นี่คือคำสั่ง bowtie-debug ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
bowtie - เครื่องจัดตำแหน่งการอ่านระยะสั้นที่หน่วยความจำเร็วเป็นพิเศษ
DESCRIPTION
การใช้งาน: bowtie [ตัวเลือก]* {-1 -2 | - 12 | } [ ]
รายการที่คั่นด้วยเครื่องหมายจุลภาคของไฟล์ที่มีคู่อัปสตรีม (หรือซีเควนซ์
ตัวเอง ถ้า -c เป็นชุด) จับคู่กับเพื่อนใน
รายการไฟล์ที่คั่นด้วยเครื่องหมายจุลภาคที่มีเพื่อนร่วมดาวน์สตรีม (หรือซีเควนซ์
ตัวเองถ้า -c เป็นชุด) จับคู่กับเพื่อนใน
รายการไฟล์ที่คั่นด้วยเครื่องหมายจุลภาคที่มีการอ่านแบบหน้าไม้ สามารถเป็นส่วนผสมของ
จับคู่และไม่จับคู่ ระบุ "-" สำหรับ stdin
รายการไฟล์ที่คั่นด้วยเครื่องหมายจุลภาคที่มีการอ่านที่ไม่ได้จับคู่หรือลำดับ
ตัวเอง ถ้า -c ถูกตั้งค่า ระบุ "-" สำหรับ stdin
ไฟล์ที่จะเขียน Hit ไปที่ (ค่าเริ่มต้น: stdout)
Input:
-q ไฟล์อินพุตแบบสอบถามคือ FASTQ .fq/.fastq (ค่าเริ่มต้น)
-f ไฟล์อินพุตแบบสอบถามคือ (หลาย-)FASTA .fa/.mfa
-r ไฟล์อินพุตแบบสอบถามเป็นแบบดิบหนึ่งลำดับต่อบรรทัด
-c ลำดับการสืบค้นที่กำหนดในบรรทัด cmd (as , )
-C การอ่านและดัชนีอยู่ใน colorspace
-Q//-quals
ไฟล์ QV ที่สอดคล้องกับอินพุต CSFASTA ใช้กับ -f -C
--ไตรมาสที่ 1//-Q2
เช่นเดียวกับที่ -Qแต่สำหรับไฟล์คู่ 1 และ 2 ตามลำดับ
-s/--ข้าม
ข้ามไปก่อน อ่าน/คู่ในอินพุต
-u//-qupto
หยุดก่อน อ่าน/คู่ (ไม่รวมข้ามอ่าน)
-5//-trim5
ตัดแต่ง ฐานจาก 5' (ซ้าย) สิ้นสุดการอ่าน
-3//-trim3
ตัดแต่ง ฐานจาก 3' (ขวา) สิ้นสุดการอ่าน
--phred33-คุณสมบัติ
คุณสมบัติอินพุตคือ Phred+33 (ค่าเริ่มต้น)
--phred64-คุณสมบัติ
คุณสมบัติอินพุตคือ Phred+64 (เหมือนกับ --โซเล็กซา1.3-คุณสมบัติ)
--solexa-คุณสมบัติ
คุณสมบัติอินพุตมาจาก GA Pipeline ver. < 1.3
--โซเล็กซา1.3-ควอ
คุณสมบัติอินพุตมาจาก GA Pipeline ver. >= 1.3
--จำนวนเต็ม-quals
คุณสมบัติถูกกำหนดเป็นจำนวนเต็มคั่นด้วยช่องว่าง (ไม่ใช่ ASCII)
--ดัชนีขนาดใหญ่
บังคับให้ใช้ดัชนี 'ใหญ่' แม้ว่าจะมีดัชนีขนาดเล็กอยู่ก็ตาม
การจัดข้อความ:
-v
รายงานการโจมตีแบบ end-to-end ด้วย <=v ไม่ตรงกัน; ละเลยคุณสมบัติ
or
-n//-seedmms ไม่ตรงกันสูงสุดในเมล็ดพันธุ์ (สามารถเป็น 0-3 ค่าเริ่มต้น: -n 2)
-e//-maqerr
ผลรวมสูงสุดของคุณสมบัติที่ไม่ตรงกันในการจัดตำแหน่งสำหรับ -n (ค่าdef: 70)
-l//-เมล็ดพืช ความยาวของเมล็ดสำหรับ -n (ค่าเริ่มต้น: 28)
--nomaqround
ปิดการใช้งานการปัดเศษคุณภาพเหมือน Maq สำหรับ -n (ใกล้สุด 10 <= 30)
-I//-มินเนี่ยน
ขนาดเม็ดมีดขั้นต่ำสำหรับการจัดตำแหน่งปลายคู่ (ค่าเริ่มต้น: 0)
-X//-แม็กซิน
ขนาดเม็ดมีดสูงสุดสำหรับการจัดตำแหน่งปลายคู่ (ค่าเริ่มต้น: 250)
--fr//-rf/--ff -1, -2 mates align fw/rev, rev/fw, fw/fw (ค่าเริ่มต้น: --fr)
--ตอนนี้//-นอร์ค
ไม่จัดแนวเพื่อส่งต่อ / ย้อนกลับ - อ้างอิงสายอ้างอิง
--maxbts
สูงสุด # backtracks สำหรับ -n 2/3 (ค่าเริ่มต้น: 125, 800 สำหรับ --ดีที่สุด)
--จับคู่
พยายามสูงสุด # ครั้งในการหาคู่สำหรับการกดจุดยึด (ค่าเริ่มต้น: 100)
-y/--พยายามอย่างหนัก
พยายามอย่างหนักเพื่อค้นหาการจัดตำแหน่งที่ถูกต้องโดยแลกกับความเร็ว
--chunkmbs
RAM สูงสุดเมกะไบต์สำหรับเฟรมการค้นหาแรกที่ดีที่สุด (def: 64)
รายงาน:
-k
รายงานถึง การจัดตำแหน่งที่ดีต่อการอ่าน (ค่าเริ่มต้น: 1)
-a/--ทั้งหมด
รายงานการจัดตำแหน่งทั้งหมดต่อการอ่าน (ช้ากว่าระดับต่ำมาก -k)
-m
ระงับการจัดตำแหน่งทั้งหมดถ้า > มีอยู่ (def: ไม่จำกัด)
-M
กดไลก์ -mแต่รายงานการสุ่ม 1 ครั้ง (MAPQ=0); ต้องใช้ --ดีที่สุด
--ดีที่สุด ฮิตรับประกันชั้นที่ดีที่สุด; เนคไทเสียด้วยคุณภาพ
--ชั้น
ฮิตในชั้นย่อยที่เหมาะสมที่สุดจะไม่ถูกรายงาน (ต้องการ --ดีที่สุด)
Output:
-t/--เวลา
พิมพ์เวลานาฬิกาแขวนที่ใช้โดยขั้นตอนการค้นหา
-B/--offbase ออฟเซ็ตผู้ตัดสินซ้ายสุด = ในเอาต์พุต bowtie (ค่าเริ่มต้น: 0)
--เงียบ
พิมพ์แต่การจัดตำแหน่ง
--หักล้าง
เขียนการจัดตำแหน่งไปยังไฟล์ refXXXXX.map, 1 แผนที่ต่อการอ้างอิง
--refidx
อ้างถึงอ้างอิง seqs โดยดัชนีอิง 0 แทนที่จะเป็นชื่อ
--อัล
เขียนจัดแนวอ่าน/จับคู่ไปยังไฟล์
--un
เขียนการอ่าน / คู่ที่ไม่จัดแนวไปยังไฟล์
--สูงสุด
เขียนอ่าน/คู่มากกว่า -m จำกัดเฉพาะไฟล์
--ปราบปราม
ระงับคอลัมน์ที่กำหนด (comma-delim'ed) ในเอาต์พุตเริ่มต้น
--fullref
เขียนชื่อผู้อ้างอิงทั้งหมด (ค่าเริ่มต้น: ไม่เกินช่องว่างที่ 1)
พื้นที่สี:
--snphred
การลงโทษ Phred สำหรับ SNP เมื่อถอดรหัส colorspace (def: 30)
or
--snpfrac
ประมาณ เศษส่วนของฐาน SNP (เช่น 0.001); ชุด --snphred
--col-cseq
พิมพ์ลำดับของ colorspace ที่จัดแนวเป็นสี ไม่ใช่ฐานถอดรหัส
--col-cqual
พิมพ์ quals ดั้งเดิมของสี ไม่ได้ถอดรหัส quals
--col-เก็บ
เก็บนิวคลีโอไทด์ไว้ที่ปลายสุดของการจัดตำแหน่งถอดรหัส
แซม:
-S//แซม
เขียนฮิตในรูปแบบ SAM
--แผนที่
คุณภาพการแมปเริ่มต้น (MAPQ) เพื่อพิมพ์สำหรับการจัดตำแหน่ง SAM
--แซม-โนเฮด
ระงับบรรทัดส่วนหัว (เริ่มต้นด้วย @) สำหรับเอาต์พุต SAM
--sam-nosq
ระงับบรรทัดส่วนหัว @SQ สำหรับเอาต์พุต SAM
--sam-RG
เพิ่ม (โดยปกติคือ "lab=value") ถึง @RG บรรทัดของส่วนหัว SAM
ประสิทธิภาพ:
-o//-offrate แทนที่ offrate ของดัชนี; ต้องเป็น >= offrate ของดัชนี
-p//-กระทู้ จำนวนเธรดการจัดตำแหน่งที่จะเปิดตัว (ค่าเริ่มต้น: 1)
- มม ใช้ I/O ที่แมปหน่วยความจำสำหรับดัชนี ' bowtie's หลายสามารถแบ่งปัน
--เชม
ใช้แชร์ mem สำหรับดัชนี; ' bowtie's หลายสามารถแบ่งปัน
อื่น ๆ :
--เมล็ด
เมล็ดพันธุ์สำหรับเครื่องกำเนิดตัวเลขสุ่ม
--รายละเอียด
เอาต์พุตแบบละเอียด (สำหรับการดีบัก)
--รุ่น
พิมพ์ข้อมูลรุ่นและออกจาก
-h/--ช่วย
พิมพ์ข้อความการใช้งานนี้
64 บิต สร้างขึ้นบน lgw01-11 พฤ. 26 พ.ย. 11:11:48 UTC 2015 คอมไพเลอร์: gcc เวอร์ชัน 5.2.1 20151123
(Ubuntu 5.2.1-25ubuntu1) ตัวเลือก: -O3 -Wl,--hash-style=ทั้งสอง -D_FORTIFY_SOURCE=2 -g -O2
-fstack-ป้องกันที่แข็งแกร่ง -Wรูปแบบ - ผิดพลาด=รูปแบบ-ความปลอดภัย -g -O2 -fstack-ป้องกันที่แข็งแกร่ง
-Wรูปแบบ - ผิดพลาด=รูปแบบ-ความปลอดภัย -Wl,-Bsymbolic-ฟังก์ชั่น -Wl,-z,relro Sizeof {int, ยาว,
ยาว ยาว เป็นโมฆะ*, size_t, off_t}: {4, 8, 8, 8, 8, 8}
ใช้ bowtie-debug ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
