นี่คือคำสั่ง bp_search2alnblocksp ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
bp_search2alnblocks - เปลี่ยนรายงานแยกวิเคราะห์ของ SearchIO เป็นชุดของบล็อกที่จัดแนว
เรื่องย่อ
bp_search2alnblocks --minid PERCENTID --minlen LEN --minevalue ไฟล์ EVALUE1
blast file2.blast ...> out.fas
DESCRIPTION
สคริปต์นี้จะแยกวิเคราะห์และกรอง BLAST (หรือรูปแบบอื่น Bio::SearchIO สามารถแยกวิเคราะห์ได้) เอาต์พุต
และจัดรูปแบบการจัดตำแหน่งเป็นบล็อกของการจัดตำแหน่งตาม HSP หมายเหตุ ทำได้เท่านั้น
ทำงานหากไฟล์อินพุตที่แยกวิเคราะห์มีสิ่งที่จำเป็น
โดยทั่วไปสามารถใช้เพื่อเปลี่ยนเอาต์พุต BLAST เป็นรูปแบบการจัดตำแหน่ง FASTA สำหรับอินพุต
ลงในเครื่องค้นหายีนเปรียบเทียบของ QRNA สำหรับยีน RNA (E.Rivas)
OPTIONS
--maxevalue ค่า E สูงสุดสำหรับ HSP
--minevalue ค่า E ขั้นต่ำสำหรับ HSP
--minlen ความยาวขั้นต่ำของ HSP [ค่าเริ่มต้น 0]
--maxid เปอร์เซ็นต์สูงสุด Id [ค่าเริ่มต้น 100]
(เพื่อช่วยลบลำดับที่ใกล้เคียงกันจริงๆ)
--minid เปอร์เซ็นต์ขั้นต่ำเอกลักษณ์สำหรับ HSP [ค่าเริ่มต้น 0]
-i/--input ชื่อไฟล์อินพุตเสริม (คาดว่าอินพุตบน STDIN เป็นค่าเริ่มต้น)
-o/--output ชื่อไฟล์เอาต์พุตที่เป็นตัวเลือก (ส่งออกเป็น STDOUT โดยค่าเริ่มต้น)
-f/--format ระบุรูปแบบการจัดตำแหน่งการค้นหาอื่น-
{fasta, axt, waba, blast, blastxml} อนุญาตทั้งหมด
แม้ว่ารูปแบบจะต้องมีการจัดตำแหน่งจริง
ลำดับเพื่อให้สคริปต์นี้ทำงาน
ดูหลี่ สำหรับข้อมูลเพิ่มเติม.
-of/--outformat รูปแบบเอาต์พุตสำหรับบล็อกการจัดตำแหน่ง อะไรก็ได้
หลี่ รองรับ
-v/--verbose เปิดการดีบัก
ผู้แต่ง - เจสัน สตาจิช
เจสัน สตาจิช, jason-at-bioperl-dot-org.
ใช้ bp_search2alnblocksp ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
