นี่คือคำสั่ง asn2fsa ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
asn2fsa - แปลงข้อมูลลำดับทางชีวภาพจาก ASN.1 เป็น FASTA
เรื่องย่อ
asn2fsa [-] [-A แม็ก] [-D] [-E] [-H] [-L ชื่อไฟล์] [-T] [-a ชนิด] [-b] [-c] [-d เส้นทาง]
[-e N] [-f เส้นทาง] [-g] [-h ชื่อไฟล์] [-i ชื่อไฟล์] [-k] [-l] [-m] [-o ชื่อไฟล์] [-p เส้นทาง]
[-q ชื่อไฟล์] [-r] [-s] [-u] [-v ชื่อไฟล์] [-x Str] [-z]
DESCRIPTION
asn2fsa แปลงข้อมูลลำดับทางชีวภาพจาก ASN.1 เป็น FASTA
OPTIONS
สรุปตัวเลือกอยู่ด้านล่าง
- พิมพ์ข้อความการใช้งาน
-A แม็ก ภาคยานุวัติในการดึงข้อมูล
-D ใช้ Dash สำหรับ Gap
-E Seq-id แบบขยาย
-H ช่วง HTML
-L ชื่อไฟล์
ล็อกไฟล์
-T ใช้กระทู้
-a ชนิด
อินพุต ASN.1 ประเภท:
อัตโนมัติ (ค่าเริ่มต้น)
z อะไรก็ได้
e Seq-รายการ
ข Bioseq
ชุด Bioseq
m Seq-ส่ง
t การประมวลผลแบบแบตช์ (เหมาะสำหรับการเปิดตัวอย่างเป็นทางการ ตรวจหาประเภทเฉพาะอัตโนมัติ)
-b Bioseq-set เป็นไบนารี่
-c Bioseq-set ถูกบีบอัด
-d เส้นทาง
เส้นทางสู่ฐานข้อมูล ReadDB
-e N ความยาวบรรทัด (70 โดยค่าเริ่มต้น อาจมีตั้งแต่ 10 ถึง 120)
-f เส้นทาง
เส้นทางไปยังข้อมูล FASTA ที่จัดทำดัชนี
-g ขยายช่องว่างเดลต้าเป็น Ns
-h ชื่อไฟล์
ชื่อไฟล์เอาต์พุตแคชคอมโพเนนต์ Far
-i ชื่อไฟล์
ไฟล์อินพุตเดี่ยว (อินพุตมาตรฐานโดยค่าเริ่มต้น)
-k การดึงข้อมูลในท้องถิ่น
-l ล็อคส่วนประกอบล่วงหน้า
-m รูปแบบหลักสำหรับลำดับที่แบ่งส่วนใกล้เคียง
-o ชื่อไฟล์
ชื่อไฟล์เอาต์พุตนิวคลีโอไทด์
-p เส้นทาง
เส้นทางไปยังไฟล์ ASN.1
-q ชื่อไฟล์
ชื่อไฟล์เอาท์พุตคะแนนคุณภาพ
-r การดึงข้อมูลจากระยะไกลจาก NCBI
-s Far genomic contig สำหรับคะแนนคุณภาพ
-u เรียกซ้ำ
-v ชื่อไฟล์
ชื่อไฟล์เอาต์พุตโปรตีน
-x Str สตริงย่อยการเลือกไฟล์ (.ent โดยค่าเริ่มต้น) [สตริง]
-z ช่องว่างคะแนนคุณภาพการพิมพ์เป็น -1
ใช้ asn2fsa ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
