mia-3dmotioncompica-nonrigid - Онлайн в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

mia-3dmotioncompica-nonrigid - Нелинейная регистрация серии 3D изображений.

СИНТАКСИС

Миа-3dmotioncompica-нежесткий -i -o [опции]

ОПИСАНИЕ

Миа-3dmotioncompica-нежесткий Эта программа реализует 3D-версию движения.
алгоритм компенсации, описанный в Wollny G, Kellman P, Santos A, Ledesma-Carbayo MJ,
"Автоматическая компенсация движения при свободном дыхании, полученные данные о перфузии миокарда
с использованием независимого компонентного анализа ", Анализ медицинских изображений, 2012 г.,
DOI: 10.1016 / j.media.2012.02.004.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

Файл-IO
-i --in-file = (ввод, обязательно); io
входные изображения последовательно пронумерованных полей (nameXXXX.ext) Для поддерживаемых
типы файлов см. ПЛАГИНЫ: 3dimage / io

-o --out-file = (вывод, обязательно); io
имя выходного изображения (в виде строки формата C, включая% 04d для определения
нумерация файлов) Для поддерживаемых типов файлов см. ПЛАГИНЫ: 3dimage / io

--save-refs =
сохранить эталонные изображения, данная строка используется в качестве базы имени файла,
числовой шаблон следует за входными изображениями, а выходной формат всегда
'перспектива'

--save-regs =
сохранить промежуточные зарегистрированные изображения, данная строка используется как имя файла
основание, числовой узор следует за входными изображениями, а формат вывода -
всегда "перспектива"

--save-coeffs =
сохранить матрицу микширования в текстовый файл

--save-features =
сохранять изображения функций как PNG

Документи & Инфо
-V --verbose = предупреждение
многословность вывода, печать сообщений заданного уровня и более высокого приоритета.
Поддерживаемые приоритеты, начиная с самого низкого уровня:
info - Сообщения низкого уровня
прослеживать - Трассировка вызова функции
неудача - Сообщать об ошибках тестирования
предупреждение - Предупреждения
ошибка - Сообщать об ошибках
отлаживать - Вывод отладки
сообщение - Нормальные сообщения
роковой - Сообщать только о фатальных ошибках

--авторское право
распечатать информацию об авторских правах

-ч --помощь
распечатать эту справку

-? --использование
распечатать краткую справку

--версия
распечатайте номер версии и выйдите

ICA
-C --components = 0
Компоненты ICA 0 = автоматическая оценка Компоненты ICA 0 = автоматические
Индивидуальный расчет

- не нормализовать
не нормализованные ИС

--no-средняя полоса
не удаляйте среднее значение из кривых смешения

-k --skip = 0
пропускать изображения в начале серии, например, потому что они другие
пропускать изображения в начале серии, например, потому что они
имеют другие формы

-m --max-ica-iter = 400
максимальное количество итераций в ICA максимальное количество итераций в ICA

Обработка
--threads = -1
Максимальное количество потоков для обработки, это число должно быть меньше
или равно количеству ядер логического процессора в машине. (-1:
автоматическая оценка) .Максимальное количество потоков для обработки.
число должно быть меньше или равно количеству ядер логического процессора в
машина. (-1: автоматическая оценка).

Регистрация
-O --optimizer = gsl: opt = gd, step = 0.1
Оптимизатор, используемый для минимизации

-a --start-c-rate = 32
начальный коэффициент скорости в шипах, делится на --c-rate-divider с
коэффициент запуска каждого прохода в шипах, делится на --c-rate-divider
с каждым проходом

--c-rate-divider = 4
делитель скорости передачи для каждого пассажира делитель скорости передачи для каждого прохода

-d --start-divcurl = 20
начальный вес divcurl, делится на --divcurl-divider с каждым проходом
вес divcurl, делится на --divcurl-divider при каждом проходе

--divcurl-divider = 4
масштабирование веса divcurl с каждым новым
новый пропуск

-w --imagecost = image: weight = 1, cost = ssd,
стоимость изображения

-l --mg-levels = 3
уровни с несколькими разрешениями

-P --passes = 3
регистрационные пропуска

ПЛАГИНЫ: 3dimage / io

анализировать Проанализировать изображение 7.5

Распознаваемые расширения файлов: .HDR, .hdr.

Поддерживаемые типы элементов:
8 бит без знака, 16 бит со знаком, 32 бит со знаком, 32 бита с плавающей запятой,
64 бит с плавающей запятой

пул данных Виртуальный ввод-вывод во внутренний пул данных и из него

Распознаваемые расширения файлов:. @

DICOM Серия изображений Dicom как 3D

Распознаваемые расширения файлов: .DCM, .dcm.

Поддерживаемые типы элементов:
16 бит со знаком, 16 бит без знака

hdf5 HDF5 3D изображение IO

Распознаваемые расширения файлов: .H5, .h5.

Поддерживаемые типы элементов:
двоичные данные, 8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака,
32-разрядный со знаком, 32-разрядный без знака, 64-разрядный со знаком, 64-разрядный без знака, с плавающей запятой
точка 32 бит, с плавающей точкой 64 бит

Inria Изображение INRIA

Распознаваемые расширения файлов: .INR, .inr.

Поддерживаемые типы элементов:
8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака, 32 бит со знаком
бит, 32 бита без знака, 32 бита с плавающей запятой, 64 бита с плавающей запятой

MHD MetaIO 3D image IO с использованием реализации VTK (экспериментальная).

Распознаваемые расширения файлов: .MHA, .MHD, .mha, .mhd.

Поддерживаемые типы элементов:
8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака, 32 бит со знаком
бит, 32 бита без знака, 32 бита с плавающей запятой, 64 бита с плавающей запятой

изящный NIFTI-1 3D изображение IO

Распознаваемые расширения файлов: .NII, .nii.

Поддерживаемые типы элементов:
8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака, 32 бит со знаком
бит, без знака 32 бит, знак 64 бит, без знака 64 бит, с плавающей запятой 32
бит, с плавающей запятой 64 бит

ВФФ Растровый формат VFF Sun

Распознаваемые расширения файлов: .VFF, .vff.

Поддерживаемые типы элементов:
8 бит без знака, 16 бит со знаком

перспектива 3D вид

Распознаваемые расширения файлов: .V, .VISTA, .v, .vista.

Поддерживаемые типы элементов:
двоичные данные, 8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака,
32-разрядный со знаком, 32-разрядный без знака, 32-разрядный с плавающей запятой, 64-разрядный с плавающей запятой
бит

ВТИ 3D-изображение VTK-XML, ввод и вывод (экспериментально).

Распознаваемые расширения файлов: .VTI, .vti.

Поддерживаемые типы элементов:
8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака, 32 бит со знаком
бит, 32 бита без знака, 32 бита с плавающей запятой, 64 бита с плавающей запятой

ВТК Ввод и вывод устаревших изображений 3D VTK (экспериментально).

Распознаваемые расширения файлов: .VTK, .VTKIMAGE, .vtk, .vtkimage.

Поддерживаемые типы элементов:
двоичные данные, 8 бит со знаком, 8 бит без знака, 16 бит со знаком, 16 бит без знака,
32-разрядный со знаком, 32-разрядный без знака, 32-разрядный с плавающей запятой, 64-разрядный с плавающей запятой
бит

ПРИМЕР

Зарегистрируйте серию перфузии, представленную на изображениях imagesXXXX.v, с помощью ICA 4-го класса.
предварительный расчет. Пропустить два изображения в начале, использовать не более 4 потоков регистрации, nlopt
оптимизатор на основе и другие параметры используют параметры по умолчанию. Сохраните результат в
зарегистрированныйXXXX.v

mia-3dmotioncompica-nonrigid -i images0000.v -o зарегистрировано% 04d.v -k 2 -C 4 -t 4 -O
nlopt: opt = ld-var1, xtola = 0.001, ftolr = 0.001, maxiter = 300

Авторы)

Герт Волльни

АВТОРСКИЕ ПРАВА

Это программное обеспечение защищено авторскими правами (c) 1999-2015 гг., Лейпциг, Германия, и Мадрид, Испания. Это приходит
с СОВЕРШЕННО ОТСУТСТВИЕМ ГАРАНТИЙ, и вы можете распространять его в соответствии с условиями GNU
ОБЩАЯ ОБЩЕСТВЕННАЯ ЛИЦЕНЗИЯ Версия 3 (или новее). Для получения дополнительной информации запустите программу с
вариант '- авторское право'.

Используйте mia-3dmotioncompica-nonrigid онлайн с помощью сервисов onworks.net