищет CM в базе данных последовательностей.
Предположим, у вас есть последовательность (и), которую вы хотите проанализировать, используя базу данных CM на основе Infernal.
как Rfam (http://rfam.sanger.ac.uk). госпожа программа форматирует ковариационную модель
(например, файл, который вы скачали из Rfam) в двоичную базу данных Infernal. В
cmscan программа ищет последовательность (и) в этой базе данных.
Предположим, вы хотите выровнять множество последовательностей. Вы можете построить управляемый небольшой
структурное выравнивание репрезентативного набора последовательностей, построить CM с cmbuild и
использовать cmalign программа для выравнивания любого количества последовательностей с этим CM.
Infernal также включает некоторые вспомогательные инструменты для работы с большими базами данных CM. cmfetch
выбирает один или несколько CM из базы данных. cmstat печатает сводную статистику о CM
.
Для совместимости с предыдущими версиями Infernal, а также с HMMER, смконвертировать
Программа конвертирует файлы CM в несколько других форматов.
Ассоциация cmemit Программа генерирует (моделирует) «гомологичные» последовательности путем выборки из CM. Это
также может генерировать «консенсусную» последовательность.
У каждой программы есть своя собственная справочная страница.
Используйте адский онлайн с помощью сервисов onworks.net
