ตีคู่ที่แน่นอน - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

mummer - แพ็คเกจสำหรับการจัดลำดับของหลายจีโนม

เรื่องย่อ

mummer-หมายเหตุ
รวมMUMs
นาดิฟฟ์ [ตัวเลือก]หรือ [ตัวเลือก]-d<เดลต้าไฟล์>
ตรงควบคู่
ช่องว่าง
มุมมองแผนที่ [ตัวเลือก]<พิกัดไฟล์>[UTRพิกัด][ซีดีSพิกัด]
มก [-NS][-NS][-ล][-NS]
แม่ [ตัวเลือก]
แผนแม่บท [ตัวเลือก]<การแข่งขันไฟล์>
ตัวเลข [ตัวเลือก]
nucmer2xfig
พรอมเมอร์ [ตัวเลือก]
จับคู่ซ้ำ [ตัวเลือก]
รัน-mummer1 <ฟาสต้าอ้างอิง><ฟาสต้าแบบสอบถาม>[-NS]
รัน-mummer3 <ฟาสต้าอ้างอิง><มัลติฟาสต้าแบบสอบถาม>
แสดงการจัดตำแหน่ง [ตัวเลือก]<อ้างอิงไอดี><qryไอดี>

อินพุตคือเอาต์พุต .delta ของโปรแกรม "nucmer" หรือ "promer" ที่ส่งผ่านบน
บรรทัดคำสั่ง.

ผลลัพธ์คือ stdout และประกอบด้วยการจัดตำแหน่งทั้งหมดระหว่างแบบสอบถามและการอ้างอิง
ลำดับที่ระบุบนบรรทัดคำสั่ง

หมายเหตุ: ไม่มีการจัดเรียงตามค่าเริ่มต้น ดังนั้นการจัดตำแหน่งจะถูกจัดเรียงตามที่พบใน
NS ป้อนข้อมูล.
แสดงพิกัด [ตัวเลือก]
แสดง-snps [ตัวเลือก]
ปูกระเบื้องโชว์ [ตัวเลือก]

DESCRIPTION

OPTIONS

เครื่องมือทั้งหมด (ยกเว้นสำหรับช่องว่าง) ปฏิบัติตามตัวเลือก -h, --help, -V และ --version อย่างที่ควรทำ
คาดหวัง. ความช่วยเหลือนี้ยอดเยี่ยมและทำให้หน้าคนเหล่านี้ล้าสมัยโดยทั่วไป
รวมMUMs รวม MUMs ใน โดยขยายการแข่งขันนอกปลายและระหว่าง MUM
เป็นไฟล์ fasta ของลำดับอ้างอิง เป็นหลาย-
ไฟล์ fasta ของลำดับที่ตรงกับการอ้างอิง

-D ส่งออกเฉพาะเพื่อ stdout ตำแหน่งที่แตกต่าง
และตัวละคร
-n อนุญาตการจับคู่ระหว่างนิวคลีโอไทด์เท่านั้น เช่น ACGTs
-N num Break ตรงกันที่ หรือไม่ใช่ ACGTs ต่อเนื่องกัน
-q tag ใช้สำหรับติดป้ายกำกับการค้นหาที่ตรงกัน
-r tag ใช้สำหรับติดป้ายอ้างอิงที่ตรงกัน
-S ส่งออกความแตกต่างทั้งหมดในสตริง
-t ป้ายข้อความค้นหาตรงกับส่วนหัวของแบบสอบถาม fasta
-v num ตั้งค่าระดับ verbose สำหรับเอาต์พุตพิเศษ
-W file รีเซ็ตชื่อไฟล์เอาท์พุตเริ่มต้น witherrors.gaps
-x อย่าส่งออกไฟล์ .cover
-e ตั้งค่าจุดตัดอัตราข้อผิดพลาดเป็น e (เช่น 0.02 เป็นสองเปอร์เซ็นต์)
นาดิฟฟ์ เรียกใช้การวิเคราะห์เปรียบเทียบของชุดลำดับสองชุดโดยใช้ nucmer และชุดที่เกี่ยวข้อง
ยูทิลิตี้พร้อมพารามิเตอร์ที่แนะนำ ดูเอกสาร MUMmer สำหรับรายละเอียดเพิ่มเติม
คำอธิบายของผลลัพธ์ สร้างไฟล์เอาต์พุตต่อไปนี้:

.report - สรุปการจัดตำแหน่ง ความแตกต่าง และ SNPs
.delta - เอาต์พุตการจัดตำแหน่ง nucmer มาตรฐาน
.1delta - การจัดตำแหน่ง 1 ต่อ 1 จากตัวกรองเดลต้า -1
.mdelta - การจัดตำแหน่ง M-to-M จาก delta-filter -m
.1coords - พิกัด 1 ต่อ 1 จาก show-coords -THrcl .1delta
.mcoords - พิกัด M-to-M จาก show-coords -THrcl .mdelta
.snps - SNP จาก show-snps -rlTHC .1delta
.rdiff - แบ่งเบรกพอยต์อ้างอิงจาก show-diff -rH .mdelta
.qdiff - แยกเบรกพอยต์ qry จาก show-diff -qH .mdelta
.unref - รหัสอ้างอิงและความยาวที่ไม่ตรงกัน (ถ้ามี)
.unqry - ID และความยาวของคิวรีที่ไม่อยู่ในแนวเดียวกัน (ถ้ามี)

บังคับ:
การอ้างอิง ตั้งค่าอินพุตอ้างอิง multi-FASTA filename
แบบสอบถาม ตั้งค่าการป้อนข้อมูลแบบสอบถามชื่อไฟล์ FASTA หลายแบบ
or
ไฟล์เดลต้า Unfiltered .delta ไฟล์การจัดตำแหน่งจาก nucmer

ตัวเลือก:
-d|delta จัดเตรียมไฟล์ delta ที่คำนวณไว้ล่วงหน้าสำหรับการวิเคราะห์
-h
--help แสดงข้อมูลช่วยเหลือและออก
-p|prefix ตั้งค่าส่วนนำหน้าของไฟล์เอาต์พุต (ค่าเริ่มต้น "out")
-V
--version แสดงข้อมูลเวอร์ชันและออก

มุมมองแผนที่
-h
--help แสดงข้อมูลช่วยเหลือและออก
-m|mag ตั้งค่ากำลังขยายที่จะแสดงภาพ
นี่คือตัวเลือกสำหรับ fig2dev ซึ่งใช้ในการสร้าง
ไฟล์ PDF และ PS (ค่าเริ่มต้น 1.0)
-n|num กำหนดจำนวนไฟล์เอาท์พุตที่ใช้ในการแบ่งพาร์ติชัน
เอาต์พุตนี้เพื่อหลีกเลี่ยงการสร้างไฟล์ที่เหมือนกัน
ใหญ่ที่จะแสดง (ค่าเริ่มต้น 10)
-p|prefix ตั้งค่าคำนำหน้าไฟล์เอาต์พุต
(ค่าเริ่มต้น "PROMER_graph หรือ NUCMER_graph")
-v
--verbose การบันทึกอย่างละเอียดของไฟล์ที่ประมวลผล
-V
--version แสดงข้อมูลเวอร์ชันและออก
-x1 coord กำหนดขอบเขตพิกัดล่างของจอแสดงผล
-x2 coord ตั้งค่าขอบเขตพิกัดบนของจอแสดงผล
-g|ref หากไฟล์อินพุตมีให้โดย 'mgaps' ให้ตั้งค่า
รหัสลำดับอ้างอิง (ตามที่ปรากฏในคอลัมน์แรก
ของไฟล์พิกัด UTR/CDS)
-I แสดงชื่อของลำดับการสืบค้น
-Ir แสดงชื่อยีนอ้างอิง
แม่ ค้นหาและส่งออก (เพื่อ stdout) ตำแหน่งและความยาวของทั้งหมดยาวเพียงพอ
การจับคู่สูงสุดของสตริงย่อยใน และ

-mum คำนวณการจับคู่สูงสุดที่ไม่ซ้ำกันในทั้งสองลำดับ
-mumcand เช่นเดียวกับ -mumreference
-mumreference คำนวณการจับคู่สูงสุดที่ไม่ซ้ำกันใน
การอ้างอิงลำดับแต่ไม่จำเป็นในแบบสอบถามลำดับ
(เริ่มต้น)
-maxmatch คำนวณการแข่งขันสูงสุดทั้งหมดโดยไม่คำนึงถึงเอกลักษณ์
-n จับคู่เฉพาะอักขระ a, c, g หรือ t
อาจเป็นตัวพิมพ์ใหญ่หรือตัวพิมพ์เล็กก็ได้
-l กำหนดความยาวขั้นต่ำของการแข่งขัน
หากไม่ได้ตั้งค่าไว้ ค่าเริ่มต้นคือ 20
-b คำนวณไปข้างหน้าและย้อนกลับการจับคู่เสริม
-r คำนวณเฉพาะการจับคู่ส่วนประกอบย้อนกลับ
-s แสดงสตริงย่อยที่ตรงกัน
-c รายงานตำแหน่งแบบสอบถามของการจับคู่ส่วนประกอบย้อนกลับ
สัมพันธ์กับลำดับการสืบค้นเดิม
-F บังคับรูปแบบเอาต์พุต 4 คอลัมน์โดยไม่คำนึงถึงจำนวน
อินพุตลำดับอ้างอิง
-L แสดงความยาวของลำดับการสืบค้นบนบรรทัดส่วนหัว
นักษัตร
nucmer สร้างการจัดตำแหน่งนิวคลีโอไทด์ระหว่างอินพุต mutli-FASTA สองตัว
ไฟล์. ไฟล์เอาต์พุตสองไฟล์จะถูกสร้างขึ้น ไฟล์เอาต์พุต .cluster แสดงรายการ
กลุ่มของการแข่งขันระหว่างแต่ละลำดับ ไฟล์ .delta แสดงรายการ
ระยะห่างระหว่างการแทรกและการลบที่ทำให้เกิดการให้คะแนนสูงสุด
การจัดตำแหน่งระหว่างแต่ละลำดับ

บังคับ:
การอ้างอิง ตั้งค่าชื่อไฟล์อ้างอิง multi-FASTA
แบบสอบถาม ตั้งค่าการป้อนข้อมูลแบบสอบถามชื่อไฟล์ FASTA หลายแบบ

--mum ใช้สมอที่ตรงกันที่ไม่ซ้ำกันในการอ้างอิงทั้งสอง
และสอบถาม
--mumcand เช่นเดียวกับ --mumreference
--mumreference ใช้การจับคู่สมอที่ไม่ซ้ำกันในการอ้างอิง
แต่ไม่จำเป็นต้องซ้ำกันในแบบสอบถาม (ลักษณะการทำงานเริ่มต้น)
--maxmatch ใช้สมอแมตช์ทั้งหมดโดยไม่คำนึงถึงเอกลักษณ์

-b|breaklen กำหนดระยะทางที่จะขยายการจัดตำแหน่งจะพยายาม
ขยายขอบเขตการให้คะแนนที่ไม่ดีก่อนที่จะยอมแพ้ (ค่าเริ่มต้น 200)
-c|mincluster ตั้งค่าความยาวต่ำสุดของคลัสเตอร์ของการแข่งขัน (ค่าเริ่มต้น 65)
--[ไม่]เดลต้า สลับการสร้างไฟล์เดลต้า (ค่าเริ่มต้น --เดลต้า)
--ขึ้นอยู่กับพิมพ์ข้อมูลการพึ่งพาและออก
-d|diagfactor ตั้งค่าตัวประกอบการแยกความแตกต่างในแนวทแยงการทำคลัสเตอร์
(ค่าเริ่มต้น 0.12)
--[no]extend สลับขั้นตอนส่วนขยายคลัสเตอร์ (ค่าเริ่มต้น --extend)
-f
--forward ใช้เฉพาะส่วนต่อของลำดับการสืบค้น
-g|maxgap กำหนดช่องว่างสูงสุดระหว่างสองแมตช์ที่อยู่ติดกันใน a
คลัสเตอร์ (ค่าเริ่มต้น 90)
-h
--help แสดงข้อมูลช่วยเหลือและออก
-l|minmatch กำหนดความยาวขั้นต่ำของการแข่งขันเดี่ยว (ค่าเริ่มต้น 20)
-o
--coords สร้าง coords NUCmer1.1 ดั้งเดิมโดยอัตโนมัติ
ไฟล์เอาต์พุตโดยใช้โปรแกรม 'show-coords'
--[ไม่]ปรับการเพิ่มประสิทธิภาพคะแนนการจัดตำแหน่งสลับ เช่น ถ้าการจัดตำแหน่ง
ส่วนขยายถึงจุดสิ้นสุดของซีเควนซ์ มันจะย้อนรอย
เพื่อปรับคะแนนการจัดตำแหน่งให้เหมาะสมแทนที่จะยุติ
การจัดตำแหน่งที่ส่วนท้ายของลำดับ (ค่าเริ่มต้น --optimize)
-p|prefix ตั้งค่าส่วนนำหน้าของไฟล์เอาต์พุต (ค่าเริ่มต้น "out")
-r
--reverse ใช้เฉพาะส่วนเสริมย้อนกลับของลำดับการสืบค้น
--[ไม่]ลดความซับซ้อนของการจัดตำแหน่งด้วยการลบคลัสเตอร์ที่เป็นเงา เปลี่ยน
ตัวเลือกนี้ปิดหากจัดลำดับให้ตัวเองดู
สำหรับการทำซ้ำ (ค่าเริ่มต้น --simplify)

พรอมเมอร์
promer สร้างการเรียงตัวของกรดอะมิโนระหว่างอินพุต DNA mutli-FASTA สองตัว
ไฟล์. ไฟล์เอาต์พุตสองไฟล์จะถูกสร้างขึ้น ไฟล์เอาต์พุต .cluster แสดงรายการ
กลุ่มของการแข่งขันระหว่างแต่ละลำดับ ไฟล์ .delta แสดงรายการ
ระยะห่างระหว่างการแทรกและการลบที่ทำให้เกิดการให้คะแนนสูงสุด
การจัดตำแหน่งระหว่างแต่ละลำดับ อินพุต DNA ถูกแปลเป็น 6 . ทั้งหมด
การอ่านเฟรมเพื่อสร้างเอาต์พุต แต่พิกัดเอาต์พุต
อ้างอิงอินพุต DNA ดั้งเดิม

บังคับ:
อ้างอิง ตั้งค่าอินพุตอ้างอิง multi-FASTA DNA file
แบบสอบถาม ตั้งค่าการป้อนข้อมูลแบบสอบถาม multi-FASTA DNA file

--mum ใช้สมอที่ตรงกันที่ไม่ซ้ำกันในการอ้างอิงทั้งสอง
และสอบถาม
--mumcand เช่นเดียวกับ --mumreference
--mumreference ใช้การจับคู่สมอที่ไม่ซ้ำกันในการอ้างอิง
แต่ไม่จำเป็นต้องซ้ำกันในแบบสอบถาม (ลักษณะการทำงานเริ่มต้น)
--maxmatch ใช้สมอแมตช์ทั้งหมดโดยไม่คำนึงถึงเอกลักษณ์

-b|breaklen กำหนดระยะทางที่จะขยายการจัดตำแหน่งจะพยายาม
ขยายขอบเขตการให้คะแนนที่ไม่ดีก่อนที่จะยอมแพ้ วัดเป็น
กรดอะมิโน (ค่าเริ่มต้น 60)
-c|mincluster ตั้งค่าความยาวต่ำสุดของคลัสเตอร์ของการจับคู่ โดยวัดเป็น
กรดอะมิโน (ค่าเริ่มต้น 20)
--[ไม่]เดลต้า สลับการสร้างไฟล์เดลต้า (ค่าเริ่มต้น --เดลต้า)
--ขึ้นอยู่กับพิมพ์ข้อมูลการพึ่งพาและออก
-d|diagfactor ตั้งค่าตัวประกอบการแยกความแตกต่างในแนวทแยงการทำคลัสเตอร์
(ค่าเริ่มต้น .11)
--[no]extend สลับขั้นตอนส่วนขยายคลัสเตอร์ (ค่าเริ่มต้น --extend)
-g|maxgap กำหนดช่องว่างสูงสุดระหว่างสองแมตช์ที่อยู่ติดกันใน a
คลัสเตอร์ วัดเป็นกรดอะมิโน (ค่าเริ่มต้น 30)
-l|minmatch กำหนดความยาวขั้นต่ำของการแข่งขันเดี่ยว วัดเป็น amino
กรด (ค่าเริ่มต้น 6)
-m|masklen กำหนดระยะการกำบัง bookend สูงสุด วัดเป็น amino
กรด (ค่าเริ่มต้น 8)
-o
--coords สร้าง PROmer1.1 ดั้งเดิม ".coords" โดยอัตโนมัติ
ไฟล์เอาต์พุตโดยใช้โปรแกรม "show-coords"
--[ไม่]ปรับการเพิ่มประสิทธิภาพคะแนนการจัดตำแหน่งสลับ เช่น ถ้าการจัดตำแหน่ง
ส่วนขยายถึงจุดสิ้นสุดของซีเควนซ์ มันจะย้อนรอย
เพื่อปรับคะแนนการจัดตำแหน่งให้เหมาะสมแทนที่จะยุติ
การจัดตำแหน่งที่ส่วนท้ายของลำดับ (ค่าเริ่มต้น --optimize)

-p|prefix ตั้งค่าส่วนนำหน้าของไฟล์เอาต์พุต (ค่าเริ่มต้น "out")
-x|matrix ตั้งค่าหมายเลขเมทริกซ์การจัดตำแหน่งเป็น 1 [BLOSUM 45]
2 [BLOSUM 62] หรือ 3 [BLOSUM 80] (ค่าเริ่มต้น 2)
จับคู่ซ้ำ ค้นหาการจับคู่แบบตรงทั้งหมดสูงสุดใน
-E ใช้การค้นหาอย่างละเอียดถี่ถ้วน (ช้า) เพื่อค้นหารายการที่ตรงกัน
-f Forward strand เท่านั้น อย่าใช้การเติมเต็มแบบย้อนกลับ
-n # ตั้งค่าความยาวขั้นต่ำของการจับคู่แบบตรงทั้งหมดเป็น #
-t เฉพาะเอาต์พุตที่ซ้ำกันเท่านั้น
-V # ตั้งค่าระดับการพิมพ์แบบละเอียด (ดีบัก) เป็น #
แสดงการจัดตำแหน่ง
-h แสดงข้อมูลช่วยเหลือ
-q จัดเรียงการจัดตำแหน่งตามคิวรีเริ่มต้นพิกัด
-r จัดเรียงการจัดตำแหน่งตามพิกัดเริ่มต้นอ้างอิง
-w int ตั้งค่าความกว้างของหน้าจอ - ค่าเริ่มต้นคือ 60
-x int ตั้งค่าประเภทเมทริกซ์ - ค่าเริ่มต้นคือ 2 (BLOSUM 62)
ตัวเลือกอื่นๆ ได้แก่ 1 (BLOSUM 45) และ 3 (BLOSUM 80)
หมายเหตุ: มีผลเฉพาะกับการเรียงตัวของกรดอะมิโน
แสดงพิกัด
-b ผสานการจัดตำแหน่งที่ทับซ้อนกันโดยไม่คำนึงถึงการจับคู่dir
หรือกรอบและไม่แสดงข้อมูลประจำตัวใดๆ
-B สลับเอาต์พุตเป็นรูปแบบ btab
-c รวมข้อมูลความครอบคลุมร้อยละในผลลัพธ์
-d แสดงทิศทางการจัดตำแหน่งในส่วนเพิ่มเติม
คอลัมน์ FRM (ค่าเริ่มต้นสำหรับ promer)
-g ตัวเลือกที่เลิกใช้แล้ว โปรดใช้ 'ตัวกรองเดลต้า' แทน
-h แสดงข้อมูลช่วยเหลือ
-H อย่าพิมพ์ส่วนหัวของเอาต์พุต
-I float ตั้งค่าเอกลักษณ์เปอร์เซ็นต์ขั้นต่ำที่จะแสดง
-k น็อคเอาท์ (ไม่แสดง) การจัดตำแหน่งที่ทับซ้อนกัน
การจัดตำแหน่งอื่นในเฟรมที่ต่างกันมากกว่า 50%
ของความยาวและมีความคล้ายคลึงกันน้อยกว่า
หรือน้อยกว่า 75% ของขนาดการจัดตำแหน่งอื่น
(โปรเมเจอร์เท่านั้น)
-l รวมข้อมูลความยาวของลำดับในผลลัพธ์
-L ยาว ตั้งค่าความยาวการจัดตำแหน่งขั้นต่ำที่จะแสดง
-o ใส่คำอธิบายประกอบการจัดตำแหน่งสูงสุดระหว่างสองลำดับ เช่น
ทับซ้อนกันระหว่างการอ้างอิงและลำดับการสืบค้น
-q จัดเรียงบรรทัดเอาต์พุตตามรหัสคิวรีและพิกัด
-r จัดเรียงบรรทัดเอาต์พุตตาม ID อ้างอิงและพิกัด
-T สลับเอาต์พุตเป็นรูปแบบที่คั่นด้วยแท็บ

อินพุตคือเอาต์พุต .delta ของโปรแกรม "nucmer" หรือ "promer" ที่ส่งผ่านบน
บรรทัดคำสั่ง.

ผลลัพธ์คือ stdout และประกอบด้วยรายการพิกัด เปอร์เซ็นต์เอกลักษณ์ และอื่นๆ
ข้อมูลที่เป็นประโยชน์เกี่ยวกับข้อมูลการจัดตำแหน่งที่มีอยู่ในไฟล์ .delta ที่ใช้เป็น
อินพุต

หมายเหตุ: ไม่มีการจัดเรียงตามค่าเริ่มต้น ดังนั้นการจัดตำแหน่งจะถูกจัดเรียงตามที่พบ
ใน ป้อนข้อมูล.
แสดง-snps
-C อย่ารายงาน SNP จากการจัดตำแหน่งที่มีความคลุมเครือ
การทำแผนที่ กล่าวคือรายงานเฉพาะ SNP ที่ [R] และ [Q]
คอลัมน์เท่ากับ 0 และไม่ส่งออกคอลัมน์เหล่านี้
-h แสดงข้อมูลช่วยเหลือ
-H อย่าพิมพ์ส่วนหัวของเอาต์พุต
-ฉันไม่รายงานอินเดล
-l รวมข้อมูลความยาวของลำดับในผลลัพธ์
-q จัดเรียงบรรทัดเอาต์พุตตาม ID แบบสอบถามและตำแหน่ง SNP
-r จัดเรียงบรรทัดเอาต์พุตตาม ID อ้างอิงและตำแหน่ง SNP
-S ระบุตำแหน่งที่จะรายงานโดยผ่าน
บรรทัด 'show-coords' เป็น stdin
-T สลับเป็นรูปแบบที่คั่นด้วยแท็บ
-x int รวมอักขระ x ของบริบท SNP โดยรอบใน
เอาต์พุต ค่าเริ่มต้น 0

อินพุตคือเอาต์พุต .delta ของโปรแกรม nucmer หรือ promer ที่ส่งผ่านบนคำสั่ง
เส้น

ผลลัพธ์คือ stdout และประกอบด้วยรายการ SNP (หรือการแทนที่กรดอะมิโนสำหรับ
promer) พร้อมตำแหน่งและข้อมูลที่เป็นประโยชน์อื่น ๆ เอาต์พุตจะถูกจัดเรียงด้วย -r โดยค่าเริ่มต้น
และคอลัมน์ [BUFF] จะอ้างอิงถึงลำดับที่มีการจัดเรียงตำแหน่งเสมอ
ค่านี้ระบุระยะทางจาก SNP นี้ไปยังค่าที่ไม่ตรงกันที่ใกล้ที่สุด (สิ้นสุดการจัดตำแหน่ง
indel, SNP ฯลฯ) ในการจัดตำแหน่งเดียวกัน ในขณะที่คอลัมน์ [DIST] ระบุระยะทาง
จาก SNP นี้ไปยังลำดับที่ใกล้ที่สุด SNP ที่คอลัมน์ [R] และ [Q] เป็น
ควรประเมินค่าที่มากกว่า 0 ด้วยความระมัดระวัง เนื่องจากคอลัมน์เหล่านี้ระบุจำนวน
การจัดตำแหน่งอื่นที่ทับซ้อนกันตำแหน่งนี้ ใช้ -C เพื่อรับรอง SNPs เท่านั้นที่จะรายงานจาก
บริเวณการจัดตำแหน่งที่ไม่ซ้ำกัน

ปูกระเบื้องโชว์
-a อธิบายเส้นทางการเรียงต่อกันโดยการพิมพ์ tab-delimited
พิกัดภูมิภาคการจัดตำแหน่งไปยัง stdout
-c สมมติว่าลำดับอ้างอิงเป็นวงกลม และอนุญาต
ปูกระเบื้องเพื่อขยายต้นทาง
-g int ตั้งค่าช่องว่างสูงสุดระหว่างการจัดตำแหน่งคลัสเตอร์ [-1, INT_MAX]
ค่า -1 จะแทนค่าอนันต์
(ค่าเริ่มต้นของตัวเลข = 1000)
(ค่าเริ่มต้นของ promer = -1)
-i float ตั้งค่าเอกลักษณ์เปอร์เซ็นต์ขั้นต่ำเป็นไทล์ [0.0, 100.0]
(ค่าเริ่มต้นของตัวเลข = 90.0)
(ค่าเริ่มต้นของ promer = 55.0)
-l int ตั้งค่าความยาวขั้นต่ำต่อรายงาน [-1, INT_MAX]
ค่า -1 จะแทนค่าอนันต์
(ค่าเริ่มต้นทั่วไป = 1)
ไฟล์ -p ส่งออกโมเลกุลหลอกของแบบสอบถามที่เชื่อมต่อกับ 'ไฟล์'
-R จัดการกับ contig ซ้ำ ๆ โดยการสุ่มวางไว้
ในตำแหน่งคัดลอก (หมายถึง -V 0)
ไฟล์ -t ส่งออกรายการ contig สไตล์ TIGR ของแต่ละลำดับการสืบค้น
ที่ตรงกับข้ออ้างอิงพอสมควร (ไม่เป็นวงกลม)
ไฟล์ -u ส่งออกพิกัดภูมิภาคการจัดตำแหน่งที่คั่นด้วยแท็บ
ของ contigs ที่ใช้ไม่ได้ใน 'file'
-v float ตั้งค่าความครอบคลุม contig ขั้นต่ำเป็นไทล์ [0.0, 100.0]
(ค่าเริ่มต้น nucmer = 95.0) ผลรวมของการจัดตำแหน่งแต่ละรายการ
(promer default = 50.0) ขอบเขตของซินเทนิก
-V float ตั้งค่าความแตกต่างของความครอบคลุม contig ขั้นต่ำ [0.0, 100.0]
คือความแตกต่างที่จำเป็นในการกำหนดหนึ่งการจัดตำแหน่ง
คือ 'ดีกว่า' กว่าการจัดตำแหน่งอื่น
(ค่าเริ่มต้น nucmer = 10.0) ผลรวมของการจัดตำแหน่งแต่ละรายการ
(promer default = 30.0) ขอบเขตของซินเทนิก
-x อธิบายเส้นทางการเรียงต่อกันโดยการพิมพ์ XML contig
การเชื่อมโยงข้อมูลกับ stdout

อินพุตคือเอาต์พุต .delta ของโปรแกรม nucmer รันบนข้อมูลลำดับที่คล้ายกันมาก หรือ
เอาต์พุต .delta ของโปรแกรม promer รันบนข้อมูลลำดับที่แตกต่างกัน

ผลลัพธ์คือ stdout และประกอบด้วยตำแหน่งที่คาดคะเนของแต่ละคิวรีที่จัดแนว
contig ที่แมปกับลำดับอ้างอิง พิกัดเหล่านี้อ้างอิงถึงขอบเขตของ
contig ข้อความค้นหาทั้งหมด แม้ว่าจะมีเพียงเปอร์เซ็นต์ที่แน่นอนของ contig ก็ตาม
จัดตำแหน่ง (เว้นแต่จะใช้ตัวเลือก -a) คอลัมน์คือ เริ่มต้นในการอ้างอิง สิ้นสุดในการอ้างอิง ระยะทางถึง
contig ถัดไป ความยาวของ contig นี้ ความครอบคลุมการจัดตำแหน่ง เอกลักษณ์ การวางแนว และ ID
ตามลำดับ

ใช้การตีคู่ที่แน่นอนทางออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net