bp_biofetch_genbank_proxyp - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

bp_biofetch_genbank_proxy.pl - การแคชเว็บพร็อกซีที่รองรับ BioFetch สำหรับ GenBank

เรื่องย่อ

ติดตั้งในไดเร็กทอรี cgi-bin ของเว็บเซิร์ฟเวอร์ ยืนกลับ.

DESCRIPTION

สคริปต์ CGI นี้ทำหน้าที่เป็นฝั่งเซิร์ฟเวอร์ของโปรโตคอล BioFetch ตามที่อธิบายไว้ใน
http://obda.open-bio.org/Specs/. ให้บริการเข้าถึงฐานข้อมูลสองแห่ง บริการหนึ่งสำหรับข้อมูล
แหล่ง "genbank" (รายการนิวคลีโอไทด์) และอื่น ๆ สำหรับแหล่งข้อมูล "genpep" (โปรตีน
รายการ).

สคริปต์นี้ทำงานโดยส่งต่อคำขอไปยังสคริปต์ eutils ของ NCBI ซึ่งอาศัยอยู่ที่
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi. จากนั้นจะฟอร์แมตเอาต์พุตใหม่
ตามรูปแบบ BioFetch เพื่อให้สามารถประมวลผลและส่งคืนลำดับโดย
Bio::DB::BioFetch โมดูล รายการที่ส่งคืนจะถูกแคชชั่วคราวบนเว็บเซิร์ฟเวอร์'s
ระบบไฟล์ที่อนุญาตให้เรียกค้นรายการที่เข้าถึงบ่อยโดยไม่ต้องรอบอื่น
เดินทางไป กสทช.

การติดตั้ง
คุณต้องติดตั้งสิ่งต่อไปนี้เพื่อเรียกใช้สคริปต์นี้:

1) เพิร์ล
2) โมดูล Perl LWP และ Cache::FileCache
3) เว็บเซิร์ฟเวอร์ (แนะนำ Apache)

ในการติดตั้งสคริปต์นี้ ให้คัดลอกลงในไดเร็กทอรี cgi-bin ของเว็บเซิร์ฟเวอร์ คุณอาจต้องการ
เพื่อย่อชื่อ; ขอแนะนำให้ใช้ "dbfetch"

มีค่าคงที่หลายค่าที่ด้านบนของสคริปต์ที่คุณอาจต้องการปรับ
เหล่านี้คือ:

แคช_LOCATION

นี่คือตำแหน่งบนระบบไฟล์ที่จะเก็บไฟล์แคชไว้ NS
ค่าเริ่มต้นคือ /usr/tmp/dbfetch_cache

MAX_SIZE

นี่คือขนาดสูงสุดที่แคชสามารถขยายได้ เมื่อแคชเกินขนาดนี้
รายการที่เก่ากว่าจะถูกลบโดยอัตโนมัติ ค่าเริ่มต้นคือ 100,000,000 ไบต์
(100 เมกะไบต์)

หมดอายุ

รายการที่ไม่ได้รับการเข้าถึงในช่วงเวลานี้จะถูกลบออกจากแคช
ค่าเริ่มต้นคือ 1 สัปดาห์

ล้าง

ค่าคงที่นี้ระบุความถี่ที่แคชจะถูกล้างสำหรับรายการที่เก่ากว่า ค่าเริ่มต้น
คือ 1 ชั่วโมง

ทดสอบ

หากต้องการดูว่าสคริปต์นี้ทำงานตามที่คาดไว้หรือไม่ คุณอาจทดสอบด้วยสคริปต์นี้:

ใช้ Bio::DB::BioFetch;
$db ของฉัน = Bio::DB::BioFetch->new(-baseaddress=>'http://localhost/cgi-bin/dbfetch',
-format =>'genbank',
-db =>'genbank');
$seq ของฉัน = $db->get_Seq_by_id('DDU63596');
พิมพ์ $seq->seq,"\n";

นี่ควรพิมพ์ลำดับดีเอ็นเอออกมา

ใช้ bp_biofetch_genbank_proxyp ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net