Это команда libscane, которую можно запустить в бесплатном хостинг-провайдере OnWorks, используя одну из наших многочисленных бесплатных онлайн-рабочих станций, таких как Ubuntu Online, Fedora Online, онлайн-эмулятор Windows или онлайн-эмулятор MAC OS.
ПРОГРАММА:
ИМЯ
libscan - диагностический поиск семейств белков.
СИНТАКСИС
libscan -Режим список -гриб логический -хеник логический -Хм логический -Сэм логический -пссм логический
-сиг логический -хммпуть string -hmmextn string -хммаутпуть string -hmmouttextn string
-сампат string -sameextn string -самаутпуть string -самотекст string
-pssmpath string -pssmextn string -нитр целое -молота плавать -макхит целое
-psmoutpath string -pssmoutextn string -gbvpath string -gbvextn string
-gbvgapo плавать -gbvgape плавать -gbvoutpath string -gbvoutextn string
-hnfpath string -hnfextn string -хнфгапо плавать -hnfgape плавать -hnfoutpath string
-hnfoutextn string -сигпат string -siextn string -nterm список -под матрицаf
-сиггапо плавать -сиггапэ плавать -sigoutpath string -сигутекстн string -db набор последовательностей
-скопф вводить
libscan -Помощь
ОПИСАНИЕ
libscan это программа командной строки от EMBOSS («European Molecular Biology Open
Программный пакет »). Он является частью группы (групп) команд «Белок: 3D-структура».
ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ
-Режим список
libscan работает в одном из двух режимов: (i) в режиме поиска по базе данных или (ii) в библиотеке.
Режим экрана. В режиме поиска по базе данных libscan читает один или несколько каталогов каждый.
содержащий единственный тип различающего элемента, разрешенные типы редки
подпись последовательности, профиль Грибскова, профиль Геникова или скрытая марковская модель. В
в режиме экрана библиотеки, libscan читает набор последовательностей, проверяет каждую последовательность на соответствие
библиотеки (каталоги различающих элементов) и записывает файл сканирования библиотеки (из
семьи, набравшие наибольшее количество баллов) для каждого. Значение по умолчанию: 2
-гриб логический
Значение по умолчанию: N
-хеник логический
Значение по умолчанию: N
-Хм логический
Значение по умолчанию: N
-Сэм логический
Значение по умолчанию: N
-пссм логический
Значение по умолчанию: Y
-сиг логический
Значение по умолчанию: N
-хммпуть string
Значение по умолчанию: ./ lib /
-hmmextn string
Значение по умолчанию: .hmm
-хммаутпуть string
Значение по умолчанию: ./
-hmmouttextn string
Значение по умолчанию: .hmmout
-сампат string
Значение по умолчанию: ./
-sameextn string
Значение по умолчанию: .mod
-самаутпуть string
Значение по умолчанию: ./
-самотекст string
Значение по умолчанию: .samout.
-pssmpath string
Значение по умолчанию: / data / structure / lib / pssm /
-pssmextn string
Значение по умолчанию: .chk
-нитр целое
Значение по умолчанию: 1
-молота плавать
Значение по умолчанию: 100
-макхит целое
Значение по умолчанию: 1000
-psmoutpath string
Значение по умолчанию: ./
-pssmoutextn string
Значение по умолчанию: .pssmout.
-gbvpath string
Значение по умолчанию: ./
-gbvextn string
Значение по умолчанию: .grib
-gbvgapo плавать
Значение по умолчанию: 10.0
-gbvgape плавать
Значение по умолчанию: 0.5
-gbvoutpath string
Значение по умолчанию: ./
-gbvoutextn string
Значение по умолчанию: .gribout
-hnfpath string
Значение по умолчанию: ./
-hnfextn string
Значение по умолчанию: .henik.
-хнфгапо плавать
Значение по умолчанию: 10.0
-hnfgape плавать
Значение по умолчанию: 0.5
-hnfoutpath string
Значение по умолчанию: ./
-hnfoutextn string
Значение по умолчанию: .henikout.
-сигпат string
Значение по умолчанию: ./
-siextn string
Значение по умолчанию: .sig.
-nterm список
Значение по умолчанию: 1
-под матрицаf
Значение по умолчанию: EBLOSUM62.
-сиггапо плавать
Значение по умолчанию: 10.0
-сиггапэ плавать
Значение по умолчанию: 0.5
-sigoutpath string
Значение по умолчанию: ./
-сигутекстн string
Значение по умолчанию: .sigout.
-db набор последовательностей
В режиме поиска в базе данных libscan сканирует каждый различающий элемент по последовательности.
установленный. В режиме экрана библиотеки libscan считывает набор последовательностей и просматривает каждую последовательность.
против библиотеки (каталоги отбрасываемых элементов) Значение по умолчанию: 49142.vdhf
-скопф вводить
В любом режиме требуется «файл классификации области» как источник семейства.
данные классификации. Файл классификации области действия содержит классификацию и другие данные.
для доменов из базы данных scop. Файл имеет формат, подобный embl, и создается
пользователя scopparse. Информацию о последовательности домена можно добавить в файл с помощью scopseqs.
Значение по умолчанию: /data/structure/dcf/scop_raw.dcf
Используйте libscane онлайн с помощью сервисов onworks.net
