gmx-spatial - ออนไลน์ใน Cloud

โครงการ:

ชื่อ

gmx-spatial - คำนวณฟังก์ชันการกระจายเชิงพื้นที่

เรื่องย่อ

จีเอ็มเอ็กซ์ สเปเชียล [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-b ] [-e ] [-dt ] [-[ตอนนี้] [-[ไม่]pbc]
[-[ไม่]div] [-ติดป้าย ] [- ถัง ] [-จับ ]

DESCRIPTION

GMX เกี่ยวกับอวกาศ คำนวณฟังก์ชันการกระจายเชิงพื้นที่และส่งออกในรูปแบบที่สามารถ
ถูกอ่านโดย VMD ในรูปแบบคิวบ์ Gaussian98 สำหรับระบบ 32,000 อะตอมและ 50 ns
วิถี SDF สามารถสร้างได้ในเวลาประมาณ 30 นาที โดยส่วนใหญ่อุทิศให้
ให้ทั้งสองวิ่งผ่าน trjconv ที่ต้องจัดวางทุกอย่างให้อยู่ตรงกลางอย่างถูกต้อง นี้
ยังใช้พื้นที่ทั้งหมด (3 สำเนาของไฟล์วิถี) ถึงกระนั้นรูปภาพ
สวยงามและให้ข้อมูลมากเมื่อทำการเลือกที่เหมาะสม 3-4 อะตอมใน
กลุ่มมือถืออย่างกว้างขวาง (เช่น กรดอะมิโนอิสระในสารละลาย) ทำงานได้ดี หรือเลือก
กระดูกสันหลังของโปรตีนในโครงสร้างพับที่มั่นคงเพื่อรับ SDF ของตัวทำละลายและดูที่
เปลือกการแก้ปัญหาเฉลี่ยเวลา นอกจากนี้ยังสามารถใช้โปรแกรมนี้เพื่อสร้าง SDF
ขึ้นอยู่กับพิกัดคาร์ทีเซียนโดยพลการ ในการทำเช่นนั้น เพียงแค่ละเว้นเบื้องต้น GMX
trjconv ขั้นตอน

การใช้งาน:

1 ใช้ GMX make_ndx เพื่อสร้างกลุ่มที่มีอะตอมรอบ ๆ ที่คุณต้องการให้ SDF

2. GMX trjconv -s เอ.พี.อาร์ -f อ.ต.ก -o btng -boxcenter ไตร -คุณ กะทัดรัด -pbc ไม่มี

3. GMX trjconv -s เอ.พี.อาร์ -f btng -o c.tng -พอดี เน่า+ทรานส์

4. วิ่ง GMX เกี่ยวกับอวกาศ บน c.tng ผลลัพธ์ของขั้นตอน #3

5. โหลด ตาราง.ลูกบาศก์ ลงใน VMD และมองว่าเป็น isosurface

หมายเหตุ ที่ระบบเช่นไมเซลล์ต้องการ GMX trjconv -pbc กลุ่ม ระหว่างขั้นตอนที่ 1
และ 2

คำแนะนำ:
SDF จะถูกสร้างขึ้นสำหรับคิวบ์ที่มีถังขยะทั้งหมดที่มีบางส่วนที่ไม่ใช่ศูนย์
การเข้าพัก อย่างไรก็ตาม การเตรียมความพร้อม -พอดี เน่า+ทรานส์ ตัวเลือก GMX trjconv แสดงว่า
ระบบของคุณจะหมุนและแปลในอวกาศ (เพื่อให้กลุ่มที่เลือก
ไม่). ดังนั้นค่าที่ส่งคืนจะใช้ได้กับบางภูมิภาคเท่านั้น
รอบกลุ่มกลาง/พิกัดของคุณที่มีการทับซ้อนกับปริมาณระบบตลอด
ระบบที่แปล/หมุนเวียนทั้งหมดตลอดแนววิถี มันขึ้นอยู่กับ
ผู้ใช้เพื่อให้แน่ใจว่าเป็นกรณีนี้

เสี่ยง ตัวเลือก
เพื่อลดจำนวนพื้นที่และเวลาที่ต้องการ คุณสามารถส่งออกได้เฉพาะ coords ที่
ที่จะใช้ในการรันครั้งแรกและครั้งต่อๆ ไป GMX trjconv. อย่างไรก็ตาม อย่าลืม
ตั้ง -จับ อ็อพชันเป็นค่าที่สูงเพียงพอ เนื่องจากหน่วยความจำถูกจัดสรรสำหรับ cube bins
ตามพิกัดเริ่มต้นและ -จับ ค่าตัวเลือก

OPTIONS

ตัวเลือกในการระบุไฟล์อินพุต:

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
โครงสร้าง+มวล(db): tpr เยี่ยมมาก g96 พีดีบี BRK เอนท์

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
วิถี: ความปีติยินดี TRR CPT เยี่ยมมาก g96 พีดีบี ทง

-n [<.ndx>] (index.ndx) (เลือกได้)
ไฟล์ดัชนี

ตัวเลือกอื่น:

-b (0)
เฟรมแรก (ps) ที่จะอ่านจากวิถี

-e (0)
เฟรมสุดท้าย (ps) ที่จะอ่านจากวิถี

-dt (0)
ใช้เฟรมเฉพาะเมื่อ t MOD dt = ครั้งแรก (ps)

-[ตอนนี้ (ไม่มี)
ดูผลลัพธ์ .xvg, .xpm, .eps และ .pdb ไฟล์

-[ไม่]pbc (ไม่มี)
ใช้เงื่อนไขขอบเขตเป็นระยะสำหรับระยะทางในการคำนวณ

-[ไม่]div (ใช่)
คำนวณและใช้ตัวหารสำหรับพื้นที่ถังขยะตามอะตอม/ลูกบาศก์ขั้นต่ำ
ขนาด. ตั้งค่าเป็น TRUE สำหรับการแสดงภาพและเป็น FALSE (-โนดิฟ) เพื่อรับการนับที่แม่นยำ
ต่อเฟรม

-ติดป้าย (-1)
อย่าแสดงจำนวนลูกบาศก์ภายนอกนี้ (ค่าบวกอาจลดขอบเขต
จุด; -1 ช่วยให้มองเห็นพื้นผิวด้านนอกได้)

- ถัง (0.05)
ความกว้างของถัง (นาโนเมตร)

-จับ (4)
จำนวนช่องเก็บเพิ่มเติมเพื่อให้แน่ใจว่ามีการจัดสรรหน่วยความจำที่เหมาะสม

ที่รู้จักกัน ประเด็น

· เมื่อหน่วยความจำที่จัดสรรไม่เพียงพอ อาจเกิดข้อผิดพลาดในการแบ่งเซ็กเมนต์ นี่คือ
มักจะตรวจพบและโปรแกรมจะหยุดก่อนที่จะเกิดข้อผิดพลาดในขณะที่แสดงคำเตือน
ข้อความแนะนำการใช้ -จับ (จำนวนช่องเพิ่มเติม) ตัวเลือก อย่างไรก็ตาม
โปรแกรมตรวจไม่พบเหตุการณ์ดังกล่าวทั้งหมด หากคุณพบข้อผิดพลาดในการแบ่งส่วน ให้เรียกใช้
อีกครั้งด้วยการเพิ่มขึ้น -จับ มูลค่า

ใช้ gmx-spatial ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net