bp_papplmaker.plp - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

papplmaker.PLS - ตัวสร้างโมดูลเครื่องมือวิเคราะห์

เรื่องย่อ

#ขอความช่วยเหลือหน่อยครับ
papplmaker.PLS -h

# สร้างโมดูลสำหรับโปรแกรม 'seqret'
papplmaker.PLS -n แก้ไข.seqret

# ditto แต่ระบุตำแหน่งที่จะค้นหา 'seqret'
papplmaker.PLS -n แก้ไข::seqret
-l http://localhost:8080/แกน/บริการ

# ditto แต่ระบุวิธีการเข้าถึงที่ไม่ใช่ค่าเริ่มต้นเป็น 'seqret'
papplmaker.PLS -n แก้ไข::seqret
-l http://corba.ebi.ac.uk/IOR/Analyses.ref
-a คอร์บา

# สร้างโมดูลสำหรับการวิเคราะห์ที่มีอยู่ทั้งหมด
# (โดยใช้ตำแหน่งเริ่มต้นและวิธีการเข้าถึงเริ่มต้น)
papplmaker.PLS

#อย่าสร้างแต่ดูว่าจะเกิดอะไร
papplmaker.PLS -s
papplmaker.PLS -S

# สร้างโมดูลสำหรับการวิเคราะห์ 'แก้ไข::seqret'
# แต่ตั้งชื่อว่า 'MySeqret'
papplmaker.PLS -n แก้ไข::seqret -m MySeqret

# ... และใช้มัน
ใช้ MySeqret;
พิมพ์ MySeqret->sequence_direct_data ใหม่ ('tatatacccgt')
->osformat ('embl')
->รอ_for
-> outseq;

# ditto แต่ใส่ผลลัพธ์ลงในไดเร็กทอรี '/tmp/my'
# (ไม่จำเป็นต้องมีไดเรกทอรี)
papplmaker.PLS -n แก้ไข::seqret -m MySeqret -d /tmp/my/

# สร้างโมดูลสำหรับการวิเคราะห์ทั้งหมดที่มีชื่อ
# ตรงกันที่กำหนดนิพจน์ทั่วไป (ตัวพิมพ์เล็กและตัวพิมพ์ใหญ่)
papplmaker.PLS -r 'แก้ไข'

# เหมือนกัน แต่สร้างชื่อโมดูลด้วยชื่อของคุณเอง
# (ให้ papplmaker.PLS แทนชื่อของคุณ)
papplmaker.PLS -r 'edit' -m 'My_$ANALYSIS'

DESCRIPTION

โมดูล "Bio::Tools::Run::Analysis" ให้การเข้าถึงการวิเคราะห์ในพื้นที่และระยะไกล
เครื่องมือในลักษณะที่เป็นหนึ่งเดียว (กำหนดไว้ใน "Bio::AnalysisI") โมดูลใช้วิธีการทั่วไป
อนุญาตให้ตั้งค่าข้อมูลอินพุตโดยพลการและเรียกผลลัพธ์โดยการตั้งชื่อ อย่างไรก็ตาม,
บางครั้งสะดวกกว่าในการใช้โมดูลเฉพาะซึ่งเป็นตัวแทนของเครื่องมือวิเคราะห์เดียว
ที่ทราบเกี่ยวกับชื่ออินพุตและผลลัพธ์ที่มีอยู่แล้ว

เครื่องกำเนิด "papplmaker.PLS" สร้างโมดูลเฉพาะดังกล่าว

"papplmaker.PLS" ใช้วิธีการเข้าถึงแบบเดียวกับโมดูลทั่วไป ซึ่งหมายความว่า
ขึ้นอยู่กับพารามิเตอร์ "การเข้าถึง" มันสามารถใช้ SOAP, CORBA หรืออื่น ๆ (รองรับ)
โปรโตคอลหรือสามารถเข้าถึงการวิเคราะห์ในพื้นที่ (มีอยู่ในเครื่องเดียวกันโดยที่
"papplmaker.PLS" ถูกเรียกใช้)

"papplmaker.PLS" ทำหน้าที่ของมันสำหรับการวิเคราะห์ที่มีชื่อเดียว (ระบุโดยตัวเลือก "-n"
หรือใช้โมดูล "Bio::Tools::Run::AnalysisFactory" เพื่อค้นหาว่าการวิเคราะห์คืออะไร
ใช้ได้และสามารถจำกัดจำนวนได้โดยจับคู่กับนิพจน์ทั่วไปที่กำหนดโดย
ตัวเลือก "-r"

โมดูลที่สร้างขึ้นหรือโมดูลถูกตั้งชื่อตามค่าเริ่มต้นเหมือนกับชื่อของ
การวิเคราะห์ที่สอดคล้องกัน แต่สิ่งนี้สามารถเปลี่ยนแปลงได้โดยตัวเลือก "-m" ซึ่งจริงๆ แล้ว a
เทมเพลตที่รู้จักและแทนที่สตริงต่อไปนี้:

$ANALYSIS หรือ ${ANALYSIS}
จะถูกแทนที่ด้วยชื่อของการวิเคราะห์

$CATEGORY หรือ ${CATEGORY}
จะถูกแทนที่ด้วยชื่อของหมวดหมู่ที่เป็นของการวิเคราะห์

$SERVICE หรือ ${SERVICE}
จะถูกแทนที่ด้วยชื่อเต็มของบริการ (ซึ่งมักจะเป็นการต่อกัน
ของหมวดหมู่และชื่อการวิเคราะห์ และยังใช้เป็นชื่อโมดูลเริ่มต้น btw)

อะไรคือความแตกต่างระหว่าง "บริการ" และ "การวิเคราะห์" และ "หมวดหมู่" หมายถึงอะไร
บางครั้งคำศัพท์เหล่านี้อาจทำให้สับสนเพราะอาจหมายถึงสิ่งที่แตกต่างกันเล็กน้อย
ขึ้นอยู่กับวิธีการเข้าถึงที่ใช้ในการสื่อสารกับพวกเขา โดยทั่วไป "การวิเคราะห์" คือ
โปรแกรม (แอปพลิเคชัน เครื่องมือ) ทำงานอยู่ที่ใดที่หนึ่ง แต่บางครั้งบนเครื่องท้องถิ่น หนึ่ง
ตัวอย่างของการวิเคราะห์คือ "seqret" (จากแพ็คเกจ EMBOSS) การวิเคราะห์สามารถจัดกลุ่ม
เป็นหมวดหมู่ตามหน้าที่หรือประเภทของข้อมูลที่พวกเขาจัดการ (แต่บางครั้งก็มี
ไม่มีหมวดหมู่เลย) การวิเคราะห์แต่ละรายการสามารถเข้าถึงได้โดยใช้ระดับที่สูงขึ้นของ
สิ่งที่เป็นนามธรรมคือ "บริการ" บริการมักจะเป็น wrapper ที่ขึ้นกับโปรโตคอล เช่น Web
บริการหรือบริการ CORBA ตัวอย่างเช่น มีบริการ "edit::seqret" ซึ่ง
แสดงถึงการวิเคราะห์ "seqret" ในหมวดหมู่ "แก้ไข"

การตอบรับ

จดหมาย รายการ
ความคิดเห็นของผู้ใช้เป็นส่วนสำคัญของวิวัฒนาการของโมดูลนี้และโมดูล Bioperl อื่นๆ ส่ง
ข้อคิดเห็นและข้อเสนอแนะของคุณ ควรไปที่รายชื่อผู้รับจดหมายของ Bioperl การมีส่วนร่วมของคุณ
เป็นที่ชื่นชมมาก

[ป้องกันอีเมล] - พูดคุยเรื่องทั่วไป
http://bioperl.org/wiki/Mailing_lists - เกี่ยวกับรายชื่อผู้รับจดหมาย

การรายงาน Bugs
รายงานจุดบกพร่องไปยังระบบติดตามจุดบกพร่องของ Bioperl เพื่อช่วยเราติดตามจุดบกพร่องและข้อบกพร่องเหล่านั้น
ปณิธาน. สามารถส่งรายงานข้อบกพร่องผ่านทางเว็บ:

http://redmine.open-bio.org/projects/bioperl/

ใช้ bp_paplmaker.plp ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net