นี่คือคำสั่ง lutefisk ที่สามารถเรียกใช้ในผู้ให้บริการโฮสต์ฟรีของ OnWorks โดยใช้เวิร์กสเตชันออนไลน์ฟรีของเรา เช่น Ubuntu Online, Fedora Online, โปรแกรมจำลองออนไลน์ของ Windows หรือโปรแกรมจำลองออนไลน์ของ MAC OS
โครงการ:
ชื่อ
lutefisk - ซอฟต์แวร์สำหรับการแปลความหมายของเปปไทด์ CID spectra
เรื่องย่อ
ลูเตฟิสก์ [-q ] [ -m ] [ -d] [ -p ] [ -r ] [ -s ] [ -v] [ -h] [-o ]
DESCRIPTION
ลูเตฟิสก์ เป็นซอฟต์แวร์สำหรับการตีความสเปกตรัม CID ของเปปไทด์ มันต้องใช้เวลา
ข้อมูลเปปไทด์ CID และไฟล์ข้อมูลเสริมบางส่วน (ซึ่งระบุตำแหน่งไว้บน
บรรทัดคำสั่ง) และส่งออกไฟล์ผลลัพธ์ที่มีลำดับทั้งหมดตามสมมุติฐาน
ตรงกับข้อมูล CID
เมื่อคุณเรียกใช้ ลูเตฟิสก์ กับ -h ตัวเลือกโปรแกรมแสดงรายการไปยังบรรทัดคำสั่งทั้งหมด
ตัวเลือกที่มีอยู่
OPTIONS
-h พิมพ์รายการตัวเลือก
-q วิ่งในโหมดเงียบ
-m สารตั้งต้นมวลไอออน
-d ชื่อพาธไปยังไฟล์รายละเอียด
-p ชื่อพาธไปยังไฟล์พารามิเตอร์
-r ชื่อพาธไปยังไฟล์ตกค้าง
-s ชื่อพาธไปยังไฟล์ที่มีลำดับฐานข้อมูลเพื่อทำคะแนน
-v เรียกใช้ในโหมด verbose
-o ไฟล์เอาต์พุต
ไฟล์ข้อมูล CID
โปรแกรม DATA
ข้อมูลที่จำเป็นในการรันโปรแกรมอยู่ใน /usr/share/lutefisk.
ตัวอย่าง DATA
ข้อมูลตัวอย่างอยู่ใน /usr/share/doc/lutefisk/examples.
บรรณานุกรม ข้อมูลอ้างอิง TO BE อ้างถึง
RS Johnson และ JA Taylor (2002) "การค้นหาฐานข้อมูลลำดับผ่าน de novo peptide
การจัดลำดับโดยควบคู่แมสสเปกโตรเมตรี" โมล เทคโนโลยีชีวภาพ ฉบับที่ 22 ฉบับที่ 3 (พฤศจิกายน
2002), หน้า 301-315.
JA Taylor และ RS Johnson (2000) "การนำไปใช้และการใช้งานอัตโนมัติของ de novo
การหาลำดับเปปไทด์โดยควบคู่แมสสเปกโตรเมตรี" ทวารหนัก เคมี 73:2594-2604
RS Johnson และ JA Taylor (2000) "การค้นหาฐานข้อมูลลำดับผ่าน de novo peptide
การจัดลำดับโดยควบคู่แมสสเปกโตรเมตรี", "การวิเคราะห์โปรตีนและเปปไทด์: ความก้าวหน้าใน
การใช้มวลสาร", 146:41-61 (วิธีการในชุดอณูชีววิทยา, Humana Press)
JA Taylor และ RS Johnson (1997) "การค้นหาฐานข้อมูลตามลำดับผ่าน de novo peptide
การหาลำดับโดยควบคู่แมสสเปกโตรเมตรี" Rapid Comm. Mass Spec. 11:1067-1075.
ใช้ lutefisk ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net
