miniasm - Интернет в облаке

ПРОГРАММА:

ИМЯ

miniasm - de novo ассемблер для длинных последовательностей чтения

СИНТАКСИС

миниазм [-b12V] [-m минматч] [-i минИден] [-s минSpan] [-c минков] [-o минОвлп] [-h
maxHang] [-I intThres] [-g maxGapDiff] [-d maxBubDist] [-e minUtgSize] [-f прочитать файл] [-n
nРунды] [-r dropRatio] [-F окончательныйDropRatio] [-p выводИнформация] отображение.paf > вывод.gfa

ОПИСАНИЕ

Miniasm - это очень быстрый de novo ассемблер, основанный на OLC, для шумных длинных операций чтения. Требуется все-против-
все считывают отображение себя в формате PAF в качестве входных данных и выводят граф сборки в GFA
формат. В отличие от основных ассемблеров, miniasm не имеет шага консенсуса. Это
просто объединяет части считываемых последовательностей для генерации окончательных единичных последовательностей. Таким образом
частота ошибок на базе аналогична чтению необработанных входных данных.

ДОПОЛНИТЕЛЬНЫЕ УСЛУГИ, НЕ ВКЛЮЧЕННЫЕ В ПАКЕТ

Предварительный отбор кредита
-m INT Отбрасываемые сопоставления, имеющие менее INT совпадающие основания (col10 в PAF) [100]. Этот
опция имеет ту же роль, что и -L миникарты.

-s INT Отбросить сопоставления короче, чем INT-bp [1000]. Эта опция также влияет на второй
фильтрация раунда чтения и минимальная длина перекрытия.

-i FLOAT Во время фильтрации чтения игнорируйте сопоставления с col10 / col11 ниже FLOAT [0.05].
Игнорируемые сопоставления по-прежнему используются для перекрытий чтения.

-c INT Минимальное покрытие другими чтениями [3]. В первом раунде фильтрации миниазм
находит самый длинный регион, покрытый INT или более прочтений. Во втором раунде он
кроме того, требуется, чтобы каждая оставшаяся база была покрыта INT базы по крайней мере
минSpan/ 2 с концов других чтений.

Перекрытие кредита
-o INT Минимальная длина перекрытия [такая же, как минSpan]

-h INT Максимальная длина вылета [1000]. Свес - это не нанесенная на карту область, которая должна быть
нанесены на карту при истинном перекрытии или истинном сдерживании. Если свес слишком длинный,
сопоставление считается внутренним соответствием и игнорируется.

-I FLOAT Минимальное отношение длины отображения к отображению + длина выступа для отображения
считается защитой или перекрытием [0.8]. Эта опция имеет ту же роль, что и
-h, за исключением того, что он контролирует соотношение, а не длину.

График макет кредита
-g INT Максимальные разницы между двумя чтениями в отображении [1000]. Этот параметр
используется только для транзитивной редукции.

-d INT Максимальное расстояние зондирования для лопания пузырьков [50000]. Пузыри длиннее, чем INT
не будет выскакивать.

-e INT Единица считается небольшой, если она состоит из менее чем INT гласит [4].
Miniasm может пытаться удалить небольшие единицы на разных этапах.

-f ФАЙЛОВ Чтение файла последовательности в формате FASTA или FASTQ для генерации единичных последовательностей
[нулевой]. Если эта опция отсутствует, miniasm производит вывод GFA без
последовательности.

-r FLOAT1, [FLOAT2]
Максимальный и минимальный коэффициент перекрытия падения [0.7,0.5]. Пусть перекрытие (v-> w) будет перекрытием
длина ребра v-> w и maxovlp (v) = max_w {overlap (v-> w)} - длина наибольшего
перекрывать. Miniasm капли перекрываются v-> w, если перекрытие (v-> w) / maxovlp (v) ниже a
порог, регулируемый этой опцией. Применяется миниазм nРунды раунды коротких
устранение перекрытий с увеличением порога между ПОПЛАВОК1 и ПОПЛАВОК2.

-n INT Раунды удаления коротких перекрытий [3].

-F FLOAT Пороговое значение коэффициента снижения перекрытия после кратковременного снятия агрегата [0.8]

Прочее кредита
-b Укажите, что во входных данных одно и то же сопоставление может быть указано дважды.

-1 Пропустить первый раунд выбора чтения перед сборкой

-2 Пропустить второй раунд выбора чтения перед сборкой

-p STR Информация о выходе и формат [уг]. Возможный STR значения включают - кровать: Почта-
отфильтрованные области чтения в формате BED; паф: сопоставления между постфильтрованными
читает; sg: читать график перекрытия в формате GFA; ug: unitig граф в GFA
формат.

-V Вывести номер версии на стандартный вывод

ВХОД ФОРМАТ

Miniasm считывает позиции сопоставления в формате парного сопоставления (PAF), который является TAB-
текстовый формат с разделителями, каждая строка которого состоит не менее чем из 12 полей, как описано в
следующая таблица:

┌────┬────────┬───────────────────────────────────── ───────────────────────────┐
│Седло │ Тип │ Описание │
├────┼────────┼───────────────────────────────────── ───────────────────────────
│ 1 │ строка │ Имя последовательности запросов │
│ 2 │ int │ Длина последовательности запроса │
│ 3 │ int │ Координата начала запроса (на основе 0) │
│ 4 │ int │ Координата конца запроса (на основе 0) │
│ 5 │ char │ `+ ', если запрос и таргетинг находятся в одной цепочке; `- 'если напротив │
│ 6 │ строка │ Имя целевой последовательности │
│ 7 │ int │ Длина целевой последовательности │
│ 8 │ int │ Целевая координата начала на исходной пряди │
│ 9 │ int │ Координата конечного конца исходной пряди │
│ 10 │ int │ Количество совпадающих баз в отображении │
│ 11 │ int │ База чисел, включая пробелы, в отображении │
│ 12 │ int │ Качество отображения (0–255 с 255 для отсутствующих) │
└────┴────────┴───────────────────────────────────── ───────────────────────────┘

См. миникарты(1) для подробного описания каждого поля.

ВЫВОД ФОРМАТ

Miniasm выводит сборку в формате Graphical Fragment Assembly (GFA). Это
строчный формат с разделителями-табуляторами, где первая буква обозначает тип строки.
В следующей таблице приведены типы линий, используемые miniasm:

┌─────┬─────────────┬────────────────────────────── ────────────────────────
│линия │ КОММЕНТАРИЙ │ Исправлена поля │
├─────┼─────────────┼────────────────────────────── ────────────────────────
│ H │ Заголовок │ N / A │
│ S │ Сегмент │ segName segSeq │
│ L │ Перекрытие │ segName1 segOri1 segName2 segOri2 ovlpCIGAR │
│ a │ Золотой путь │ utgName utgStart readName: start-end readOri length │
└─────┴─────────────┴────────────────────────────── ────────────────────────

Используйте miniasm онлайн с помощью сервисов onworks.net