gdcminfo - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

gdcminfo - แสดงข้อมูลเมตาเกี่ยวกับไฟล์ DICOM อินพุต

เรื่องย่อ

gdcminfo [ตัวเลือก] [ไฟล์เข้า/ไดร์อิน...]

DESCRIPTION

พื้นที่ gdcminfo โปรแกรมบรรทัดคำสั่งใช้เป็นอินพุตไฟล์ DICOM หรือไดเร็กทอรีและกระบวนการ
เพื่อดึงข้อมูลเมตาเกี่ยวกับไฟล์ DICOM ที่ประมวลผล

พารามิเตอร์

file-in/dir-in DICOM อินพุตชื่อไฟล์/dirname

OPTIONS

โดยเฉพาะ ตัวเลือก
-r --recursive recursive recursive ของไดเร็กทอรีอินพุต
-d --check-deflate ตรวจสอบว่าไฟล์มีไวยากรณ์ที่ถูกต้องหรือไม่
--resources-path เส้นทางทรัพยากร
--md5sum คำนวณ md5sum ของค่าแอตทริบิวต์ข้อมูลพิกเซล
--check-compression ตรวจสอบการบีบอัดสตรีมแบบห่อหุ้ม (lossless/lossy)

ทั่วไป ตัวเลือก
-h -- ช่วยด้วย
พิมพ์ข้อความช่วยเหลือนี้และออก

-v --version
พิมพ์ข้อมูลรุ่นและออก

-V --เวอร์โบส
โหมด verbose (คำเตือน+ข้อผิดพลาด)

-W --คำเตือน
โหมดเตือน พิมพ์ข้อมูลคำเตือน

-E --ข้อผิดพลาด
โหมดข้อผิดพลาด พิมพ์ข้อมูลข้อผิดพลาด

-D --debug
โหมดดีบัก พิมพ์ข้อมูลการดีบัก

สิ่งแวดล้อม ตัวแปร
GDCM_RESOURCES_PATH พาธที่ชี้ไปยังไฟล์ทรัพยากร (Part3.xml, ...)

SIMPLE การใช้

gdcmData
การใช้ข้อมูลจาก gdcmData:

$ gdcminfo gdcmData/012345.002.050.dcm

MediaStorage คือ 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.4 [ที่เก็บรูปภาพ MR]
จำนวนมิติ: 2
ขนาด: (256,256)
ที่มา: (-85,21.6,108.7)
ระยะห่าง: (0.664062,0.664062,1.5)
ทิศทางโคไซน์: (1,0,0,0,0,-1)
ปรับขนาดการสกัดกั้น/ความชัน: (0,1)
ตัวอย่างต่อพิกเซล :1
บิตที่จัดสรร :16
Bits เก็บไว้ :16
ไฮบิต :15
การแสดงพิกเซล:1
ป้ายปฐมนิเทศ: CORONAL

เดวี คลูนี่ ชุดข้อมูล:
การใช้ข้อมูลจากชุดข้อมูล David Clunie:

$ gdcminfo BRTUM001.dcm

MediaStorage คือ 1.2.840.10008.5.1.4.1.1.4.1 [Enhanced MR Image Storage]
จำนวนมิติ: 3
ขนาด: (256,256,15)
ที่มา: (40,-105,105)
ระยะห่าง: (0.820312,0.820312,6)
ทิศทางโคไซน์: (0,1,0,0,0,-1)
ปรับขนาดการสกัดกั้น/ความชัน: (0,1)
ตัวอย่างต่อพิกเซล :1
บิตที่จัดสรร :16
Bits เก็บไว้ :16
ไฮบิต :15
การแสดงพิกเซล:1
ป้ายปฐมนิเทศ: SAGITTAL

การตรวจสอบ md5sum of พิกเซล ข้อมูล
หลังจากบีบอัดไฟล์ DICOM (ดู gdcmconv) โดยใช้อัลกอริธึมการบีบอัดแบบไม่สูญเสียข้อมูล
ค่อนข้างง่ายที่จะเปรียบเทียบทั้งสองไฟล์สำหรับความแตกต่างที่ระดับแอตทริบิวต์ DICOM อย่างไรก็ตาม
การดำเนินการเดียวทำได้ง่ายกว่าเล็กน้อย: จะแน่ใจได้อย่างไรว่าการบีบอัดนั้นเป็นจริง
ไม่สูญเสีย ? ในกรณีนี้ เราสามารถใช้การดำเนินการ –md5sum

นำไฟล์ภาพ DICOM ที่ไม่มีการบีบอัด:

$ gdcminfo --md5sum SIEMENS_ImageLocationUN.dcm

The tool return: 0621954acd5815e0b4f7b65fcc6506b1

ตอนนี้บีบอัดไฟล์นี้:

$ gdcmconv --jpegls SIEMENS_ImageLocationUN.dcm lossless_compressed.dcm

แล้วตรวจสอบ md5sum อีกครั้ง:

$ gdcminfo --md5sum lossless_compressed.dcm

The tool return: 0621954acd5815e0b4f7b65fcc6506b1

การตรวจสอบ if พิกเซล ข้อมูล is lossless
ในบางสภาพแวดล้อมต้องการตรวจสอบว่าไฟล์ DICOM นั้นไม่มีการสูญเสียหรือไม่ มันคือ
ค่อนข้างง่ายที่จะทำอย่างนั้นในกรณีส่วนใหญ่ เพียงสองครั้งนี้ไม่ชัดเจนจาก
แอตทริบิวต์ DICOM แต่เพียงผู้เดียว เมื่อรูปแบบการโอนถ่ายเป็น JPEG 2000 Image Compression
(1.2.840.10008.1.2.4.91) และเมื่อ Transfer Syntax เป็น JPEG-LS Lossy (Near-Lossless)
การบีบอัดภาพ (1.2.840.10008.1.2.4.81)

ในกรณีนี้ ทางออกเดียวคือเปิดองค์ประกอบ Pixel Data อ่าน JPEG . เฉพาะ
ส่วนหัวและตรวจสอบว่าการแปลง JPEG นั้นไม่มีการสูญเสียหรือไม่:

$ gdcminfo -- ตรวจสอบการบีบอัด gdcmData/MAROTECH_CT_JP2Lossy.dcm

เครื่องมือส่งคืน: "พบว่า Encapsulated Stream เป็น: lossy"

โปรดทราบว่าเครื่องมือนี้ยังตรวจสอบแอตทริบิวต์ Image Lossy Compression อีกด้วย
(0028,2110). แปลว่า --check-บีบอัด จะส่งกลับค่าของการสูญเสียถ้า
พบว่ารุ่นก่อนถูกบีบอัดแบบสูญเสีย

ใช้ gdcminfo ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net