นี่คือคำสั่ง infernal ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
Infernal - การวิเคราะห์ลำดับโดยใช้โปรไฟล์ของลำดับ RNA และโครงสร้างทุติยภูมิ
เอกฉันท์
เรื่องย่อ
ซม
จัดลำดับให้ตรงกับแบบจำลองความแปรปรวนร่วม
ซมบิลด์
สร้างแบบจำลองความแปรปรวนร่วมจาก RNA ที่มีคำอธิบายประกอบหลายลำดับ
การจัดตำแหน่ง
ซม.ปรับเทียบ
ใส่หางเลขชี้กำลังสำหรับแบบจำลองความแปรปรวนร่วม การกำหนดค่า E
ซม.แปลง
แปลงไฟล์โมเดลความแปรปรวนร่วมของ Infernal
ซมมิต
ลำดับตัวอย่างจากแบบจำลองความแปรปรวนร่วม
cmfetch
ดึงแบบจำลองความแปรปรวนร่วมจากไฟล์
ซม
เตรียมฐานข้อมูลแบบจำลองความแปรปรวนร่วมสำหรับ cmscan
ซม.สแกน
ลำดับการค้นหาเทียบกับฐานข้อมูลแบบจำลองความแปรปรวนร่วม
ค้นหา cm
ค้นหาโมเดลความแปรปรวนร่วมเทียบกับฐานข้อมูลลำดับ
ซม
สถิติสรุปสำหรับไฟล์แบบจำลองความแปรปรวนร่วม
DESCRIPTION
Infernal เป็นชุดของหลายโปรแกรมสำหรับการจัดตำแหน่งลำดับ RNA เชิงโครงสร้างและฐานข้อมูล
การค้นหาที่คล้ายคลึงกัน ใช้แบบจำลองความน่าจะเป็นที่เรียกว่า "แบบจำลองความแปรปรวนร่วม" (CMs) ถึง
แสดงถึงความคล้ายคลึงกันของวิวัฒนาการที่เป็นไปได้ของการจัดตำแหน่งหลายตำแหน่ง (หรือลำดับเดียว) ของ
แฟมิลีลำดับ RNA เชิงโครงสร้าง
พร้อมกับฐานข้อมูล Rfam ของตระกูล RNA และ CMs ที่เกี่ยวข้อง
(http://rfam.sanger.ac.uk) Infernal สามารถใช้เพื่ออธิบายความคล้ายคลึงของโครงสร้างที่รู้จัก
ตระกูล RNA ในจีโนม
Infernal มีความเกี่ยวข้องอย่างใกล้ชิดกับชุดซอฟต์แวร์ HMMER สำหรับการวิเคราะห์กลุ่มลำดับโดยใช้
โปรไฟล์ HMM (http://hmmer.org) แต่ได้รับการออกแบบมาโดยเฉพาะสำหรับลำดับ RNA เชิงโครงสร้าง
ครอบครัว นอกเหนือจากการสร้างแบบจำลองลำดับที่สงวนไว้ของตระกูลตามโปรไฟล์ HMM ทำ
CMs จำลองโครงสร้างรองที่ครอบครัวอนุรักษ์ไว้อย่างดี (ไม่ปลอมแปลง) เป็น
ดี. ดังนั้นวิธีการค้นหาและการจัดตำแหน่ง CM จึงค่อนข้างคำนวณ
เเพง. Infernal ใช้โปรไฟล์ HMMs เป็นตัวกรองและหาข้อจำกัดในการสร้าง
วิธีการ CM ใช้งานได้จริงมากขึ้น
Infernal ใช้ในสามโหมดหลัก: เพื่อค้นหาฐานข้อมูลลำดับสำหรับ homologs ใหม่ของ an
ตระกูล RNA (หรือใส่คำอธิบายประกอบ homologs ในจีโนม); เพื่อค้นหาฐานข้อมูล CM (เช่น Rfam) เพื่อค้นหา
ครอบครัวที่รู้จักลำดับการสืบค้นเป็นของ; และสร้างขนาดใหญ่โดยอัตโนมัติ
การจัดตำแหน่งหลายแบบ (เช่น ด้วยจำนวนลำดับที่ไม่ จำกัด อย่างมีประสิทธิภาพ) โดยใช้CM
ตัวแทนของตระกูลซีเควนซ์
สมมติว่าคุณมีการจัดแนวลำดับหลายลำดับที่มีคำอธิบายประกอบประกอบของลำดับ RNA
ครอบครัวที่สนใจ และคุณต้องการค้นหาฐานข้อมูลลำดับสำหรับ homologs เพิ่มเติม
พื้นที่ ซมบิลด์ โปรแกรมสร้างแบบจำลองความแปรปรวนร่วมจากหลายตำแหน่งและ ซม.ปรับเทียบ
กำหนดพารามิเตอร์ที่สำคัญสำหรับการประเมินนัยสำคัญทางสถิติของฐานข้อมูล
เข้าชมโมเดลในการค้นหาครั้งต่อๆ ไป
พื้นที่ ค้นหา cm โปรแกรมค้นหา CM เทียบกับฐานข้อมูลลำดับ
สมมติว่าคุณมีลำดับที่คุณต้องการวิเคราะห์โดยใช้ฐานข้อมูล CM ที่ใช้ Infernal
เช่น Rfam (http://rfam.sanger.ac.uk) ซม โปรแกรมจัดรูปแบบแบบจำลองความแปรปรวนร่วม
(เช่นไฟล์ที่คุณจะดาวน์โหลดจาก Rfam) ลงในฐานข้อมูลไบนารี Infernal NS
ซม.สแกน โปรแกรมค้นหาลำดับกับฐานข้อมูลนั้น
สมมติว่าคุณต้องการจัดเรียงลำดับจำนวนมาก คุณสามารถสร้างขนาดเล็กจัดการได้
การจัดตำแหน่งโครงสร้างของชุดตัวแทนของลำดับ สร้าง CM ด้วย ซมบิลด์, และ
ใช้ ซม โปรแกรมเพื่อจัดแนวลำดับจำนวนเท่าใดก็ได้กับ CM นั้น
Infernal ยังมีเครื่องมือเสริมสำหรับการทำงานกับฐานข้อมูล CM ขนาดใหญ่อีกด้วย cmfetch
ดึง CM หนึ่งรายการขึ้นไปจากฐานข้อมูล ซม พิมพ์สถิติสรุปเกี่ยวกับ CM
ไฟล์
เพื่อความเข้ากันได้กับ Infernal เวอร์ชันก่อนหน้าเช่นเดียวกับ HMMER นั้น ซม.แปลง
โปรแกรมแปลงไฟล์ CM เป็นรูปแบบอื่นๆ
พื้นที่ ซมมิต โปรแกรมสร้าง (จำลอง) ลำดับ "คล้ายคลึงกัน" โดยการสุ่มตัวอย่างจาก CM มัน
สามารถสร้างลำดับ "ฉันทามติ" ได้เช่นกัน
แต่ละโปรแกรมมีหน้าคนของตัวเอง
ใช้ infernal ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
