นี่คือคำสั่ง bp_search2tribep ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
bp_search2tribe - เปลี่ยนรายงานแยกวิเคราะห์ของ SearchIO เป็นเมทริกซ์ TRIBE
เรื่องย่อ
การใช้งาน:
bp_search2tribe [-o outputfile] [-f reportformat] [-w/-weight] file1 file2 ..
DESCRIPTION
สคริปต์นี้อาจช้าเกินไปสำหรับการใช้งานของคนส่วนใหญ่ ใช้บางอย่างดีกว่า
เช่น scripts/searchio/fastam9_to_table, -m 9 output จาก BLAST หรือ blast2table จาก
หนังสือ BLAST O'Reilly เพื่อรับผลลัพธ์แบบตารางจากโปรแกรมเหล่านี้แล้วป้อน
ตารางลงใน MCL ด้วยสคริปต์ mcxdeblast และตัวเลือก --m9
สคริปต์นี้จะเปลี่ยนรายงานการค้นหาโปรตีน (BLASTP, FASTP, SSEARCH) เป็น Markov
เมทริกซ์สำหรับการทำคลัสเตอร์ TribeMCL
ตัวเลือกคือ:
-o filename - ชื่อไฟล์เอาท์พุต [ค่าเริ่มต้น STDOUT]
-f format - รูปแบบผลการค้นหา (blast, fasta)
(การค้นหาเป็นรูปแบบ fasta) ค่าเริ่มต้นคือระเบิด
-w หรือ --weight VALUE - เปลี่ยนน้ำหนักเริ่มต้นสำหรับ E(0.0) hits
เป็น VALUE (ค่าเริ่มต้น=200 (เช่น 1e-200) )
-h - เมนูช่วยเหลือนี้
นอกจากนี้ ระบุชื่อไฟล์ที่คุณต้องการดำเนินการบนบรรทัดคำสั่ง หากไม่มีไฟล์
ถูกระบุ จากนั้นจะถือว่าอินพุต STDIN คุณระบุสิ่งนี้โดยทำ: bp_search2tribe
ไฟล์1 ไฟล์2 ไฟล์3
ใช้ bp_search2tribep ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
