นี่คือคำสั่ง gdcmimg ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
gdcmimg - จัดการไฟล์ภาพ DICOM
gdcmimg เป็นเครื่องมือระดับต่ำเพื่ออนุญาต de-/encapsulation from/to DICOM image เครื่องมือนี้ไม่
ไม่เข้าใจการแปลงไวยากรณ์การโอน มันจะห่อหุ้มข้อมูลดิบตามที่เป็นอยู่ นี้
มีผลกระทบในบางกรณี ดูคำเตือนพิเศษด้านล่าง
สิ่งสำคัญคือต้องสังเกตว่า gdcmimg สามารถแค็ปซูลไฟล์อินพุตที่เหมาะสมเท่านั้น ตัวอย่างเช่น
JPG และหรือ JP2 ได้รับการยอมรับเนื่องจากสามารถค้นหาไวยากรณ์การโอน DICOM ที่เกี่ยวข้องได้
อย่างไรก็ตาม อินพุต เช่น TIFF และ/หรือ PNG ไม่รองรับ เนื่องจาก DICOM ไม่รองรับสิ่งเหล่านั้น ดู
แทนเครื่องมือเช่น gdcm2vtk
เรื่องย่อ
gdcmimg [ตัวเลือก] ไฟล์เข้า ไฟล์ออก
DESCRIPTION
เค้ก gdcmimg เครื่องมือบรรทัดคำสั่งสามารถใช้ได้ในสองรูปแบบ:
· 1. การแปลงรูปแบบไฟล์ที่รู้จักเป็นคู่ DICOM ที่ห่อหุ้ม
· 2. การทำให้ส่วนสี่เหลี่ยมของไฟล์ DICOM ไม่ระบุชื่อ
พารามิเตอร์
ชื่อไฟล์อินพุตในไฟล์ (ไม่ใช่ DICOM)
file-out ชื่อไฟล์เอาท์พุต DICOM
OPTIONS
-i --input ชื่อไฟล์อินพุต
-o --output ชื่อไฟล์เอาท์พุต
เฉพาะ OPTIONS
--endian %s Endianness (LSB/MSB)
-d -- ความลึก %d ความลึก (ทั้ง 8/16/32 หรือ BitsAllocated เช่น 12 เมื่อทราบ)
--sign %s เครื่องหมายพิกเซล (0/1)
--spp %d ตัวอย่างต่อพิกเซล (1/3)
-s --ขนาด %d,%d ขนาด
-C --sop-class-uid SOP Class UID (ชื่อหรือค่า)
-T --study-uid UID ศึกษา
-S --series-uid ชุด UID
--root-uid รูท UID
FILL OPTIONS
-R --ภูมิภาค %d,%d ภูมิภาค
-F --fill %d เติมด้วยค่าพิกเซลที่ระบุ
ทั่วไป OPTIONS
-h -- ช่วยด้วย
พิมพ์ข้อความช่วยเหลือนี้และออก
-v --version
พิมพ์ข้อมูลรุ่นและออก
-V --เวอร์โบส
โหมด verbose (คำเตือน+ข้อผิดพลาด)
-W --คำเตือน
โหมดเตือน พิมพ์ข้อมูลคำเตือน
-E --ข้อผิดพลาด
โหมดข้อผิดพลาด พิมพ์ข้อมูลข้อผิดพลาด
-D --debug
โหมดดีบัก พิมพ์ข้อมูลการดีบัก
และพวกเรา ตัวแปร
GDCM_ROOT_UID รูท UID
ได้รับการสนับสนุน ไฟล์ FORMAT (เหมาะสม ไฟล์ ส่วนขยาย)
gdcmimg จะเป็นพื้นฐานของกระบวนการแปลงตามนามสกุลไฟล์ ติดตามรายการของ
นามสกุลไฟล์ที่รู้จัก เมื่อไม่พบนามสกุลไฟล์ จะถือว่าไฟล์ DICOM
รูปแบบการป้อนข้อมูล
* RAW (ดิบ, รวบรวมข้อมูล, เทา, rgb)
* อาร์แอลอี (rle)
* PNM (ppm, ppm, ppm)
* JPEG-LS (jls)
* JPEG 2000 (jp2, j2k, j2c, jpx, jpc)
* JPEG (jpg, jpeg, ljpg, ljpeg)
* ดิคอม ()
รูปแบบเอาต์พุต:
* PGM (พีจีเอ็ม, pnm, ppm)
* ดิคอม ()
สำหรับรูปแบบไฟล์ RAW คุณควรดูแลตัวเลือก –endian เป็นพิเศษ สำหรับ (เก่า)
รูปแบบไฟล์ JPEG รองรับทั้งรูปแบบ lossy และ lossless ผู้ใช้ควรจ่าย
ให้ความสนใจกับตัวเลือก –sign สำหรับรูปแบบไฟล์ เช่น RLE หรือ RAW ผู้ใช้จะต้อง
กรอกข้อมูลที่จำเป็นเพื่อค้นหาขนาดและประเภทของข้อมูลที่ป้อนเนื่องจากไม่มี
วิธีอื่นในการหาข้อมูลนี้ สำหรับรูปแบบไฟล์อื่นทั้งหมด คุณสมบัติจะได้รับ
จากรูปแบบไฟล์เอง
ไฟล์ PNM น่าจะเป็น endian ขนาดใหญ่ (สำคัญสำหรับความลึก > 8)
ทั่วไปของ การใช้
ลบรายการออกจากรถเข็น a เป็นมุมฉาก ส่วนหนึ่ง of ภาพ
ในการเติมขอบเขต [0,100]x[0,100] ของอิมเมจ DICOM ให้ทำดังนี้
$ gdcmimg -- เติม 0 --region 0,100,0,100 -i input.dcm -o output_black.dcm
คำเตือน: หากข้อมูลพิกเซลถูกบีบอัด รูปภาพจะถูกแตกก่อนเพื่อให้ pixel
สามารถตั้งค่าเป็น 0 ได้ แต่จะไม่บีบอัดซ้ำ
แปลง RAW ไปยัง ไดคอม
นามสกุลที่รู้จักคือ .raw, .rawl, .gray หรือ .rgb (ไม่คำนึงถึงตัวพิมพ์เล็กและตัวพิมพ์ใหญ่)
$ gdcmimg --ขนาด 512,512 --ความลึก 16 -i input.raw -o output.dcm
รูปภาพจะเป็นการจับภาพรอง
เมื่ออินพุตเป็น 3 องค์ประกอบ จำเป็นต้องระบุ Samples Per Pixel ให้ชัดเจน:
$ gdcmimg --ขนาด 512,512 --spp 3 input_rgb.raw output_rgb.dcm
เมื่อชื่อไฟล์มี .rgb เนื่องจากเอาต์พุตของนามสกุลไฟล์จะถูกจดจำเป็น .โดยอัตโนมัติ
RGB ไม่จำเป็นต้องระบุ –spp
$ gdcmimg --ขนาด 512,512 input.rgb output_rgb.dcm
คุณสามารถใช้ dd cmd บรรทัดเพื่อข้ามส่วนหัวที่คุณต้องการทิ้ง เช่น if
คุณต้องการข้าม 108 ไบต์แรก ให้ทำดังนี้
$ dd ข้าม=108 bs=1 if=input.raw of=output.raw
นามสกุล .raw และ .rawl เทียบเท่ากัน คุณต้องระบุ endianness ให้ชัดเจน
ด้วยตนเอง:
$ gdcmimg --endian MSB --ขนาด 512,512 --ความลึก 16 -i input.raw -o output.dcm
or
$ gdcmimg --endian LSB --ขนาด 512,512 --ความลึก 16 -i input.raw -o output.dcm
แปลง PGM/PNM/PPM ไปยัง ไดคอม
นามสกุลที่รู้จักคือ .pgm, .pnm, .ppm (ไม่คำนึงถึงตัวพิมพ์เล็กและตัวพิมพ์ใหญ่)
$ gdcmimg -i input.pgm -o เอาท์พุต.dcm
ภาพจะเป็นการจับภาพรอง
แปลง RLE ไปยัง ไดคอม
นามสกุลที่รู้จักคือ .rle (ตัวพิมพ์เล็กและตัวพิมพ์ใหญ่)
$ gdcmimg --ขนาด 512,512 --ความลึก 16 -i input.rle -o output.dcm
ภาพจะเป็นการจับภาพรอง
แปลง JPEG ไปยัง ไดคอม
นามสกุลที่รู้จักคือ .jpg, .jpeg, .ljpg, .ljpeg (ไม่คำนึงถึงตัวพิมพ์เล็กและตัวพิมพ์ใหญ่)
$ gdcmimg -i input.ljpeg -o output.dcm
ภาพจะเป็นการจับภาพรอง
แปลง J2K ไปยัง ไดคอม
นามสกุลที่รู้จักคือ .j2k, .jp2, .jpc, jpx, j2c (ไม่คำนึงถึงตัวพิมพ์เล็กและตัวพิมพ์ใหญ่)
$ gdcmimg -i input.j2k -o เอาท์พุท.dcm
รูปภาพจะเป็นการจับภาพรอง
ข้อมูลพิกเซลทั้งหมด (Bits Stored/Allocated...) จะได้รับจากตัวภาพเอง
และไม่ใช่จากตัวเลือกบรรทัดคำสั่ง
ระบุ a SOP ชั้น โพสต์
แทนที่จะใช้ Secondary Capture Image Storage ที่เป็นค่าเริ่มต้น เราอาจต้องการระบุ เช่น VL
การจัดเก็บภาพการถ่ายภาพ
$ gdcmimg --sop-class-uid 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.77.1.4 input.jpg output.dcm
หลาย ไฟล์
gdcmimg จัดการกับชุดของไฟล์อย่างดี (เช่น jpeg):
$ gdcmimg -C 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.12.1 1.jpg 2.jpg 3.jpg 4.jpg เอาต์พุต.dcm
สิ่งสำคัญคือต้องระบุ SOP Class ที่รองรับภาพหลายเฟรมเป็นอย่างอื่น
gdcmimg จะล้มเหลว
เริ่มต้น OFFSET
ในบางกรณี เราอาจต้องการสร้างชิ้น 2D จากไดรฟ์ข้อมูลที่กำหนดเอง (เช่น 3D) ใน
กรณีใด –offset จะสะดวก:
$ gdcmimg --offset 4954104330 --ขนาด 1673,1673 Input3D_1673_1673_1775.raw slice_1770.dcm
คำเตือน
มีปัญหาสองสามประการในการใช้งาน gdcmimg:
สำหรับไฟล์ RAW ควรสังเกตว่าเมื่อใช้ –endian MSB ข้อมูลพิกเซลจะเป็น
ห่อหุ้มตามที่เป็นอยู่ (ไม่ได้สัมผัสโดย gdcmimg) ดังนั้น ไวยากรณ์การโอนที่เป็นไปได้เท่านั้น
พร้อมใช้งานคือ Implicit VR Big Endian DLX (GE Private) GDCM จัดการส่วนตัวนี้
โอนไวยากรณ์ ดังนั้นหากคุณต้องการแปลงไวยากรณ์การโอนนี้เป็นแบบอื่น (และอนุญาต
การจัดการข้อมูลพิกเซล) คุณสามารถใช้:
$ gdcmconv --raw --force input_big_endian_dlx.raw -o output_implicit_vr_little_endian.dcm
สำหรับไฟล์ JFIF และไฟล์ JP2 (พร้อมส่วนหัว) ส่วนหัวจะถูกคัดลอกไปยังองค์ประกอบ Pixel Data
ซึ่งผิดกฎหมายสำหรับ JP2 ใช้ gdcmconv เพื่อเข้ารหัสไฟล์ JP2/JFIF ใหม่เป็น J2K/JPG อย่างถูกต้อง
$ gdcmimg input.jp2 output_jp2.dcm
$ gdcmconv --j2k --บังคับ output_jp2.dcm output_j2k.dcm
สำหรับไฟล์ RLE จะไม่มีการตรวจสอบการข้ามขอบเขตของแถว แนะนำให้ใช้
gdcmconv –rle เพื่อเข้ารหัสอีกครั้งเป็นไฟล์ RLE ที่เหมาะสมในกรณีที่มีข้อสงสัย
แน่นอนว่าถ้าการบีบอัดไม่เหมาะกับการตั้งค่าของคุณ คุณสามารถแยกการห่อหุ้ม . ออกได้เสมอ
ไฟล์ DICOM (โดยทั่วไปคือ JPEG) เป็นรูปแบบที่ไม่ห่อหุ้ม โดยใช้ gdcmconv:
$ gdcmconv --raw input_jpeg.dcm output_raw.dcm
ใช้ gdcmimg ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
