นี่คือคำสั่ง gt-cds ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
gt-cds - เพิ่มคุณสมบัติ CDS (ลำดับการเข้ารหัส) ให้กับคุณสมบัติ exon ที่ระบุในไฟล์ GFF3
เรื่องย่อ
gt แผ่นซีดี [ตัวเลือก ...] [GFF3_file]
DESCRIPTION
-ไมเนอร์เฟลน [ความคุ้มค่า]
กำหนดความยาวขั้นต่ำที่ต้องเพิ่มกรอบการอ่านแบบเปิด (ORF) เป็น CDS
คุณลักษณะ (วัดในกรดอะมิโน) (ค่าเริ่มต้น: 64)
-สตาร์ทโคดอน [ใช่|ไม่]
ต้องการมากกว่า ORF ต้องเริ่มต้นด้วย codon เริ่มต้น (ค่าเริ่มต้น: ไม่)
-finalstopcodon [ใช่|ไม่]
กำหนดให้ ORF สุดท้ายต้องลงท้ายด้วย codon หยุด (ค่าเริ่มต้น: ไม่)
-seqfile [ชื่อไฟล์]
ตั้งค่าไฟล์ลำดับที่จะใช้ลำดับ (ค่าเริ่มต้น: ไม่ได้กำหนด)
-encseq [ชื่อไฟล์]
ตั้งชื่อดัชนีลำดับที่เข้ารหัสซึ่งจะใช้ลำดับ (ค่าเริ่มต้น:
ไม่ได้กำหนด)
-seqfiles
ตั้งค่าไฟล์ลำดับที่จะแยกคุณสมบัติใช้ -- เพื่อยุติรายการ
ของไฟล์ลำดับ
-matchdesc [ใช่|ไม่]
ค้นหาคำอธิบายลำดับจากไฟล์อินพุตสำหรับรหัสลำดับที่ต้องการ (in
GFF3) รายงานการแข่งขันนัดแรก (ค่าเริ่มต้น: ไม่ใช่)
-matchdescstart [ใช่|ไม่]
ตรงกับคำอธิบายลำดับจากไฟล์อินพุตสำหรับลำดับที่ต้องการทุกประการ
รหัส (ใน GFF3) ตั้งแต่ต้นจนถึงช่องว่างแรก (ค่าเริ่มต้น: ไม่ใช่)
-usesc [ใช่|ไม่]
ใช้คำอธิบายลำดับเพื่อจับคู่รหัสลำดับ (ใน GFF3) กับลำดับจริง
รายการ. หากคำอธิบายมีช่วงลำดับ (เช่น III:1000001..2000000) ค่า
ส่วนแรกใช้เป็นรหัสลำดับ (III) และตำแหน่งช่วงแรกเป็น offset
(1000001) (ค่าเริ่มต้น: ไม่)
-การทำแผนที่ภูมิภาค [เชือก]
ตั้งค่าไฟล์ที่มีลำดับภูมิภาคเป็นลำดับการแมปไฟล์ (ค่าเริ่มต้น: ไม่ได้กำหนด)
-v [ใช่|ไม่]
ละเอียด (ค่าเริ่มต้น: ไม่)
-o [ชื่อไฟล์]
เปลี่ยนเส้นทางเอาต์พุตไปยังไฟล์ที่ระบุ (ค่าเริ่มต้น: ไม่ได้กำหนด)
-gzip [ใช่|ไม่]
เขียนไฟล์เอาต์พุตที่บีบอัด gzip (ค่าเริ่มต้น: ไม่)
-bzip2 [ใช่|ไม่]
เขียนไฟล์เอาต์พุตบีบอัด bzip2 (ค่าเริ่มต้น: ไม่)
-บังคับ [ใช่|ไม่]
บังคับให้เขียนไปยังไฟล์เอาต์พุต (ค่าเริ่มต้น: ไม่)
-ช่วยด้วย
แสดงความช่วยเหลือและออก
-version
แสดงข้อมูลเวอร์ชันและออก
รูปแบบไฟล์สำหรับตัวเลือก -การทำแผนที่ภูมิภาค:
ไฟล์ที่ให้มากับตัวเลือก -regionmapping กำหนด "การแมป" การทำแผนที่แผนที่
รายการลำดับภูมิภาคที่ระบุใน GFF3_file ไปยังไฟล์ลำดับที่มี
ลำดับที่สอดคล้องกัน การแมปสามารถกำหนดได้ในรูปแบบใดรูปแบบหนึ่งจากสองรูปแบบต่อไปนี้:
การทำแผนที่ = {
chr1 = "hs_ref_chr1.fa.gz",
chr2 = "hs_ref_chr2.fa.gz"
}
or
การแมปฟังก์ชัน (sequence_region)
ส่งคืน "hs_ref_"..sequence_region..".fa.gz"
ปลาย
รูปแบบแรกกำหนด Lua (http://www.lua.org) ตารางชื่อ “การทำแผนที่” ซึ่งจับคู่แต่ละตาราง
ขอบเขตของลำดับไปยังไฟล์ลำดับที่สอดคล้องกัน อันที่สองกำหนดฟังก์ชัน Lua
“การทำแผนที่” ซึ่งต้องส่งคืนชื่อไฟล์ลำดับเมื่อถูกเรียกด้วย
sequence_region เป็นอาร์กิวเมนต์
รายงาน ข้อบกพร่อง
รายงานจุดบกพร่องไปที่[ป้องกันอีเมล]>.
ใช้ gt-cds ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
