miniasm - ออนไลน์ในคลาวด์

โครงการ:

ชื่อ

miniasm - แอสเซมเบลอร์ de novo สำหรับลำดับการอ่านที่ยาวนาน

เรื่องย่อ

ขั้นต่ำ [-b12V] [-m นาทีตรงกัน] [-i นาทีไอเดน] [-s นาทีสเปน] [-c minCov] [-o minOvlp] [-h
แม็กซ์แฮงค์] [-I intThres] [-g maxGapDiff] [-d maxBubDist] [-e minUtgSize] [-f อ่านไฟล์] [-n
n Rounds] [-r อัตราส่วนลดลง] [-F สุดท้ายDropRatio] [-p ข้อมูลเอาต์พุต] mapping.paf > เอาท์พุท gfa

DESCRIPTION

Miniasm เป็นแอสเซมเบลอร์เดอโนโวที่ใช้ OLC ที่รวดเร็วมากสำหรับการอ่านที่มีเสียงดังเป็นเวลานาน มันต้องใช้เวลาทั้งหมด-vs-
ทั้งหมดอ่านการแมปตัวเองในรูปแบบ PAF เป็นอินพุตและเอาต์พุตกราฟประกอบใน GFA
รูปแบบ. แตกต่างจากแอสเซมเบลอร์หลัก miniasm ไม่มีขั้นตอนที่เป็นเอกฉันท์ มัน
เพียงแค่เชื่อมชิ้นส่วนของลำดับการอ่านเพื่อสร้างลำดับ unitig สุดท้าย ดังนั้น
อัตราข้อผิดพลาดต่อฐานจะคล้ายกับการอ่านข้อมูลดิบ

OPTIONS

การเลือกล่วงหน้า ตัวเลือก
-m INT วางการแมปที่มีน้อยกว่า INT ฐานที่ตรงกัน (col10 ใน PAF) [100] นี้
ตัวเลือกมีบทบาทเช่นเดียวกับ -L ของแผนที่ย่อ

-s INT วางการแมปสั้นกว่า INT-bp [1000]. ตัวเลือกนี้ยังมีผลกับวินาที
รอบของการกรองการอ่านและความยาวทับซ้อนน้อยที่สุด

-i ลอย ในระหว่างการกรองการอ่าน ให้ละเว้นการแมปที่มี col10/col11 ด้านล่าง ลอย [0.05]
การแมปที่ถูกละเว้นจะยังคงใช้สำหรับการอ่านทับซ้อน

-c INT ความครอบคลุมน้อยที่สุดโดยการอ่านอื่น ๆ [3] ในการกรองรอบแรก miniasm
พบว่าบริเวณที่ยาวที่สุดครอบคลุมโดย INT หรืออ่านเพิ่มเติม ในรอบที่สองนั้น
นอกจากนี้ยังกำหนดให้แต่ละฐานที่เหลือครอบคลุมโดย INT ฐานอย่างน้อย
นาทีสเปน/2 จากจุดสิ้นสุดของการอ่านอื่นๆ

การซ้อน ตัวเลือก
-o INT ความยาวคาบเกี่ยวน้อยที่สุด [เหมือนกับ นาทีสเปน]

-h INT ความยาวระยะยื่นสูงสุด [1000] ส่วนที่ยื่นคือบริเวณที่ไม่ได้แมปซึ่งควรเป็น
แมปให้ทับซ้อนกันจริงหรือกักกันจริง หากระยะยื่นยาวเกินไป
การทำแผนที่ถือเป็นการจับคู่ภายในและจะถูกละเว้น

-I ลอย อัตราส่วนขั้นต่ำของความยาวการแมปกับการแมป+ความยาวโอเวอร์แฮงสำหรับการทำแผนที่
ถือเป็นการกักกันหรือทับซ้อนกัน [0.8] ตัวเลือกนี้มีบทบาทคล้ายกับ
-hเว้นแต่จะควบคุมอัตราส่วนไม่ใช่ความยาว

กราฟ แบบ ตัวเลือก
-g INT ความแตกต่างของช่องว่างสูงสุดระหว่างการอ่านสองครั้งในการแมป [1000] พารามิเตอร์นี้คือ
ใช้สำหรับการลดสกรรมกริยาเท่านั้น

-d INT ระยะโพรบสูงสุดสำหรับการเป่าฟองสบู่ [50000] ฟองสบู่ยาวกว่า INT
จะไม่โผล่

-e INT unitig จะถือว่าเล็กถ้าประกอบด้วยน้อยกว่า INT อ่านว่า [4]
Miniasm อาจพยายามลบ unitig ขนาดเล็กในขั้นตอนต่างๆ

-f ไฟล์ อ่านไฟล์ลำดับในรูปแบบ FASTA หรือ FASTQ สำหรับการสร้างลำดับ unitig
[โมฆะ]. หากไม่มีตัวเลือกนี้ miniasm จะสร้างเอาต์พุต GFA โดยไม่มี
ลำดับ

-r ลอย1,[ลอย2]
อัตราส่วนการทับซ้อนสูงสุดและต่ำสุด [0.7,0.5] ให้ overlap(v->w) เป็นคาบเกี่ยวกัน
ความยาวของขอบ v->w และ maxovlp(v)=max_w{overlap(v->w)} เป็นความยาวที่ใหญ่ที่สุด
ทับซ้อนกัน Miniasm วางทับซ้อนกัน v->w ถ้าทับซ้อนกัน (v->w)/maxovlp (v) ต่ำกว่า a
เกณฑ์ควบคุมโดยตัวเลือกนี้ ใช้ขั้นต่ำ n Rounds รอบสั้น
การกำจัดทับซ้อนกับเกณฑ์ที่เพิ่มขึ้นระหว่าง ลอย 1 และ ลอย 2.

-n INT รอบการลบคาบเกี่ยวสั้น [3]

-F ลอย เกณฑ์อัตราส่วนการทับซ้อนกันหลังจากลบ unitig สั้น ๆ [0.8]

เบ็ดเตล็ด ตัวเลือก
-b ระบุว่าในอินพุต การแมปเดียวกันมีแนวโน้มที่จะได้รับสองครั้ง

-1 ข้ามการเลือกอ่านก่อนการประกอบรอบแรก

-2 ข้ามการเลือกอ่านก่อนการประกอบรอบที่สอง

-p STR ข้อมูลเอาต์พุตและรูปแบบ [ug] เป็นไปได้ STR ค่ารวมถึง - เตียง: โพสต์-
ขอบเขตการอ่านที่กรองในรูปแบบ BED; PAF: การแมประหว่างหลังการกรอง
อ่าน; sg: อ่านกราฟทับซ้อนในรูปแบบ GFA ug: กราฟ unitig ใน GFA
จัดรูปแบบ

-V พิมพ์หมายเลขเวอร์ชันไปที่ stdout

INPUT FORMAT

Miniasm อ่านตำแหน่งการทำแผนที่ในรูปแบบคู่ mApping (PAF) ซึ่งเป็น TAB-
รูปแบบข้อความคั่นด้วยแต่ละบรรทัดประกอบด้วยอย่างน้อย 12 ช่องตามที่อธิบายไว้ใน
ตารางต่อไปนี้:

┌─────┬────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────... ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────...
│Col │ ชนิดภาพเขียน │ รายละเอียด │
├─────┼────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────... ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────...
│ 1 │ สตริง │ ชื่อลำดับการสืบค้น │
│ 2 │ int │ ความยาวลำดับการสืบค้น │
│ 3 │ int │ พิกัดเริ่มการสืบค้น (0-based) │
│ 4 │ int │ พิกัดสิ้นสุดการสืบค้น (0-based) │
│ 5 │ ถ่าน │ `+' หากค้นหาและกำหนดเป้าหมายในสาระเดียวกัน `-' ถ้าตรงกันข้าม │
│ 6 │ สตริง │ ชื่อลำดับเป้าหมาย │
│ 7 │ int │ ความยาวลำดับเป้าหมาย │
│ 8 │ int │ พิกัดเริ่มเป้าหมายบนเกลียวเดิม │
│ 9 │ int │ พิกัดปลายเป้าหมายบนเกลียวเดิม │
│ 10 │ int │ จำนวนฐานที่ตรงกันในแผนที่ │
│ 11 │ int │ ฐานตัวเลข รวมทั้งช่องว่าง ในการแมป │
│ 12 │ int │ คุณภาพการทำแผนที่ (0-255 ขาด 255) │
└─────┴────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────... ─────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────────...

โปรดดูที่ แผนที่ย่อ(1) สำหรับคำอธิบายโดยละเอียดของแต่ละฟิลด์

เอาท์พุท FORMAT

Miniasm ส่งออกแอสเซมบลีในรูปแบบ Graphical Fragment Assembly (GFA) มันคือ
รูปแบบที่คั่นด้วย TAB ตามบรรทัด โดยมีตัวอักษรนำหน้าระบุประเภทของบรรทัด
ตารางต่อไปนี้แสดงประเภทเส้นที่ใช้โดย miniasm:

┌──────┬─────────────┬────────────────────────────── ─────────────────────────┐
│Line │ Comment │ คงที่ ทุ่ง │
├──────┼─────────────┼────────────────────────────── ─────────────────────────┤
│ H │ ส่วนหัว │ ไม่มี │
│ S │ เซ็กเมนต์ │ segName segSeq │
│ L │ คาบเกี่ยวกัน │ segName1 segOri1 segName2 segOri2 ovlpCIGAR │
│ a │ เส้นทางสีทอง │ utgName utgStart readName:start-end readOri ความยาว │
└──────┴─────────────┴────────────────────────────── ─────────────────────────┘

ใช้ miniasm ออนไลน์โดยใช้บริการ onworks.net