clustalw - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

clustalw - การจัดตำแหน่งกรดนิวคลีอิกและลำดับโปรตีนหลายครั้ง

เรื่องย่อ

คลัสเตอร์ [-infile] ไฟล์.นามสกุล [OPTIONS]

คลัสเตอร์ [-ช่วยด้วย | -ช่วยเหลือเต็มที่]

DESCRIPTION

Clustal W เป็นโปรแกรมการจัดตำแหน่งหลายจุดสำหรับ DNA หรือโปรตีนวัตถุประสงค์ทั่วไป

โปรแกรมดำเนินการจัดตำแหน่งลำดับนิวคลีโอไทด์หรือกรดอะมิโนจำนวนมากพร้อมกัน มัน
โดยปกติแล้วจะทำงานแบบโต้ตอบ โดยมีเมนูและความช่วยเหลือออนไลน์ หากคุณต้องการใช้
ในโหมดบรรทัดคำสั่ง (แบทช์) คุณจะต้องให้หลายตัวเลือก ขั้นต่ำคือ
-infile.

OPTIONS

DATA (ลำดับ)
-infile=ไฟล์.นามสกุล
ลำดับอินพุต

-โปรไฟล์1=ไฟล์.นามสกุล และ -โปรไฟล์2=ไฟล์.นามสกุล
โปรไฟล์ (การจัดตำแหน่งแบบเก่า)

กริยา (เนื่องจาก สิ่งของ)
-ตัวเลือก
แสดงรายการพารามิเตอร์บรรทัดคำสั่ง

-ช่วยด้วย or - ตรวจสอบ
ร่างพารามิเตอร์บรรทัดคำสั่ง

-ช่วยเหลือเต็มที่
แสดงเนื้อหาความช่วยเหลือแบบเต็ม

-จัดตำแหน่ง
ทำการจัดตำแหน่งหลายแบบเต็มรูปแบบ

-ต้นไม้
คำนวณต้นไม้นิวเจอร์ซีย์

-พิม
เมทริกซ์เอกลักษณ์ของผลลัพธ์ (ขณะคำนวณทรี)

-บูตสแตรป=n
Bootstrap ต้นไม้นิวเจอร์ซีย์ (n= จำนวนบูตสแตรป; def. = 1000)

-แปลง
เอาต์พุตลำดับอินพุตในรูปแบบไฟล์อื่น

พารามิเตอร์ (ชุด สิ่งของ)
General การตั้งค่า:
-เชิงโต้ตอบ
อ่านบรรทัดคำสั่ง จากนั้นเข้าสู่เมนูโต้ตอบแบบปกติ

-ควิกทรี
ใช้อัลกอริทึม FAST สำหรับแผนผังการจัดตำแหน่ง

-ประเภท=
โปรตีน or ดีเอ็นเอ ลำดับ

-เชิงลบ
การจัดตำแหน่งโปรตีนด้วยค่าลบในเมทริกซ์

-outfile=
ชื่อไฟล์การจัดลำดับ

-เอาท์พุท=
สกสค, Gde, ฟิลลิป, PIR or NEXUS.

-outputorder =
INPUT or จัดชิด

-กรณี
LOWER or UPPER (สำหรับเอาต์พุต GDE เท่านั้น)

-seqnos=
ปิด or ON (สำหรับเอาต์พุตคลัสเตอร์เท่านั้น)

-seqnos_range=
ปิด or ON (ใหม่: สำหรับรูปแบบเอาต์พุตทั้งหมด)

-ช่วง=m,n
ช่วงลำดับที่จะเขียนเริ่มต้น m ไปยัง m+n.

-maxseqlen=n
ความยาวลำดับอินพุตสูงสุดที่อนุญาต

-เงียบ
ลดเอาต์พุตคอนโซลให้เหลือน้อยที่สุด

-สถิติ=ไฟล์
บันทึกสถิติการจัดตำแหน่งบางส่วนไปที่ ไฟล์.

รวดเร็ว จับคู่ การจัดแนว:
-ktuple=n
ขนาดคำ

-topdiags=n
จำนวนการวินิจฉัยที่ดีที่สุด

-หน้าต่าง=n
หน้าต่างรอบ ๆ diags ที่ดีที่สุด

-pairgap=n
จุดโทษช่องว่าง

-คะแนน
เปอร์เซ็นต์ or ABSOLUTE.

ช้า จับคู่ การจัดแนว:
-pwmatrix=
:เมทริกซ์น้ำหนักโปรตีน=บลอสซัม, PAM, กอนเน็ต, ID or ชื่อไฟล์

-pwdnamatrix=
เมทริกซ์น้ำหนักดีเอ็นเอ=บลอสซัมไอยูบี บลอสซัมคลัสเตอร์หรือ บลอสซัมชื่อไฟล์.

-pwgapopen=f
ช่องว่างเปิดบทลงโทษ

-pwgapext=f
บทลงโทษการขยายช่องว่าง

แพลตฟอร์มที่หลากหลาย การจัดแนว:
-ต้นไม้ใหม่=
ไฟล์สำหรับแผนผังต้นไม้ใหม่

-usetree=
ไฟล์สำหรับต้นไม้ไกด์เก่า.

-เมทริกซ์=
เมทริกซ์น้ำหนักโปรตีน=บลอสซัม, PAM, กอนเน็ต, ID or ชื่อไฟล์.

-dnamatrix=
เมทริกซ์น้ำหนักดีเอ็นเอ=ไอยูบี, CLUSTAW or ชื่อไฟล์.

-gapopen=f
ช่องว่างเปิดบทลงโทษ

-gapext=f
บทลงโทษการขยายช่องว่าง

-engaps
ไม่มีปลายปากกาแยกช่องว่าง

-gapdist=n
ปากกาแยกช่องว่าง พิสัย.

-nogap
ปิดช่องว่างเฉพาะสารตกค้าง

-ไม่มีช่องว่าง
ช่องว่างที่ชอบน้ำปิด

-hgapresidues=
ระบุความละเอียดที่ชอบน้ำ

-maxdiv=n
เปอร์เซ็นต์ตัวตนสำหรับความล่าช้า

-ประเภท=
โปรตีน or ดีเอ็นเอ

-ทรานส์เวท=f
การเปลี่ยนน้ำหนัก

-การวนซ้ำ=
NONE or TREE or การจัดตำแหน่ง.

-ตัวเลข=n
จำนวนการทำซ้ำสูงสุดที่จะดำเนินการ

โปรไฟล์ การจัดแนว:
-ข้อมูลส่วนตัว
ผสานสองการจัดตำแหน่งตามการจัดตำแหน่งโปรไฟล์

-นิวทรี1=
ไฟล์สำหรับแผนผังแนวทางใหม่สำหรับ profile1

-นิวทรี2=
ไฟล์สำหรับแผนผังแนวทางใหม่สำหรับ profile2

-usetree1=
ไฟล์สำหรับแผนผังต้นไม้เก่าสำหรับโปรไฟล์1

-usetree2=
ไฟล์สำหรับแผนผังต้นไม้เก่าสำหรับโปรไฟล์2

ลำดับ ไปยัง โปรไฟล์ การจัดแนว:
-ลำดับ
เพิ่มลำดับ profile2 ให้กับการจัดตำแหน่ง profile1 ตามลำดับ

-ต้นไม้ใหม่=
ไฟล์สำหรับแผนผังต้นไม้ใหม่

-usetree=
ไฟล์สำหรับต้นไม้ไกด์เก่า.

โครงสร้าง การจัดแนว:
-nosecstr1
อย่าใช้มาสก์การลงโทษช่องว่างระหว่างโครงสร้างรองสำหรับโปรไฟล์ 1

-nosecstr2
อย่าใช้มาสก์การลงโทษช่องว่างระหว่างโครงสร้างรองสำหรับโปรไฟล์ 2

-secstrout=โครงสร้าง or หน้ากาก or ทั้งสอง or NONE
เอาต์พุตในไฟล์การจัดตำแหน่ง

-เฮลิกซ์แกป=n
การปรับช่องว่างสำหรับส่วนที่เหลือของแกนเกลียว

-strandgap=n
ค่าปรับช่องว่างสำหรับเศษแกนเกลียว

ลูปแกป=n
บทลงโทษช่องว่างสำหรับขอบเขตลูป

-terminalgap=n
บทลงโทษช่องว่างสำหรับโครงสร้างเทอร์มินี

-เฮลิกเซนดิน=n
จำนวนสิ่งตกค้างภายในเกลียวที่จะปฏิบัติต่อเป็นขั้ว

-helixendout=n
จำนวนเรซิดิวนอกเกลียวที่จะรับการรักษาเหมือนเทอร์มินอล

-สแตรนด์เดนดิน=n
จำนวนสิ่งตกค้างภายในเกลียวที่จะปฏิบัติต่อเป็นขั้ว

-strandendout=n
จำนวนของเรซิดิวนอกเกลียวที่จะรับการบำบัดเป็นเทอร์มินัล

ต้นไม้:
-เอาท์พุททรี=nj OR ฟิลลิป OR อ. OR Nexus

-เมล็ด=n
หมายเลขเมล็ดพันธุ์สำหรับบูตสแตรป

-คิมูระ
ใช้การแก้ไขของ Kimura

-tossgaps
ละเว้นตำแหน่งที่มีช่องว่าง

-bootlabel=ปม
ตำแหน่งของค่าบูตสแตรปในการแสดงแบบต้นไม้

-คลัสเตอร์=
นิวเจอร์ซีหรือ UPGMA

ใช้ clustalw ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net