bp_seqfeature_loadp - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

bp_seqfeature_load.pl - โหลด GFF ลงในฐานข้อมูล SeqFeature

DESCRIPTION

ส่งไฟล์รูปแบบ GFF หรือ fasta จำนวนเท่าใดก็ได้ (หรือ GFF ที่มี fasta ในตัว) เพื่อโหลดไฟล์
คุณลักษณะและลำดับลงในฐานข้อมูล SeqFeature ฐานข้อมูล (และอะแดปเตอร์) ที่จะใช้คือ
ระบุไว้ในบรรทัดคำสั่ง ใช้แฟล็ก --create เพื่อสร้างฐานข้อมูล SeqFeature ใหม่

เรื่องย่อ

bp_seqfeature_load.pl [ตัวเลือก] gff_or_fasta_file1 [gff_or_fasta_file2 [...]]

ลองใช้ 'bp_seqfeature_load.pl --help' หรือ '--man' เพื่อดูข้อมูลเพิ่มเติม

OPTIONS

-d, --dsn
แหล่งข้อมูล DBI (ค่าเริ่มต้น dbi:mysql:test)

-n, --เนมสเปซ
คำนำหน้าตารางที่จะใช้ (ค่าเริ่มต้น undef) อนุญาตให้มีคุณลักษณะลำดับอิสระหลายรายการ
ฐานข้อมูลที่จะเก็บไว้ในฐานข้อมูลเดียว

-s, --seqfeature
ประเภทของ SeqFeature เพื่อสร้าง... RTSC (ค่าเริ่มต้น Bio::DB::SeqFeature)

-a, --อะแดปเตอร์
อะแด็ปเตอร์หน่วยเก็บข้อมูล (คลาส) ที่จะใช้ (ค่าเริ่มต้น DBI::mysql)

-v, --เวอร์โบส
เปิดการรายงานความคืบหน้าอย่างละเอียด (ค่าเริ่มต้นจริง) ใช้ --noverbose เพื่อปิดการทำงานนี้

-f, --เร็ว
เปิดใช้งานการโหลดอย่างรวดเร็ว (ค่าเริ่มต้น 0) มีให้สำหรับอะแดปเตอร์บางตัวเท่านั้น

-T, --ไดเรกทอรีชั่วคราว
ระบุไดเร็กทอรีชั่วคราวเพื่อการโหลดที่รวดเร็ว (default File::Spec-> .)tmpdir())

-i, --ignore-seqregion
หากเป็น true ให้ข้าม ##sequence-region directives ในไฟล์ GFF3 (ค่าเริ่มต้น สร้าง a
คุณสมบัติของแต่ละภูมิภาค)

-c, -- สร้าง
สร้างฐานข้อมูลและเริ่มต้นใหม่ (ค่าเริ่มต้นเป็นเท็จ) หมายเหตุ การดำเนินการนี้จะลบข้อมูลก่อนหน้า
เนื้อหาฐานข้อมูล หากมี

-u, --ผู้ใช้
ผู้ใช้เชื่อมต่อกับฐานข้อมูล as

-p, --รหัสผ่าน
รหัสผ่านเพื่อใช้เชื่อมต่อกับฐานข้อมูล

-z, --zip
บีบอัดตารางฐานข้อมูลเพื่อประหยัดพื้นที่ (ค่าเริ่มต้นเป็นเท็จ)

-S, --คุณสมบัติย่อย
เปิดการสร้างดัชนีของคุณสมบัติย่อย (ค่าเริ่มต้นจริง) ใช้ --nosubfeatures เพื่อปิดการทำงานนี้

--สรุป
สร้างสถิติสรุปสำหรับกราฟความครอบคลุม (ค่าเริ่มต้นเป็นเท็จ) ซึ่งสามารถเรียกใช้บนa
ฐานข้อมูลที่โหลดไว้ก่อนหน้านี้หรือระหว่างการโหลด มันจะเริ่มต้นเป็นจริงถ้า --create is
มือสอง

-N, --nosummary
อย่าสร้างสถิติสรุปเพื่อประหยัดพื้นที่และเวลาในการโหลด (ค่าเริ่มต้น if
--create ไม่ได้ระบุไว้ ใช้ตัวเลือกนี้เพื่อปิดสถิติสรุปอย่างชัดเจน
เมื่อ --create ถูกระบุ)

--noalias-เป้าหมาย
อย่าสร้างแอตทริบิวต์นามแฝงที่มีค่าเป็น target_id ในแอตทริบิวต์เป้าหมาย (ถ้า
คุณลักษณะนี้มีแอตทริบิวต์ Target ค่าเริ่มต้นคือการสร้างแอตทริบิวต์นามแฝง
ซึ่งมีค่าเป็น target_id ในแอตทริบิวต์ Target)

โปรดดูที่ http://www.sequenceontology.org/gff3.shtml สำหรับข้อมูลเกี่ยวกับ GFF3
รูปแบบ. BioPerl ขยายรูปแบบเล็กน้อยโดยเพิ่มคำสั่ง ##index-subfeatures ชุด
นี่เป็นค่าจริงหากคุณต้องการให้ฐานข้อมูลสามารถดึงข้อมูลคุณสมบัติ
แต่ละส่วน (เช่น exons ของการถอดเสียง) โดยไม่ขึ้นกับระดับบนสุด
คุณสมบัติ:

##index-คุณสมบัติย่อย 1

นอกจากนี้ยังสามารถควบคุมการสร้างดัชนีของคุณสมบัติย่อยเป็นรายกรณีโดย
เพิ่ม "index=1" หรือ "index=0" ลงในรายการแอตทริบิวต์ของคุณลักษณะ ควรใช้แค่นี้
สำหรับคุณสมบัติย่อย

การสร้างดัชนีคุณสมบัติย่อยเป็นจริงโดยค่าเริ่มต้น ตั้งค่าเป็นเท็จ (0) เพื่อประหยัดพื้นที่ฐานข้อมูลจำนวนมาก
และประสิทธิภาพความเร็ว คุณสามารถใช้ --nosubfeatures เพื่อบังคับสิ่งนี้

ใช้ bp_seqfeature_loadp ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net