นี่คือคำสั่ง kmc_tools ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสติ้งฟรีของ OnWorks โดยใช้หนึ่งในเวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
kmc_tools - การดำเนินการเพิ่มเติมบนฐานข้อมูล k-mer
เรื่องย่อ
kmc_tools [พารามิเตอร์สากล] [พารามิเตอร์การทำงาน]
DESCRIPTION
คำสั่งนี้และข้อคิดเห็นย่อยต่างๆ ใช้การดำเนินการจำนวนหนึ่งบน KMC
ฐานข้อมูล
เค-เมอร์ส ชุด การดำเนินงาน for 2 KMC ฐานข้อมูล
ตัด
สี่แยกชุด k-mers 2 ชุด
kmers_subtract
การลบชุด k-mers 2 ชุด
เคาน์เตอร์_ลบ
การลบเคาน์เตอร์ของชุด k-mer 2 ชุด
สหภาพ
ยูเนี่ยนของชุด k-mers 2 ชุด
การดำเนินงาน for เดียว KMC ฐานข้อมูล
ประเภท
จัดเรียง k-mers จากฐานข้อมูลที่สร้างโดย KMC2.x
ลด
ไม่รวม k-mers ที่หายากเกินไปและบ่อยเกินไป
กะทัดรัด
ถอดเคาน์เตอร์ (เก็บเฉพาะ k-mers)
histogram
ฮิสโตแกรมของการเกิด k-mers ences
กอง
ดัมพ์ k-mers และตัวนับไปยังไฟล์ข้อความ
ข้อมูลเพิ่มเติม ซับซ้อน การดำเนินงาน:
ซับซ้อน
การดำเนินการที่ซับซ้อนด้วยฐานข้อมูลอินพุตจำนวนหนึ่ง
อื่น ๆ การดำเนินงาน:
กรอง
กรองการอ่านที่มี k-mers น้อยเกินไป
OPTIONS
ทั่วโลก พารามิเตอร์:
-NS
จำนวนเธรดทั้งหมด (ค่าเริ่มต้น: จำนวนคอร์ของ CPU)
-v
เปิดใช้งานโหมด verbose (แสดงข้อมูลบางส่วน) (ค่าเริ่มต้น: เท็จ)
- แรงม้า
ซ่อนเปอร์เซ็นต์ความคืบหน้า (ค่าเริ่มต้น: เท็จ)
ตัวอย่าง
kmc_tools ยูเนี่ยน db1 -ci3 db2 -ci5 -cx300 db1_union_db2 -ci10
ใช้ kmc_tools ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
