mincstats - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

mincstats - вычисляет простую статистику по вокселям файла minc

СИНТАКСИС

минкстатс [ ] .mnc

ОПИСАНИЕ

Минстат вычислит простые статистические меры по всем вокселям файла minc.
Обратите внимание, что это глобальные статистические меры, а не измерения вокселей за вокселями (см.
минкаверадж для этого). По умолчанию рассчитывается вся статистика. Если есть статистика
запрашивается с помощью параметра командной строки, то печатается только запрошенная статистика.

Очень полезная функция этой программы - возможность ограничивать набор вокселей.
включены в статистический расчет, либо путем ограничения диапазона включаемых значений,
или с помощью файла маски с ограниченным диапазоном. Несколько диапазонов для входного файла или
файл маски может быть указан. Для каждого диапазона включенных значений объема и для каждого диапазона
значений маски распечатывается соответствующая статистика (n * m значений, где n - число
диапазонов объема и m количество диапазонов маски). Эти расчеты производятся за один
проходят через данные, поэтому указание нескольких диапазонов намного быстрее, чем запуск
программа повторно. Это очень полезно при расчете многих средних региональных показателей с помощью
Объем маски VOI.

Особо следует упомянуть гистограммы и связанные с ними статистические показатели. В
диапазон гистограммы по умолчанию - от наименьшего значения в файле до наибольшего. В
не редкость, но особый случай, когда количество интервалов гистограммы точно совпадает с
количество возможных значений в файле (например, 256 ячеек для байтовых данных полного диапазона),
гистограмма может иметь некоторые странные особенности при использовании диапазона гистограммы по умолчанию. Этот
возникает в результате дискретизации данных, которые затем ребинируются в слегка
несоответствующая гистограмма. Для примера байтовых данных следует использовать значения 256.
интервалы и диапазон гистограммы, который простирается на половину интервала ниже наименьшего значения и на половину интервала
над самым большим. Вариант использования -дискретная_гистограмма чтобы решить это автоматически, или используйте
-integer_histogram иметь ячейки единичной ширины, если входные данные по своей природе целочисленные
(например, данные на этикетке). В общем, следует быть осторожным с ребинингом дискретизированных
данные в гистограмму с размером ячейки, близкой к уровню дискретизации.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

Обратите внимание, что параметры могут быть указаны в сокращенной форме (если они уникальны) и
можно указать в любом месте командной строки. Порядок вывода статистики
всегда будут одинаковыми, независимо от того, в каком порядке они запрашиваются на
командной строки

Общие кредита

-слобер
Перезаписать существующий файл.

-ноклоббер
Не перезаписывать существующий файл (по умолчанию).

-подробный
Распечатайте дополнительную информацию (больше, чем по умолчанию).

-тихо Распечатайте только запрошенные номера

-max_buffer_size_in_kb размер
Укажите максимальный размер внутренних буферов (в килобайтах). По умолчанию 4 МБ.

Недействительный ценностное кредита

-ignore_nan
Исключите недопустимые значения (вне допустимого диапазона) из статистических расчетов. Это
по умолчанию.

-include_nan
Считайте недопустимые значения нулями и включайте их в статистические вычисления.

-replace_nan ценностное
Замените недопустимые значения указанным значением и включите новое значение в
статистические расчеты.

Объём ассортимент кредита

-пол min1,min2, ...
Разделенный запятыми список нижних границ диапазонов данных для включения в статистику
расчет.

-потолок max1,max2, ...
Разделенный запятыми список верхних границ диапазонов данных для включения в статистику
расчет.

-ассортимент min1,max1,min2,max2, ...
Разделенный запятыми список нижних и верхних границ диапазонов данных, включаемых в
статистический расчет.

-binvalue val1,val2, ...
Список целочисленных значений, разделенных запятыми, для включения в статистический расчет. Диапазон
+/- 0.5 определяется вокруг каждого указанного значения.

-маска имя файла.mnc
Имя файла, который будет использоваться для маскировки данных, включенных в статистический расчет. За
это чтобы иметь какой-либо эффект, вы должны указать диапазон маски одним из следующих
настройки.

-mask_floor min1,min2, ...:
Подобно -пол, но применяется к файлу маски.

-mask_ceil max1,max2, ...
Подобно -потолок, но применяется к файлу маски.

-mask_range min1,max1,min2,max2, ...
Подобно -ассортимент, но применяется к файлу маски.

-mask_binvalue val1,val2, ...
Подобно -binvalue, но применяется к файлу маски.

Гистограмма кредита

-гистограмма имя файла
Укажите имя файла, в который записана гистограмма. Если несколько диапазонов
либо указаны диапазоны масок, то все гистограммы записываются в этот файл,
разделенные пустыми строками. Информация, описывающая каждую гистограмму, записывается перед
это в строках, начинающихся с символа решетки (решетки). Эти файлы можно загрузить
в gnuplot.

-hist_bins количество бункеров
Укажите количество интервалов в гистограмме.

-контейнеры количество бункеров
Синоним для -hist_bins.

-hist_floor мин
Укажите нижнюю границу гистограммы.

-hist_ceil Макс
Укажите верхнюю границу гистограммы.

-hist_range мин Макс
Укажите диапазон для гистограммы

-integer_histogram
Создайте ячейки единичной ширины, сосредоточенные вокруг целочисленных значений. Это полезно для
целочисленные данные, такие как метки. Диапазон гистограммы округляется до ближайшего целого числа,
затем минимальное значение снижается, а максимальное увеличивается на 0.5. Количество бункеров принято
как разница этих двух значений. Обратите внимание, что 0.01 добавляется к минимуму и
вычитается из максимума перед округлением, чтобы гарантировать, что
правильно указанный диапазон (например, [0.5,255.5]) сохраняется. Если вы хотите иметь
целочисленные интервалы, которые шире единицы, вам нужно будет определить диапазон гистограммы
и количество ящиков самостоятельно и не используйте эту опцию.

-дискретная_гистограмма
Попытайтесь сопоставить гистограмму с дискретизацией входных данных. Это
подходит для непрерывных данных, которые хранятся в целочисленном представлении и
когда желательна ширина бина, близкая к дискретности. Это похоже на
-integer_histogram, за исключением того, что диапазон гистограммы сначала преобразуется в воксель
значения округляются и увеличиваются на половину корзины с каждой стороны. Этот новый воксель
Затем диапазон преобразуется обратно в реальные значения. Количество бункеров принимается за
разница в диапазоне значений вокселя. Обратите внимание, что это не учитывает вариации
при послойном масштабировании, поэтому странные эффекты гистограммы все еще могут возникать. Этот вариант
предназначен для поведения, аналогичного поведению объем_статистики.

-int_max_bins количество бункеров
Укажите самую большую гистограмму, размер которой может быть автоматически изменен с помощью приведенного выше
опции. Предел предотвращает случайное создание огромных гистограмм. Этот вариант
заменил старый -max_bins опция в MINC 1.1.

Базовый статистика

-все Вычислите все статистические показатели. Это значение по умолчанию.

-никто Синоним для -счет (для сходства с volume_stats). Обратите внимание, что хотя это было
необходимо для объем_статистики, здесь он не нужен, так как указание любого из этих
параметры автоматически отключаются -все

-счет Подсчитайте количество вокселей, которые находятся в пределах диапазона и маски.

-процентов
Вывести процент вокселов в пределах диапазона и замаскировать

-VOLUME
Выведите объем вокселей в пределах диапазона и маски (в кубических миллиметрах).

-мин Выведите минимальное значение.

-Максимум Выведите максимальное значение.

-сумма Выведите сумму всех значений.

-сумма2 Выведите сумму квадратов всех значений.

-жадный Выведите среднее значение.

-вариантность
Выведите отклонение.

-stddev
Выведите стандартное отклонение.

-скоса
Распечатайте образец перекоса (3-й момент).

-экуртоз
Выведите образец эксцесса (4-й момент).

-СоМ Выведите центр масс. И координаты вокселя, и мировые координаты равны
напечатаны. Координаты вокселей печатаются в порядке файлов, в то время как мир
координаты печатаются в порядке x, y, z.

-Com Синоним для -СоМ.

-мир_только
Выведите центр масс только в мировых координатах.

Гистограмма статистика

Обратите внимание, что статистика гистограммы выводится исключительно из количества гистограмм и интервалов
центров, поэтому такие результаты, как медиана, не будут точно такими же, как истинное значение для
все включены вокселы. Например, ошибка медианы может достигать половины корзины.
ширина. Кроме того, если диапазон гистограммы меньше, чем диапазон включенных вокселей, то
результат применяется только к вокселям, включенным в гистограмму.

-hist_count
Вывести количество вокселей в гистограмме. Это может отличаться от количества
включены и замаскированы вокселы, если диапазон гистограммы меньше диапазона
включены данные.

-hist_percent
Распечатайте процент вокселей, включенных в гистограмму.

-средний
Выведите медианное значение гистограммы.

-большинство
Распечатайте центр бункера (значение интенсивности) для бункера с наибольшим количеством отсчетов.

-биМодалТ
Распечатайте бимодальный порог, разделяющий объем на два класса. По умолчанию
использовать метод otsu (см. варианты ниже)

-оцу Используйте метод, описанный в Otsu N, «Метод выбора порога на уровне серого.
Гистограммы », IEEE Trans on Systems, Man and Cybernetics. 1979, 9: 1; 62-66 to
рассчитать порог

-киттлер
Используйте алгоритм Kittler & Illingworth '86, чтобы вычислить бимодальный порог.
Киттлер Дж. И Иллингворт Дж. «Установление порога минимальной ошибки», Распознавание образов,
том 19, стр 41-47, 1986.

-капур Используйте Kapur et al. '85 алгоритм вычисления бимодального порога. Капур,
Sahoo & Wong "Новый метод определения порога изображения на уровне серого с использованием энтропии
гистограмма ", Компьютерное зрение, графика и обработка изображений, том 29, стр.
273-285, 1985.

-просто
Используйте простой алгоритм среднего среднего для вычисления бимодального порога.
вычислительно дороже, чем некоторые из альтернатив, и, похоже, не делает
прекрасная работа. Но он действительно кажется более надежным, чем некоторые другие методы.

-pct Выведите порог, необходимый для определенного критического процента гистограммы.

-энтропия
Выведите энтропию Шеннона.

H (x) = - Сумма (P (i) * log2 (P (i))

где P (i) - вероятность ячейки

Общий кредита для Найти команды:

-Помощь Распечатайте сводку параметров командной строки и выйдите.

-версия
Выведите номер версии программы и выйдите.

Используйте mincstats в Интернете с помощью сервисов onworks.net